這是涉及到朝廷軍制大問題，即便是朱載坖也不能夠隨意決定，朱載坖決定先和太子等一道在內閣召集輔臣、部院重臣，在京四品以上官員和科道御史等一道商量此事，對於現在地方官府和衛所的矛盾，其實主要就是在整理軍屯過程中發生的，在北方，衛所要強勢的多，同時北方衛所軍屯侵佔主要就是本衛的軍官們，朝廷對於這些人是有辦法處理的，在朝廷實施衛所軍官更戍之後，對於軍官侵佔軍屯的情況，已經算是得到了一定程度的遏制。

同時北方的人地矛盾沒有那麼尖銳，朝廷還將北方大量的衛所和軍餘自己遷移到了邊疆和新收復的地區，這就是使得這些衛所的軍屯得以空置出來，朝廷得以將這些多餘出來的軍屯土地調撥給其他衛所使用，所以在北方，衛所和地方官府的衝突，相對沒有那麼激烈，同時北方由於邊防任務較重，所以對於都司衛所有所倚仗的，在這種情況之下，北方各都司還能夠和地方官府和睦相處，矛盾相對沒有那麼大。

而在南方就完全不一樣了，首先南方地狹人稠，人地矛盾本身就相對比較嚴重，即便是地方官府，也根本沒有多餘的土地給衛所，而且和北方衛所的情況不同，南方的衛所軍屯，受到隱沒、侵佔的軍屯情況的更加複雜，除了衛所軍官對於這些軍屯的侵佔之外，還有當地百姓侵佔，地方豪強的侵佔，都是客觀存在的事實，對於朝廷來說確實是更加難以解決的。

同時朝廷對於軍屯追繳，使得地方官府極為頭疼，一方面是朝廷要求將被隱沒、侵佔的軍屯全部追繳的嚴令，同時衛所在朝廷的支援之下也要求將之前被隱沒的軍屯追回，另一方面是地方官府對於這些是極為頭疼的，因為不僅僅牽涉到地方的百姓，還有這些地方計程車紳，往往為此導致衛所、官府、士紳之間不斷地打官司。

而地方官員對於這些事情是極為頭疼的，從地方官員的角度哦，這些田地無論是在地方計程車紳們手中還是在百姓手中，起碼是可以增加地方的賦稅的，但是要是在衛所手中，軍屯籽粒是不歸地方官府掌握的，雖然本色徵收在地方官府，但是這些籽粒都是要上繳軍儲，以供衛所和鎮協官軍的軍儲軍糧的，所以從地方官府的自身的角度而言，他們肯定是希望能夠將這些土地留在地方，而不是交給衛所。

同時一些軍屯的爭端由於年深日久，實在是難以釐清，對於地方官府而言，這種事情實在是極為痛苦的，再加上這些士紳們在影響力，使得地方官府在處理此事的時候不免偏向於治下百姓和士紳，而衛所自然是不幹的，尤其是現在五軍都督府的權力得到了恢復，衛所則是一直上告，要求都司、行都督府甚至是都督府來解決此事，由此就形成了南方地方官府和衛所之間的巨大矛盾。

除了軍屯土地這一因素之外，還有就是財政問題，因為按照朝廷現在定例，地方都司衛所脫產士卒的軍餉、軍糧等供應問題，是有朝廷和地方官府共同負責的，地方也要承擔一部分開支，而鎮協官軍則是由朝廷全額承擔軍餉軍糧的，所以對於地方官府，尤其是南方的地方官府而言，他們認為衛所是遠遠不如募兵的，衛所畢竟是要地方官府來承擔開支的，而隨著倭患的平定，南方暫時沒有用兵之需，所以他們認為衛所是徒費錢糧，要求撤銷或者是減少衛所的呼聲不斷。

同時他們認為應當加強募兵，尤其是本鄉本土的募兵，南方的官員們之前上疏朱載坖稱：“其家在是，則所獲工食便於歸寄，防春之暇便於歸耕，其人善惡便於保結，召之則聚，散之則歸。若四方泛募，則是烏合之眾、無賴之徒，招之甚易，散之甚難。今日之兵，夫他日之盜賊也。蓋離家久遠，財不得寄歸，淫酗賭博，恆心亡矣。一旦革之，非劫奪何以生乎？”

他們認為就是本鄉本土募兵，才是最好的辦法，因為本地應募者，官府可以透過戶籍和產業進行控制，加以軍事紀律和社會關係的約束，能聚能散；外地流民則既難加以紀律的約束，又沒有產業的拖累，在解僱後容易成為社會的不穩定因素。這也說明東南募兵不同於被納入衛所制的北邊募軍，官府需要後者終身服役及從其家庭獲取長期穩定的兵源，故而不會予以解散；而前者既然存在被解散的可能，那麼軍役僅僅是本人有限的責任而不連帶家庭。

這點也是南方和北方募兵的最大區別，同時南方的官員們認為衛所不堪大用，又難以解決，除了給地方增加負擔之外，別無他用，他們在奏疏中說道：“自軍政久廢，始有民兵之設。若以此輩不堪振作，即當散其伍於民間，而另圖兵農之長策，如今之召募與民壯，未始不可。如既不能用，又不能散，而饋餉如故，民何以堪？”

朱載坖向重臣們詢問對於此事的看法，兵部尚書梁夢龍認為衛所必不可廢，他說道：“陛下，召募之兵與尺籍軍大有所異。尺籍之軍，世受國恩，無問老少強弱，皆有常餼，且老疾有例，紀錄有糧，夏布冬花，優恤備至，其月食糧一石，調遣更支行糧四鬥五升，馬軍又得關支草料，為之幫貼，已足稱事。召募之兵非強壯不得入選，既無素養之恩，有疾輒便汰去，又無常食之惠，既為車戰，即不給馬，自非酌擬尺籍人馬之食而稍優之如北方民兵然，則人必不樂從。”

梁夢龍認為衛所士卒世受國恩，在可靠性是遠遠高於募兵的，同時由於有軍屯可以保障他的家屬，同時朝廷對士卒家屬予以優待，可以使得朝廷以較少的軍費養一支規模較大且有戰鬥力的軍隊，而如果使用募兵的話，軍餉肯定是要更高的。朝廷財政難以承受。