之前為什麼督撫能夠對於手下的大將們隨意指使，不僅僅是因為文貴武賤，更重要的是對於這些大將們來說，督撫們手上是握著他們的命門的，從某種意義上說，對於這些大將們來說，督撫們確實是有著生殺予奪的大權的，要知道所謂的總督巡撫，並不是名詞，而是一個動詞，從某種意義上來說，督撫、經略、督師等職務都只是一個差遣，並不是實際的官名。

所謂督撫等官，最開始只是一個臨時差遣，到了後來成為大明的封疆大吏，而督撫等官員本質上是朝廷派出的欽差特使，只不過在權力上有所區別罷了，督撫和經略屬於部院的外差，按照大明的制度，一般巡撫是以都察院右僉都御史和兵部、戶部右侍郎兼任，總督是以右都御史、兵部尚書或者南京兵部尚書兼任，經略一般更加偏重軍務，則是以兵部尚書充任，而督師則是內閣的外差，這些大員們到地方原本是為了統籌戰事，並不是常設職務。

但是後來已經成為了常設職務，地方長官，他們對於地方文武的控制就越發的嚴格了。因為這些督撫大員們對於提督總兵是有著生殺予奪的權力的，督撫等官員，不僅僅是朝廷的封疆大吏，同時也是都察院的高階言官，這點是非常之重要，大明的言官權力極重，這些高階言官更是如此，他們的彈章對於這些提督、總兵來說絕對是致命的，朝廷的本意是授予這些督撫以都察院職務，來加強朝廷對於地方的監察。

但是實際情況就是這些督撫們所擁有的權力過重，他們所擁有的監察權實質上已經成為了對於總兵、提督的任命權，這是導致文武關係失衡的一個重要的因素，人事即政治，這點朱載坖還是很清楚的，朱載坖認為現在督撫對於提督總兵的職務任免上話語權過重，這就會導致藩鎮化。

朱載坖要求制定督撫則例，將督撫的職權予以規定，尤其是督撫在人事權的作用要予以削弱，之前朝廷的文武不和的時候經常採用的做法是懲處武官或者將其調任，朱載坖認為嗣後涉及到文武不和的事情，必須要召集勳臣武將、參贊軍務大臣和閣部重臣們一道商量在，這點是很重要的，

其實就是嚴格文武官員的任免許可權，督撫等大員作為封疆大吏，他們的權威確實是應該得到保證，但是朝廷在人事上的權力同樣要得到保證，對於各級文武官員，督撫等只有監察、彈劾，在得到朝廷授權或者緊急情況之下，可以予以停職等處分，但是必須要朝廷的命令之後才能夠予以處理，這些都是朝廷的權力，這點是不容挑戰的。

朱載坖要求將各級各級文武的任免許可權予以上收，不僅僅是州縣正印是朝廷命官，不能隨意罷免，各級武官也同樣是朝廷命官，不能隨意予以罷黜，這點也是一樣的，同時朱載坖還要求嚴密武官的調任制度，將各級武官也要和州縣官員一樣的實施到任制度，不能長期在一個地方任職、升遷，這就很容易導致出現出現武官集團。

朱載坖已經實施了武學制度，日後大部分的基層武官都是透過武學培訓出來的，而中高階武官也要經常調回朝廷在國子武學予以培訓，實施武官輪訓制度，各鎮各都司的各級武官，都要在一定年限之後予以調任，防止出現尾大不掉的情況，而對於督撫，則更多的是控制後勤和監察權，雖然朱載坖對於督撫的權力予以了限制，但是作為大明的封疆大吏，督撫仍然具備對於治下的文武官員進行彈劾、停職和監察的權力。

具體到武官上，督撫們可以對這些武官們實施監察，主要是對於武官的貪墨行為予以核查，核實軍籍，管理軍儲和後勤，對於轄區內部武官的各種無法行為予以監察，糾劾，同時在緊急情況和得到朝廷授權之後可以直接對武官予以罷黜，送衛尉寺審斷等措施，衛尉寺作為大明的軍事司法機關，和大理寺一樣，要履行作為司法機關的職能。

除此之外，朱載坖對於番將的問題還是採取了措施準備予以解決的，首先對於番將本身，他們勇敢善戰，為大明立下了赫赫軍功，有功必賞這是朱載坖的原則，不能因為要防範番將就對他們的軍功視而不見，朱載坖認為對於這些立下了軍功的番將，在賞賜和升遷上不能有所折扣，但是要加強對於這些番將的教育，他們往往缺乏教育，所以朱載坖決定將現在官軍中的番將輪流選送武學中進行教育，透過這種方式加強番將的忠誠度。

同時實施輪換制度，將這些番將打散安置，任職，防止出現番將抱團，把持官軍的情況，當然更重要的還是提升武學培訓出來的軍官的能力，這點也是非常之重要的，朱載坖命令從各級武學中抽調優秀軍官，與京營等部的援軍一道，前往西域、交趾和倭國等有戰事的地方，透過實戰輪換，從中發現有才能的軍官，保證大明官軍的指揮能力不下降。

除此之外，朱載坖覺得對於朝廷的機構予以改革，以適應現在朝廷的管理了，在之前朱載坖為了推行新政，設立了很多衙門，他們大多依附於六部存在，被視為一個臨時衙門或者是六部的附屬，在當時的情況之下，確實是可行的，但是隨著實際情況的變化，現在這些原本作為臨時機構的部門，他們的地位和作用已經和六部不想上下了，再冠以一個臨時衙門的稱號，似乎是不合理的，這點朱載坖是很清楚的。

隨著實際情況的變化，原本的六部、都察院和各寺的體制已經不能滿足朝廷的實際需求的，不僅僅朝廷的中央官署，各地方的官署也一樣是如此，已經到了不得不改的時候了。