要整頓軍屯，其實是朱載坖早就想做的事情了，之前由於朝廷要用兵，同時其他事情的重要性是遠遠高於整頓軍屯，而且整頓軍屯是有極大的風險的，劉瑾當年不就是想整頓軍屯，結果下場是什麼就不必多說了吧。這些衛所軍官們侵佔屯田，隱佔為業，祖孫相繼，盤踞自如，這些確實是不爭的事實，但是他們之前確實是大明官軍中的基礎力量，一旦動了他們，是會引起軍中的不安的，之前劉瑾之敗，就是由於劉瑾激起了這些衛所軍官們的反抗，直接整出了安化王叛亂，最終導致了劉瑾的敗亡。

所以至此之後，對於軍屯的整頓在大明就成為了一個極為尷尬的事情，儘管朝廷上下都很清楚衛所軍屯的弊病，但是大家都不敢輕易動手，即便朱載坖即位之後，大力整頓軍隊，所做的事情仍舊是進一步先限制這些衛所軍官們兼併土地，保住現有的軍屯數量，同時對於衛所軍戶予以優撫，提高衛所軍戶的待遇，遏制了軍戶逃亡的風潮。

朱載坖的這些措施應該說還是有很大的效果的，至少遏制住了軍屯進一步減少的可能，同時也遏制住了軍戶逃亡的風潮，現在由於軍戶的待遇相對比較好，所承擔的賦稅也比較少，因為軍戶之承擔田賦，免於繳納徭役折色，在這點上衛所的軍戶反而比之普通百姓所承擔的賦稅要輕一些，而且家中要是有脫產服役的軍士，還能夠獲取賦稅的減免，透過這種辦法，朱載坖提高了衛所軍戶的待遇和吸引力，將從大明建國以來就產生的大量衛所士卒逃亡這個問題予以解決了。

而現在朱載坖要解決的軍屯的問題，朱載坖首先以河西、隴右、河套等地的衛所為這次軍屯和衛所制度改革的地方，而衛所改革的第一步就是對於衛所軍官們的改革，之前按照太祖成祖的想法，這些功臣子弟世襲軍職，既是朝廷對於功臣的優待，也是保證軍隊可靠的一個重要手段，透過實施衛所軍官世襲制度，使得大明官軍能夠穩定可靠，但是隨著時間的推移，世襲軍官把持衛所，私役軍士，並且他們的數量越來越龐大，朝廷已經很難養得起他們的。

所以從世宗朝開始，朝廷就開始有意識的控制這些世襲軍官的數量了，在張璁等人的主持之下，朝廷將世襲軍官的任職變成了所謂的世選，由兵部組織對這些應當襲職的軍官們予以考核，根據考核成績，每次比試上等且名次靠前的新襲武官 ， 由兵部直接選用為提調 、把總等鎮戍、京營將領 ， 剩下的發回原衛所擔任掌印 、僉書等軍政官 ； 次等則發回原籍 ， 由撫按任用為衛所雜差官或擔任營兵基層軍職 。於是，襲替比試由過關考試 ， 演變為甄別新襲武官的選拔考試 。

同時對於無意繼續從軍的軍官子弟，朝廷也允許他們放棄世職，改習他業，減少衛所世襲軍官們的數量，嘉靖朝的時候，透過各種手段，在世職貼黃繼續增多的同時 ， 實際襲替的官員卻因赴京襲替道遠費多 ， 官吏索賄刁難 ， 武官子孫棄武就文，襲替資格受到限制等原因而逐漸減少 ，同時增加其他途徑進入軍中的軍官。

朱載坖實施鎮協官軍制度之後，作為朝廷的常備軍和野戰的主力，鎮協官軍的軍官雖然主要也是以世襲軍官為主，但是畢竟是經過武學培訓的，其次就是朱載坖即位以來經過多次用兵，大量計程車卒因功被提拔之後選送入武學深造之後再擔任低階軍官，同時兩京各初級武學也面向民間招考，透過這種形式豐富軍官們的來源。

而在朱載坖進行一系列的改革之後，衛所官軍在大明軍隊的中的地位逐步下降，朝廷透過這種形式將鎮協官軍作為朝廷的武力支柱，削弱衛所官軍的重要性，在這種情況之下，各地的鎮協官軍和衛所官軍互不統屬，朝廷才好對衛所官軍下手整頓。

朱載坖首先宣佈禁止衛所軍官私役軍士，霸佔屯田的行為，對於有這種行為的軍官，軍士可以向巡按御史、清軍御史和衛尉寺官員反應，一經查實，予以嚴懲，對於這些私役軍士的軍官，要剝奪他們的世職，這點是毋庸置疑的，同時還要打散衛所的隸屬關係。

原本衛所軍官能夠私役軍士或者是霸佔屯田，主要的原因就是他們是世代為官，很多時候，這些百戶、千戶等職務雖然在襲職的時候也需要兵部考選，但是兵部官吏在受賄之後往往發回本衛任職，使得他們之間形成盤根錯節的關係，這樣一來，儘管都司的軍官和指揮使都是流官，但是從指揮使以下都是世官，他們往往透過互相聯姻等方式形成了一個極為龐大的利益集團，把持衛所事務，朝廷所派遣的指揮使，很難真正管事，同時不少人還和他們沆瀣一氣，這些事情都是很正常的。

所以這次朱載坖不僅僅要嚴厲打擊衛所在屯田過程中的各種違法行為，同時還要從軍官選任當中予以革新，朱載坖命令將陝西、甘肅、寧夏等地的衛所，戰備任務少，不臨邊，適合屯田的各個衛所，全部改稱屯衛，屯衛的主要功能就是承擔屯墾戍邊的職能，和一般的衛所以屯戍為主，還是要承擔一些邊防職能不同，各個屯衛基本不承擔守衛邊牆、邊堡或者是抽調機兵的職能，除了農閒時候要將正軍和軍餘子弟集中起來加以訓練之外，平時尤其是在農時，都是免於徵調的，所以屯衛的軍事職能弱化，地方色彩增加。

將這些屯衛和相應的軍屯整理清楚之後，由朝廷派遣官員專司屯墾，同時將這些世襲的軍官也要予以調離，朱載坖規定現在世官承襲的，只有品級，而非職務，具體職務，由朝廷安排，凡是不到任的，一律革除其世職。