這些行都司可以跨省配置，不受行政區域的限制，同時在編制上歸屬了中軍都督府管理，是朝廷配置在一定區域內的戰略預備隊，在指揮上直接受朝廷的指揮，由練兵軍務處負責考核軍事訓練，所有的物資、軍器和裝備的配置和京營一致，這些行都司雖然是都司衛所的編制，但是屯田軍士和脫產軍士的比例是五五開，同時脫產軍士的訓練和編制也與京營和親軍諸衛一致，沒有任何區別。

在指揮許可權上，由必須由皇帝特旨才能夠調動，但是在上諭的情況下，地方督撫在特殊情況下可以調動行都司的兵力在特定的轄區遂行任務，同時行都司和鎮協官軍一樣，實施更戍法，各行都司與中都、興都留守司一樣，士卒和部隊會實施輪換制度，同時和京營也要進行交流，防止出現抱團的情況。

至於到底應該設立多少行都司，則是要兵部會同練兵軍務處和五軍都督府一道予以確定之後再上報朱載坖御批，除此之外還有一支武裝力量值得重視，就是巡檢官軍，這支具備警察性質的官軍，現在人數也不少了，按照宋金舊制，巡檢司屬州縣管轄，通常為管轄人煙稀少地方的非常設組織，品秩最低且軍事屬性突出，無常設主官管轄，典型代表為隸屬晉江縣的澎湖巡檢司。

但是大明的巡檢司顯然職權更重，設於關津要道稽查行人、緝捕盜賊，職能擴充套件至盤詰奸細、查禁私鹽及管控流動人口。大多數州縣不僅設有巡檢司，而且在許多州縣內還設有多處巡檢司。更為重要的是，大明巡檢司已經制度化、規範化。巡檢司一般設於關津要道要地，歸當地州縣管轄，巡檢統領相應數量的弓兵，負責稽查往來行人，打擊走私，緝捕盜賊。

不過對於巡檢司和其麾下的弓兵到底屬於刑部還是兵部管理，其實一直都是有很大的爭論的，刑部認為：“至於巡司，雖系兵防，然府縣所屬，故並不入紀事，固各有統類也。”因為巡檢司官軍所承擔的業務更多是歸刑部管理，所以一直是由刑部和各省直提刑按察使司直接管理指揮的。

之前由於弘治之後，各地巡檢司大量裁革。朝廷是節省了一筆費用，但是地方的治安狀況急劇惡化，各種土匪強盜層出不窮，這種情況極大的影響了經濟的發展和商賈的貿易，朱載坖即位之後，對於這些好漢的態度是很明確的，既然要當好漢，不如去哈密、緬甸、交趾、安南、遼東、吉林這些地方去，這些地方顯然更需要好漢們。

所以多次調動官軍剿除匪患，然後就是大量恢復巡檢司，加強朝野對於地方治安的管理，現在地方的匪患確實是得到了很大程度的遏制，巡檢司在其中作用還是很大的，但是關於巡檢司的歸屬問題，刑部、兵部等相關衙門仍舊在不斷的爭吵之中。

首先就是巡檢司的性質，刑部認為巡檢司主要維護治安，只不過就是武裝的衙役罷了，和官軍還是有區別的，不屬於大明官軍的建制，仍舊是由地方府州縣和提刑按察使司到刑部巡檢總署予以管理的，但是兵部顯然不是這麼認為的，兵部認為巡檢司配置軍器，承擔剿匪等職能，很顯然就是屬於官軍，雖然巡檢司的配置的軍器不如鎮協官軍，一般也不配置甲冑、戰馬和火炮，但是畢竟是經過訓練的，應當將巡檢官軍移送兵部管理。

刑部當然是不幹的，刑部的理由等很簡單，巡檢司所承擔的任務都是刑部的活，難道你兵部想要越俎代庖嗎？朱載坖詢問朱翊釴的看法，朱翊釴也比較支援刑部的看法，畢竟巡檢司所承擔的任務確實是和刑部相關的，同時巡檢司配置分散，在地方由各府州縣予以管理，收歸兵部也顯然不現實。

朱載坖於是問道：“那太子知道現在天下巡檢官軍有多少人數嗎？”

這些資料太子還是有數的，據刑部的奏報，天下各省直的巡檢司一共是員額是三十二萬餘人，這個數字已經非常之龐大了，儘管巡檢司官軍的數量、裝備和戰鬥力並不能夠和官軍相比，但是也已經是一支非常強大的武裝力量了，朱載坖認為不能夠等閒視之。

當然，從現在看來，刑部管理巡檢司官軍還是比較合適的，因為這樣也便於調動使用巡檢官軍的力量，畢竟巡檢司的主要作用就是維護地方治安秩序，但是朱載坖認為兵部和朝廷也要加強管理，首先就是將巡檢官軍納入軍籍，方便朝廷的管理和核實人數，各省直的巡按御史和清軍御史都要負責清理各地巡檢司的實有人數。

同時就是對於巡檢司的各種職能的劃分，現在提督巡檢總署的職權還是很重的，不僅僅負責戶籍的登記管理，還有治安維護，刑事偵查，打擊私鹽等，而隨著大規模匪患的解決，巡檢總署要將主要的經力放在治安維護、偵查和戶政管理上來，剿滅地方叛亂的巡檢職能則要相對上收。

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