對於這些屯田衛所，朱載坖對於他們的主要任務就是屯墾戍邊，他們不必承擔很繁重的軍事任務，對於這些衛所，主要的目的就是屯田，所以對於他們的管理方式也要發生變化，朱載坖命令五軍都督府對於這些衛所，尤其是衛所軍官予以調整，將這些衛所軍官，尤其是百戶以上的軍官打亂安排，千戶及以上的軍官甚是要調出本都司安排，透過這種方式，將這些衛所軍官調離經營多年的老巢，這樣才方便朝廷進一步的行動。

由於這些衛所的主要任務是屯田，為了防止再出現衛所軍官兼併土地、私役軍士等行為，朱載坖決定由戶部、都察院和衛尉寺派出相應的官員，戶部派出屯田郎中和主事，他們的任務主要是統計實有屯田的數量，保證朝廷的屯田不流失，同時要保證所有的軍戶有有足額的屯田可供耕種，而且朱載坖還命令改變以往的每軍授田一份五十畝的通行辦法，因為甘肅、寧夏等地有各地的情況，這些地方本來就是比較貧瘠，朝廷必須考慮到實際情況才行。

朱載坖命令在這些衛所當中按照實際情況靈活確定每軍授田的畝數，由於西北苦寒，實際上每軍授田的田畝數量應該比五十畝要更多，以八十到一百畝為宜，同時在這些軍屯土地上要強制種植一定比例的備荒作物，如玉米、番薯等，保證備荒之用。

而都察院主要是派出清軍御史，核實軍籍，將各個衛所實有軍戶數目，每戶授田情況等加以統計，同時對這個衛所予以監察，防止衛所軍官私役軍士和侵佔屯田等的情況發生，同時對於這些軍屯衛所，同樣也要實施考成法，對於屯田的數量，軍戶人數等，都要予以考成，不能夠完成的，一樣予以懲處。

而衛尉寺則是負責維持軍紀，儘管這些屯衛一般不參與軍事任務，但是作為朝廷的衛所，基本的軍事訓練還是要參加，在農閒時節要召集正軍和軍餘子弟訓練，相關的軍械、裝備、彈藥等物由朝廷保障，同時在鎮協官軍數量不足時，也要優先在各衛所徵募兵員，衛尉寺和清軍御史也要負責對於官軍徵募士卒中的監察，還有就是對於鎮協官軍士卒的各項優撫措施實施的監察，對於敢於欺壓士卒軍屬的，一律由衛尉寺而不是地方官府處理。

同時還要充實這些屯田衛所的軍戶數量，招募地方的流民和無地百姓，授予田土，官給農具、種子等物，幫助他們屯墾，在農閒時正軍和軍餘子弟參加訓練，一樣要給予軍餉，徵調這些士卒從事各種任務，除了要免除他們的籽粒之外，也要給予相應的報酬。

除此之外，還要改變籽粒的徵收方式，以前籽粒的徵收以衛為單位，在徵收之後儲存於衛所倉庫之中，朱載坖命令在之後對於籽粒的徵收和運輸也要予以變更，朱載坖命令將所徵收的籽粒三分留本衛儲存備荒，三分解運至地方備荒、常平倉，四份解運軍儲倉庫予以儲存，保證朝廷的軍儲和備荒都能夠收益。

在這種情況之下，在整個西北開展水利設施的建設，除了由各布政使司、都指揮使司和府州縣及衛所實施的各種中小型水利工程之外，還有就是大型的水利設施，就鄭洛上疏的在平涼、慶陽等府修建利民渠，引涇河水灌溉兩府，鄭洛上疏稱：“甘肅之平涼郡治，東抵涇州，有平衍壤地，廣裹數百里，而涇河之水實經流其間，引以津灌，則土田膏液，年穀可擬豐登，尚何患旱之足恤乎，特圖志所載，故無渠津，而居人習以成俗，舉目前禎闊之水則信其奔流，置為棄物。凡有播種，歲率仰給於天。天雨及時，則坐享有年，一遇魅虐流行，則計無所施。不但距河人深之地不靂其利，雖夾河兩岸之間，亦不蒙餘波之潤。局整告炎之外，惟束手待斃而已。歷千百載間，竟無興念於此而倡之者。”

這些跨州縣的水利工程，要朝廷來組織實施，除了大興水利工程之外，還要廣泛的植樹，以防止風沙，這點其實大明的官員們已經發現了，當年曾銑復套的時候，提出了六個必取之因：“一是修築邊牆較易；二是春冰消解，虜難進犯；三是據黃河上游，可習水戰；四是渠堰利好，可儲谷粟；五是可墾膏腴荒地；六是軍事作戰條件較好。”

但是曾銑的這些理由遭到了翁萬達等人的反對，翁萬達就認為：“大河冬時，虜履冰長驅如平地。即夏秋時，又能冒革乘筏，繫馬浮渡，皆前代所未有，則天險不可恃矣。”

時任兵部尚書王邦瑞也上疏稱：“林莽毀伐，樵獵蹂踐。至於中衛，三百里間，山勢己盡，夷曠無阻，一呼而入，直犯城下，兼可徑渡河，於三邊之中，最為可憂。”

由於大規模的樵採，導致河套雖然有賀蘭山作為屏障，但是由於林木被砍伐殆盡，根本起不到遮蔽官軍屯田的作用，同時這些樹林被樵採之後，還導致土地的沙化嚴重，多風沙天氣，風沙侵襲頻繁，風患嚴重。由於風沙增大，對於朝廷的屯墾工作其實是極為不利的，不僅加劇沙漠化發展，由於多風沙天氣，灌溉渠道常常被風沙侵蝕、壅塞，增加了水利設施的維護難度和成本。風沙經常壓壞農田，壓倒作物，影響農作物的生產，增加屯田開墾和耕作的成本。對於朝廷的屯田也是極為不利的。

所以朱載坖命令在西北大規模勘探煤礦，用煤炭取代木材作為主要的原料，同時在各地廣種樹木，尤其是在河套，要大種樹木，一方面掩護官軍的屯田，加強朝廷的邊防，另一方面防止沙化，保護朝廷的屯田，使得朝廷在西北的屯田可以持續下去。這點是非常重要的。