對於這些事情，朱載坖都一一予以安排，在這其中，新成立的軍機處還是發揮了很大的作用，對於軍務的處理，軍機處還是比較有效率的，一般都能夠當日給出意見，提請聖裁，同時朱載坖也頻繁的召見軍機大臣們，或者有時候整天在軍機處與軍機大臣們一道處理政務，得到決定之後，軍機處可以直接使用急遞迅速的將上諭或者是軍機處的命令向各部或者是相關衙門予以傳遞，效率確實是比之前高多了。

同時朱載坖也在完善內閣和軍機處的各種職權，內閣是負責處理朝廷日常事務的部門，主要是負責政務的處理，而軍機處主要是負責軍務的處理，兩者之間是有明確的界限的，同時軍機處的保密程度更好，保密措施也更加嚴謹，這點也是軍務的特殊性的所決定的。

在之前的改革中，朱載坖透過練兵軍務處將原本屬於兵部的對官軍的指揮排程之權收歸皇帝，然後又透過軍機處將鎮協和衛所官軍統一到一起，加強了朝廷對於軍務的管理，也成立了相對獨立的軍令機關，負責管理大明衛所和鎮協官軍，但是朝廷的軍事改革不僅僅要收權，更加重要的就是對於軍事體制的改革，衛所制度現在存在很大的弊端。

尤其是在東南，之前的抗倭戰爭中，東南的衛所全然無用，只能依靠募兵抵禦倭寇的襲擾，譚綸在擔任兵部尚書的時候就曾經說過：“比來法令廢弛，行伍空虛，各該衛所官軍大都桀鷔不馴，頑鈍無恥，驅之戎行則恍然自失，責之城守則恬若罔聞，於是乃復以供賦之民受登陴之役，事之倒置，未有甚於此者。夫彼以積弱自名，難於不教而戰，水陸之防固無望矣。至若攖城自守，力猶可為，顧又所養非所用，所用非所養，則又焉用養彼為哉？”

南方的各個衛所，幾乎是全無戰鬥力，即便是朱載坖大力整頓之後，也只能夠從南方各都司中揀選情況，以鎮協官軍的標準予以訓練，才保證了各都司都有一支可用之兵，但是南方的都司衛所糜爛，確實已經是非常嚴重的問題了，在之前的備倭之戰中，唐順之、胡宗憲等人就對於大明衛所的孱弱有了很深刻的認識。

之前這些重臣們曾經向朱載坖上疏討論過此事。他們認為：“東南事體絕與西北諸邊不同，西北諸邊雖是兵財殫弱而成法具在，儲糧恤兵，歲有畫一，只是廢墜不舉耳。若東南事體，一則以海寇猝起，事屬於草創，一則以連年被寇，力盡於支吾取辦，一切未慮經久，其大者臂指相使之體統未明，唇齒應援之機宜莫辨。”

而戚繼光等衛所出身的軍官們對於衛所其實也是滿腹抱怨，他們在討論衛所和募兵的優劣還有東南各西北的差異的時候曾經說過：“至如浙直所募之兵則朝南而暮北，有今日在浙江應募，明日在淮揚應募者，如暫時僱倩之人，主人不得而有之，又安得而用之。軍需則移東以補西，一年之財只彀半年支用，無名之費百出於民；而軍人告缺四月、五月，缺糧者往往而是，大率昔人所謂不終歲之計。祖宗時備倭規制，沿海屯田水寨諸法漫然無跡可考矣。故西北諸邊莫急於振舊廢，東南海備莫急於定新規，此其大較也。”

這點朱載坖確實已經注意到了，在北方和南方，衛所的表現是截然不同的，北方的衛所，主要是軍官們對於軍屯的侵佔，和衛所軍戶滋生繁衍之後的屯田不足問題，但是朝廷從獲得一定製度彈性的衛所中、已經應募計程車兵中抽調精銳，同時循著上一期募兵、募軍經驗繼續擴大召募，將之集中訓練，組成具有一定機動作戰能力的營兵。東南則不同，廢弛的衛所未經整頓，隨之廢壞的海防設施和規制需要重建，北邊的募兵經驗並不全然適用於東南，驟然擴大的軍費開支需要經理，這使得僱傭性募兵的出現和新的財政、基層組織的改革成為必要。

換言之，北方的衛所還是具備戰鬥力的，主要朝廷能夠解決衛所的軍屯和保障士卒們待遇，北方的衛所還是能夠迅速恢復一定的戰鬥力的，同時朝廷在北方衛所中徵募士卒等一系列工作也比較順利，但是在南方問題則相對複雜，南方的軍戶不願待在衛所中，對於應募參軍的熱情也不高，同時南方衛所的糜爛程度也更甚，這點確實是非常令人頭疼的問題。

所以在對於兵制的問題上，東南和西北呈現出兩種截然不同的態度，北方的各個都司衛所經過整頓之後，將多餘軍餘抽調組建新衛所，落實給軍戶的軍屯，保障脫產士卒的待遇之後，成為朝廷鎮協官軍的有力補充，衛所官軍在北方很得力，使得朝廷能夠將鎮協官軍作為機動兵力予以徵調，和隆慶以來對於衛所的整頓有很大的關係。

但是在南方，基於抗倭以來的經驗，南方官員們對於整頓衛所並沒有多上心，他們認為客兵異地作戰缺乏保衛鄉土的意願，不僅不受當地官府節制而且有剽掠所得的物質利益，以致浪費朝廷財政資源和擾亂地方社會秩序，所以東南上下對客兵多持反對意見。鄉兵在軍事上具有保衛鄉土的防禦意願而缺乏前往鄰近地區的協防意願，糧餉上處於自備、官養的兩難之境，時間上因農業生產的季節與倭寇入侵時間相合而難以寓兵於農。所以在管理、選擇、訓練、賞罰上完全由官府主導的募兵成為合適的選擇。

他們主張廢衛所，行募兵，但是在朝廷上此事的反對聲浪一樣是很大的，都司衛所乃是大明祖制，怎麼可能輕易廢除，朱載坖對此也是不能贊同的，但是南北方對於此事的爭論越來越大，加之南方在整頓衛所軍屯的過程中，衛所和地方的矛盾頻發，使得地方官府認為衛所是禦敵無方，擾民有術。