現在朱載坖還要求巡按御史承擔起更大的職能來，顯然對於巡按御史來說是有些力不從心的，因為巡按御史的主要職能是監察，而不是司法，他們在地方更多的是監察官員是否有違法行為，這點是非常之重要的，御史是風險官員，並不是法司官員，這點定位是要清楚的。

雖然御史們在履行監察職能的時候不可避免的要接觸司法，甚至巡按御史在履行職能的時候很重要的一項工作就是平反冤案，受理轄區百姓對於地方法司審判案件不公的申訴，按照朝廷規定，對於地方法司審理不公的，可赴按察司及巡按監察御史處陳告訴冤。巡按御史及按察司官即與受理推問。經審理裁斷後，民訴冤抑如果得實，則將原審主管官吏依律究治。對於應請旨者，須具實奏聞。若原審未經結決，當事人又赴本管上司告理，巡按御史及按察司官不得輒便受狀追卷或變易是非，須即時附簿，將卷宗材料發於原審衙門，令其在規定期限內立限歸結。

但是總的來說，巡按御史行使的是監察權，即便是在涉及司法案件審理的過程中巡按御史介入了，更多的是行使的抗訴權而非公訴權，這個權力，確實不應當巡按御史在行使，而且巡按御史也確實沒有那麼多的精力在處理普通刑事案件，需要在都察院下成立一個專門的部門予以負責。

在和閣部重臣還有翰林院等予以商量之後，朱載坖決定恢復檢事御史，在都察院下設檢察總署，為從二品衙門，由左副都御史執掌，所謂檢事御史，按後漢書所言就是：“御史檢事，移付司直。”其職能就是是將所要糾劾的事項與典章律令相對照，如果查驗出有違制的情況，就依照律令典章的規定移交有關部門處理。

朱載坖取檢事御史的檢和察，成立新的部門，也就是都察院檢察總署，所謂察，覆審也。這就凸顯了檢查總署的職能，就是對於地方巡檢司、州縣官府從破獲的案件，由這些檢事御史和下屬的檢事們再次稽核，要達到律令所規定的證據清楚，事實確鑿，才能夠由檢事御史或者是檢事們向大理院等審判機關提起官糾舉，追究相關人等的責任。

而和大理院一樣，檢察總署也是三級設定，在都察院設立檢查總署，負責與大理寺相制衡，而在各省直設立檢查廳，負責處理本省直的各類刑事案件，在府州設立檢查分司，負責處理本轄區的刑事案件，由檢查分司派出檢事輪流在各縣審查案件，對於各縣尉、同知等移送的認為已經偵破的案件，檢事要詳細審閱案卷，提審當事人，確認明白無誤之後，才能夠提起官糾舉，移送大理分司予以審斷。

同時將原本屬於刑部的律例館移交給翰林院，由翰林院領導，負責對於律例的修訂和解釋。

而除了之後，朱載坖還要求制定訴訟法，也就是所謂的訴訟則例，在原問刑條例的基礎上予以修訂，對於各級法司機關能夠受理的案件，都予以詳細的規定，根據可能判處刑罰的輕重還有所涉及的型別以及民事案件的金額等，確定初審法司，朱載坖規定實施複審-複審制度，也就是兩審定讞，對初審不服的可以向上一級的法司請求複審，兩審定讞之後，仍舊不服的，可以向大理院或者是檢察總署京控，而死刑必須由大理院複核之後才能夠執行。

而在軍中則是由衛尉寺和錦衣親軍行使審判和偵查職能，清軍御史代行檢查職能，建立起一套相對完善的司法制度，透過對於司法制度的重塑，朱載坖想要達到的是將司法權力上收，同時以對於司法機構的改革推動整個大明官制的改革，由於法司的專門性，檢事、推官等司法官員，必須由明法科出身，同時法司、監察官員犯髒罪，加三等處罰。

朱載坖關於三法司的改革旨意下達了之後，州縣正印官反而是最開心的，雖然看似朝廷將原本屬於州縣正印的司法權拿走了，但是對於州縣正印官來說，他們反而從這些龐雜的案件中得以脫身，不再處理這些他們本不熟悉的案件，將精力放在治民理政上來，所以州縣正印官反而是最支援的。

而對於三法司來說，也並沒有太大的意見，大理院這次權力得到了極大的加強，真正擁有了和刑部、都察院平起平坐的地位，而都察院、刑部也各自有分工，他們對於此事也是樂見的。

所以對於三法司和地方法司衙門的改革是很輕易的執行了，但是下一個問題就不是那麼好處理的了，對於州縣正印來說，原本最重要的就是錢穀和刑名兩樣，朱載坖已經解決了刑名，下一個解決的自然就是錢穀了，確實現在的戶部是極為臃腫的。

本來戶部的職能就是非常之繁雜，戶部掌全國疆土、田地 、戶籍、賦稅、俸餉及一切財政事宜。其內部辦理政務按地區分工而設司。各司除掌核本省錢糧外，亦兼管其他衙門的部分庶務，職責多有交叉。

。正糾、止制予給時及為行法不等地土吞侵，口戶匿對；化變減增地土及口人解瞭，等戶整調，籍冊口戶造編期定；給支祿俸百和，邊實以中開，種屯輸轉及贍，運漕督，輸軍贍；稅之冶坑、市關、池坡澤山收徵；價估評，糴市量權；賜賞的人功有對，濟救卹的老貧區災對；復免輕減的役差；缺餘劑調，況支收省各據；免蠲予給況據可累賠欠積年多對；利地盡佃召種電以；牧放馬養地草以；農課藝樹以；民之端異裁田限以；併兼民豪制抑，據為冊黃、冊圖鱗魚以，民流置安招，荒墾民移為有作工常日其。作工計統計會等徵實役賦、籍版核稽掌郎侍。令政的面方役賦、口戶國全管主書尚部戶本原，定規的典會明大照按