對於朱翊釴所提出的這點，朱載坖還是認同的，要加強兵部的軍政職權，對於五軍都督府和練兵軍務處形成制約。除此之外，朱翊釴還提出了用軍器裝備上予以制約的看法，這點也得到了朱載坖的支援，隨著大明官軍的火器化程度提升，火器及其彈藥在官軍作戰中所發揮的作用是越來越大了，這點是毋庸置疑的，而朱載坖之前在規劃重工業發展的時候，就對此重點作了考量。

朝廷的重工業，尤其是軍事工業，主要是部署在京師和南京附近，這樣便於朝廷控制和調撥相關的武器裝備，這其實是朱載坖之前就有所考慮的，現在只不過朱翊釴將其拿到檯面上來了，對於軍事工業，肯定是要有朝廷來嚴加控制的，相應的軍器裝備，也必須在朝廷的嚴密之下，所以軍器、裝備、彈藥、糧秣、藥品的調發，都必須經由朝廷的命令才行。

雖然各邊鎮以及大城市也要擁有一些軍事工業，但是他們主要是承擔一些彈藥的供應，軍器的修理等事項，並且原料等物也要受到朝廷的控制，保證邊鎮沒有做大、獨立的空間，這點是極為重要的。

對於朱翊釴能夠想到這兩點朱載坖已經是很開心了，這說明朱翊釴已經透過監國對於大明的政治有了一些瞭解的，他並沒有採取直接限制武將權力的辦法，這點是朱載坖很欣賞的，除此之外，朱載坖還提出了一個觀點，就是戰略預備隊的建設與配置。

之前朱載坖整頓京營，重新組建親軍諸衛，其目的就是為了加強朝廷的力量，重新將京營和親軍諸衛變成大明的戰略預備隊使用，但是大明地域遼闊，之前朝廷的主要邊患是在北方，所以成祖才遷都京師，同時將京營和親軍諸衛的重兵屯駐於京師，作為九邊的戰略預備隊使用，這是大明之前所採取的國防戰略。

但是隨著北部邊疆的相對平靜和大明所面臨的威脅日益多元化，從嘉靖朝的倭寇之亂中就可以發現對於大明構成威脅的不僅僅是北方，沿海同樣存在著可以威脅大明的力量，日後從海上來的威脅將會是大明的主要威脅，而且隨著朝廷的承平日久，南方軍隊缺乏戰鬥力，雖然經過嘉靖朝的整頓之後，浙直等處的官軍戰鬥力有所提升，但是朝廷也發現了在南方朝廷的威信有所下降。

所以朱載坖藉由收復緬甸和安南，還有打擊浙直等處的地方勢力，整頓了南方的官軍，朱載坖認為僅僅加以整頓只是治標不治本的策略，真正要做的是在南方建立戰略預備隊，加強朝廷對於南方的威懾，所以朱載坖重新恢復了京操制度，在南北兩京開始京操番上，加強朝廷對於各都司衛所的管理力度。

朱載坖還對於在南方配置戰略預備隊做了一些嘗試，主要就是對於中都留守司的整頓，經過整頓之後的中都留守司，除了屯田各衛所之外，實有脫產軍士四萬餘人，完全按照京營予以編制裝備，是朝廷在南方除了南京京營之後所配置的一支戰略預備隊，極大的加強了朝廷對於浙直等省份的威懾力，加強了對於東南的控制。

除了整頓中都留守司之外，興都留守司是在嘉靖十八年所設立的軍事機構，隸屬五軍都督府中的前軍都督府，駐地位於興都承天府，主要負責顯陵與承天二衛的守禦防護事務，其只能定位與中都留守司類似，嘉靖二十一年，將原屬湖廣行都司的德安千戶所、沔陽衛劃歸其統轄，形成湖廣都司、行都司、留守司三個省級軍事單位並立的格局 。所轄顯陵衛由荊州左衛改制，承天衛由安陸衛更名而來。

作為和中都留守司一樣的建制，興都留守司的地位也是很重要的，在之前的湖廣分省之後，原來的湖廣都司和湖廣行都司被分別劃分為湖北都司和湖南都司，興都留守司維持不變，這就導致了興都留守司的地位相對提高了，而朱載坖也有意在這裡配置一支戰略預備隊，北控河南，南臨湖廣，扼九省之通衢，保江漢之無虞，地位是非常重要的。

同時隨著朱載坖對於江漢平原的開發，這裡繼蘇松之後成為了大明的又一個糧食產區，對於大明來說，湖廣的地位是越來越重的，湖廣日後將會成為南糧北運的一個重要節點，同時由於湖廣的特殊地理位置，古人說居武昌之中，一水可通天下。武漢有“九省通衢”之稱，天下要衝之地。

朱載坖對於太子和皇太孫說道：“湖廣之形勝，在武昌乎？在襄陽乎？抑在荊州乎？以天下言之，則重在襄陽；以東南言之，則重在武昌；以湖廣言之，則重在荊州。夫武昌者，東南得之而存，失之而亡者也。”可見是地位之重要，所以朱載坖決定要在湖廣以興都留守司為骨幹，組建一支戰略預備隊，配置在湖廣。

除了在湖廣組建戰略預備隊之外，在大明的要害地方，都要相應的配置戰略預備隊和機動部隊，加強朝廷對於地方的控制，朱載坖認為中軍都督府要發揮領導這些戰略預備隊的作用，同時將行都司的設立予以加強，朝野原本也在一些要衝之所設立了行都司，主要設定在偏遠且重要的邊疆要塞地區。

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