對於這點，其實朝廷上下並沒有多大的異議，大理寺作為三法司之一，卻是唯一一個正三品衙門，確實是極為不合適的，這點大明的官員們也是很清楚的，要發揮大理寺的複審職能，就必須加重大理寺的權力，對於刑部和都察院形成制衡。

除了將大理寺升格為大理院之外，朱載坖還對於三法司的職能予以調整，將審判職能全部轉移到大理院，而刑部則是成為內務部門，原本刑部直接處理刑事案件，既負責偵查，又負責初審，權力極重，大理院和都察院都難以實施有效的監督，畢竟刑部自己就能夠將整個案件處理完，不管是都察院的監察還是大理院的複審，都是事後的監督。

再加上大明的案件何其眾多，大理院也不能夠對所有的案件和所涉人等予以一一複核，往往是透過查閱案卷來實施複審的，如果再讓刑部一家專管初審的話，各種冤案絕對會層出不窮的。

所以朱載坖決定對於三法司的職能予以調整，將審判權力從刑部移送大理院，而刑部而成為偵查機關，針對大理院的改革主要是對於京師大理院和地方各級分司衙門，在京師大理院，設立大理卿一人，秩正二品，負責天下案件的審理、複核以及對於冤假錯案的平反等，其下設有大理少卿兩人，協助大理卿執掌院事。

同時按照都察院的建制按省直設立各司，負責按照地域對於大明全國各地的上訴、申訴案件予以複核，還要設立慎刑和京控二司，慎刑司負責大明全國的死刑複核，恢復唐制，死囚三複奏，在大理院核准之後，執行前需三次奏報皇帝，由其勾決，由大理卿親自呈報，以示慎殺之意。

而京控司專門負責接收對於地方審斷不公的申訴，還有對於地方法司審斷不公的控訴，而在地方，建立起各省直大理寺和各府州大理分司的體制，以府州為單位，建立大理分司，負責地方的案件處理，而在縣一級，則是由大理分司派遣推官，巡行輪流到各縣受理相關案件，行使初審權，防止推官久居一地，得以舞弊。

這樣一來，就是司法權從地方州縣衙門予以剝離，收歸朝廷掌握，這樣儘可能的避免冤假錯案，而審判權被轉移到了大理院之後，刑部的職權並沒有因此減輕，刑部雖然被剝奪了審判權，但是成為內務機關，所管理的事項比之之前是更加複雜了，巡檢總署被調整為刑部直屬的從二品衙門，同時將原本有巡檢總署掌握的戶籍等事項，上收到刑部本衙管理，在刑部內設戶政司，專門負責管理、登記戶帖等事項，同時刑部將原本按照省直所設立的各司調整為按照職能所確定的各司。

在改革之後，刑部下設戶政、提牢、警巡、偵緝、督捕、秋審等司，負責相關業務辦理，以提督巡檢總署作為刑部的核心業務，加強對於內務的管理，而在地方上也是如此，提刑按察使司作為刑部在地方的機構，同樣行使相關的職能，將審判權移交各省直大理寺。

而對於地方的司法事務，同樣也要做一些調整，首先就是改革訴訟制度，原本大明是偵查和公訴、審判一體的，但是現在朱載坖將偵查和審判的權力予以分開，偵查歸刑部，審判歸大理院，而都察院則是要行使公訴和監督職能了，其實按周制，確實是有公訴制度的。

也就是所謂的官糾舉，是指官吏和官府發現犯罪而提起的訴訟。按照周制，它包括官吏的舉告和官府的糾劾兩種形式。凡傷害他人至流血而被害人不提出告發的或告發後故意不受理的、傷害者利用惡勢力迫害他人不得提出告發的，禁殺戮，官要查明事實並向司寇提起訴訟。

西周時期還設有負責起訴的“禁暴氏”，“禁暴氏”掌理人民以暴力傷害他人，凡橫行霸道、自行其是、詐偽欺騙，於法禁令，造謠生事，散佈不實言論的行為，“禁暴氏”應查明事實，向司寇提出訴訟，由司寇科以刑罰。凡國家有事，召集眾人誅殺違犯禁令的遍示大眾。男女奴隸群聚出入使令差役時，糾察他們，對於犯禁令者，提出訴訟，由司寇刑處之。

所以朱載坖認為應當在刑事案件中恢復這一職能，也掌握這一大權的自然是都察院和其下屬的巡按御史他們，之前都察院作為三法司之一，同樣享有審判權，對於一些案件，是直接可以受理並且審斷的。

巡按御史所處理的案件，主要是有重大社會危害性，可能致使社會秩序動亂的嚴重犯罪行為，巡按御史享有直轄受理並拏問審裁之權。主要涉及私鑄錢銀或武器、販賣私鹽、劫殺人財、盜賊劫掠等嚴重危害社會秩序的重大犯罪行為。

。罪問重從史按巡至押送拏即，者抗違有敢。造制自私鋪匠營民許允不兵用軍等”帶號、纛旗、炮火、筒火、牌旁、甲盔“於對，外之兵冷等槍刀箭弓通普除，罪犯重嚴等軍違造製是就有還。治究問拏以予史按巡，事之”法錢滯阻“等”使買知“或幣錢造偽、造鑄自私於對，例定廷朝照按

。”問拏便即“或”問拏自徑“可史按巡，吏的法不酷貪下以品六於對；”糾參實指“可史按巡，上以品五於對，定規了化細加更，的帝皇宗世。問提令輒可史按巡，罪犯員下以品六於對，時方地察巡史按巡，置以予，斷立機當以可也，法違員的方地於對，關機察監是院察都於由，外之此除

。細俱實詳須必，責塞語考通籠用得不，事用衍敷能不書文奏回，報開”事實行所摘指“類別門分要俱，為行罪犯類各等民害佞及權職用濫、賄汙貪其對，上堂司各及職武文的劾糾所視巡地各在史按巡，求要據證了高提時同，強加以予力權的史按巡於對是則，後之位即坖載朱而