朱載坖面臨的首先一個問題就是軍戶的招募問題，對於朝廷來說，現在面臨的主要是兩個問題，第一就是補齊現有衛所的軍戶，使之可以在河西等地屯田，另外一個問題就是怎麼防止朝廷的衛所軍戶部逃亡的問題。

其實現在大明的衛所軍戶還是相對比較好過的，在朱載坖即位之後，一直採取的就是厚待軍戶的態度，朱載坖很清楚，軍戶是大明這個政權能夠維持的基礎，儘管衛所制度有種種的不合理之處，但是衛所制度有一個極大的優點，就是穩定，這是其他形式所不能比擬的，所以即便是現在大明的野戰官軍都是鎮協官軍的脫產軍士，但是朱載坖也從未放棄過衛所，一方面就是鎮協官軍中的絕大部分士卒和軍官仍舊是來自於衛所的，另一方面就是衛所仍然是大明軍隊的最後一道保險。

儘管現在的衛所已經不再承擔野戰的職能了，但是衛所的軍餘子弟和旗軍仍然要參加部分軍事訓練，對於他們來說，起碼具備一定的戰鬥力，肯定比臨時招募的百姓要強的多，同時他們的可靠性也要強的多，所以朱載坖一直致力於提升這些衛所士卒的待遇，穩定住衛所，而且衛所制度在控制邊疆上面有天然的優勢，這點是其他的制度所不能夠的比擬的。

朱載坖降低了軍屯的籽粒徵收比例，將軍屯和民田的科則統一，同時要求給所有的軍戶實授土地，不足的部分採取從地方州縣官田之中撥給，在東南等實在是沒有土地可以撥給的地方，也要將這些軍士就近安置到朝廷的各種官營工場中，這樣做的目的就是一個，要養活這些衛所軍士，尤其是要由朝廷來養活。

其次就是厚待軍屬，對於脫產士卒的家族，予以減免賦稅，分給食鹽、口糧等方式，保障士卒的家屬生計，保證這些脫產士卒在外征戰沒有後顧之憂，然後就是對於衛所、鎮協軍士子弟，在軍中和衛所開辦學校，免收學費，加強衛所學校的師資力量，支援這些軍籍出身的生員參加科舉，予以授官，對於這些軍籍進士，朱載坖也是相對比較重視的，因為他們和大明朝廷、朱家的關係是最緊密的，所以朱載坖要重視他們。

而在朱載坖的種種政策之下，現在衛所逃亡之風已經得到了制止，朝廷各個衛所是有軍戶得以增加，這對於大明來說是一件好事，意味著朝廷直接控制的人口增加了，但是在陝西三邊等處，僅僅這樣做還是不夠的。

梁夢龍、鄭洛、徐渭還有五軍都督府的都督們也紛紛上疏，討論此事，對於陝西三邊的衛所，土地問題其實是最不是問題的問題，因為這裡最不缺少的就是土地，大量的軍屯都被拋荒了，但是要有效的開墾，並且使得這些士卒們能夠在這裡生根落地，才是最重要的問題。

兵部和五軍都督府首先總結了之前三邊衛所軍士逃亡的主要原因：一、屯軍軍役繁重，因不堪重負而逃離營地。二、官豪勢要侵奪屯地，屯丁逼迫逃亡。三、屯田稅額過重，困於賠補屯糧，屯軍因而逃亡。四、河西地帶，三面受敵，邊患嚴重，軍戶無法安心屯墾。

其中的第三、第四其實已經被朱載坖解決了，現在軍屯民田都是統一科則的，隨著朝廷肅清海虜，收復河套之後，河西的戰略形勢已經大為好轉的，所以主要是要解決前兩點。

軍役繁重，其實主要的原因還是之前衛所計程車卒大量逃亡所導致的，原本大明軍屯制度屯軍只需屯種 ，不必參與守禦之務與平時的軍事訓練，也免去了其它差役。但事實並非如此，因屯軍本來自於旗軍，遇有邊警或守軍不足之情形，被調回營伍守禦或派以其它差遣，當為自然之事，這就使得屯軍難以承受的，因為這種頻繁的徵調不僅極為耽誤農時，而且會使得這些屯田軍士更加困窘，雖然在長時間的調動的時候，朝廷會免去這些士卒的籽粒，但是在一些朝廷認為時間不長的臨時徵調中，朝廷往往不會免去這些屯田軍士的籽粒，這就導致這些軍士們受到雙重的打擊。

他們已經因為朝廷的徵調而違誤農時了，現在還要向朝廷繳納籽粒，使得軍戶破產，只能逃亡，所以整隊這點，拽進明確昭告天下，嗣後屯田軍士惟務屯墾，除農閒時的操練之外，其餘時刻非經五軍都督府批准，不準隨意徵調屯田軍士，同時凡是徵調屯田軍士，導致違誤農時的，必須免去籽粒，同時給予這些軍士工食銀。

而另外一個重要的問題就是軍官們盤剝，在西北，這種盤剝主要分為兩種形式，第一就是和內地衛所一樣的豪勢要私役軍卒，這種情況在之前的衛所中是極為常見的，而在西北，這些事情就更為常見了，之前的御史和督撫等官都曾經上疏說過：“甘涼諸路鎮守、分守等官，佔役軍餘，動以千計，或辦納月錢，或耕種私地，或賣縱殷富，扣支月糧，以致差役不均，營伍欠缺。今各衛徵操之外，有乘墩、守墩、伏塘等役，即守城且苦之矣，其何有於屯？祖宗時，屯田諸軍給於牛具種子，優恤甚加，且不許他役妨其農務，其後邊事漸興，多抽屯軍補伍，於是屯種之人失其本業，而田遂就蕪。”

對於這種情況，朱載坖一面頒佈詔命，嚴厲打擊這種行為，朱載坖在詔書中說道：“國家仿古屯田之法，用戍卒耕守，蓋寓兵於農之意也。地之論其人者各有定業，官之治其事者亦有定員，行之既久，其法盡廢。戍卒多役於私家，子粒不歸於公廩，管屯者有積蓄之利而無差操之苦。此朕所知之也，嗣後敢有私役者罪如律，凡私役軍士、私佔軍屯者，皆革其世職。”