對於官職的調整，其實是朱載坖一直就想實施的，但是之前一直都沒有付諸於實施，一來是之前的朝廷事情很多，並不適合進行大規模政治政治體制的改革，畢竟對於政治體制的改革，還是需要相對比較穩定的內外環境，二來就是朱載坖本人也並沒有思考清楚應該怎麼進行改革。

經過在西苑的思考，朱載坖決定進行一系列的改革，朱載坖為此首先是和太子予以商量，朱翊釴也能夠理解朱載坖要進行改革的想法，現在六部權力過於集中，很多事情無法推動，而且一些衙門之間錯綜複雜的管理關係也使得朝廷中樞無法高效率的運轉。

大明從地方到中樞的行政體制，確實是應該予以改革了，不過朱載坖父子也很清楚，事關政治體制，所進行的任何改革都是要極為謹慎的，朱載坖之所以選擇在這個時候進行政治上尤其是在進行朝廷內外官制的改革，是經過深思熟慮的，現在朝廷沒有財政問題，邊疆雖然有戰事，但是並不影響整個大明的穩定，在現在的情況下，朱載坖本人還是對於整個朝廷有很強的控制能力，朱翊釴也熟悉政務了，父子兩人對於朝廷的控制能力還是很強的。

現在朱載坖在幕後，朱翊釴在臺前控制，這樣有什麼差錯也有寰轉的餘地，在這種情況之下，朱載坖和朱翊釴開始召見內閣輔臣，商討有關官制改革的事情，對於此事內閣也是非常之慎重的，因為官制的改革涉及到朝廷的方方面面，牽一髮而動全身，這點內閣輔臣是很清楚的。

申時行也意識到，現在朝廷的官制確實是無法適應大明的實際情況了，現在朝廷和地方官府要管的事情千頭萬緒，僅靠原本大明的這些官署確實是無法勝任了，但是要改革，應當怎麼改革，先從何處入手，這也是很重要的事情。

在經過朱載坖父子和內閣輔臣們的商量之後，決定以司法作為改革的第一步，因為這是從中央到地方現在都比較頭疼的事情，司法刑名對於大明的州縣官員來說是極為痛苦的事情，隨著經濟的發展，各類案件層出不窮，雖然朱載坖之前的改革已經將州縣正印從案件審理中解脫了出來，但是地方州縣的案件數量激增，州縣推官疲於應付，也是實情。

還有就是各種京控案件也不斷增加，三法司也是很痛苦的，對於司法官署的改革早就有呼聲了，這是大明現在上下的共同意見，就是原本的司法體制已經不能再適應現在的情況了，而且司法機關的改革相對專業，波及面小，但是能夠起到以點帶面的作用，因為整個司法機關的建制是貫穿於朝廷的各級官署的，所以要透過對於司法機關的改革在朝廷中樞各地方各級官府中撬動改革。

這點朱載坖還是很認可的，之前對於司法體制的改革確實是只能夠算作小幅度的調整，現在朝廷應該對於司法機構予以大規模的改革的，首先自然就是在朝廷中樞的三法司改革，朱載坖提出的第一個問題就是三法司的地位問題，看似三法司都是朝廷的司法機關，但是之前他們的地位並不相等。

從權力上來說，都察院顯然是最大的，畢竟作為監察機關，都察院不僅可以對刑部、大理寺的官員和案件審理進行監察，同時可以直接就案件上達天聽，而在具體案件的處理上，刑部的權力則是最大的，刑部分理各省刑案及專項事務，就職權而言，刑部的權力是相對很重的：“掌天下刑罰之政令，以贊上正萬民。凡律例輕重之適，聽斷出入之孚，決宥緩速之宜，贓罰追貸之數，各司以達於部。尚書侍郎率其屬以定議，大事上之，小事則行，以肅邦犯。”

而大理寺首先在品級上就不如刑部和都察院，畢竟前兩者是正二品衙門，而大理寺是正三品衙門，不僅僅在品級上相對較低，在職權上也受到極大的限制，按照職權，大理寺主要是複審機關，大理寺專門負責稽核犯罪案件，凡罪有出入者，依律照駁；事有冤枉者，查明詳情，務必刑罪相符，不冤枉無辜。凡刑部、五軍都督府所辦之案與都察院參與合辦之獄訟，都須將案牘與囚徒送至大理寺複審，按律例復問其款狀，情罪都屬實後才呈堂準擬具奏，否則駁令改擬，曰照駁。

三擬不當，則糾問官，曰參駁。凡與律例嚴重牴觸的，可調他司再審訊，組織九卿會訊。如屢駁不合，則請旨發落。凡未經大理寺評允，諸司都不能定案發遣，有錯誤則糾察之。大理寺審理案件，初期置有刑具和牢獄。弘治以後，只閱案卷，囚徒多不到寺。重大案件，由三法司會審，初審以刑部、都察院為主，複審以大理寺為主。

但是在實際的司法實踐當中，大理寺很難有效的履行職務，太祖皇帝是很重視大理寺的，他曾經說過：“大理之卿，即古之廷尉，歷代任斯職者，獨漢稱張釋之、於定國，唐稱戴胄。蓋由其處心公正，議法平恕，獄以無冤，故流芳後世。今命爾為大理寺卿，當推情定法，毋為深文，務求明允，使刑必當罪。庶幾可方古人，不負命也。”

但是大理寺既受到刑部和都察院的掣肘，又受到其他部院和內閣的壓力，在這種情況之下，大理寺想要獨立、公正的處理案件，顯然是不可能的，這點朱載坖一直就很清楚，所謂大理寺的複核權，很多時候反倒成為了朝廷各派政治勢力加以鬥法的工具，所以朱載坖認為，首先應該加強大理寺的權力。

。院理大稱改是而，了寺理大能不就然自寺理大的門衙品二正為升然當，致一院察都、部刑和，門衙品二正為格升寺理大將該應為認坖載朱，後之量商們臣重部閣及以子太和在