那擺在朱載坖君臣面前的也就只有一個辦法了，就是軍屯，軍屯當然也是朝廷在邊疆地區屯墾的重要手段，之前朝廷也在河西等地進行了大量的屯墾，由於西北邊塞的特殊性，衛所在這裡的屯田是以屯堡的形式來實施的，所謂屯堡，是洪武年間就實施的一種辦法。

由於西北地廣人稀，所以當時的陝西行都司向太祖皇帝上疏：“甘州五衛軍士分耕塞上，一伍之中，有遠至二百里者，軍不成伍，將吏不能朝夕督視，以致軍士怠惰，所獲不足自食。繼今宜令一百戶為一屯，以便耕種。”得到了太祖皇帝的準允。

而在成祖時，進一步完善了這種屯墾方式，由於大明在邊地屯田經常會受到外敵的侵擾，所以為保護屯種、抵禦外敵，成祖皇帝親自下旨：“寧夏多屯所，虜卒至，恐各屯先受掠，可於四、五屯內擇一屯有水草者，四圍浚壕，廣丈五尺，深如廣之半。築土城約高二丈，開八門，以便出入。旁近四、五屯輜重、糧草，皆集於此。無警，則各居本屯耕牧。有警，則驅牛羊從八門入土城固守，以待援兵。則寇無所掠，此特守屯一事，朕遙計如此，其攻取戰守之策，在爾深籌之。”

為了保護官軍在西北的屯田，成祖也是煞費苦心，多次向西北的大將們下達詔書，要他們切實保護官軍的軍屯，成祖認為：“一所之軍四散屯種，相去遼遠，豈能相及。朕嘗命守將於五六屯或四五屯內擇取一屯，利便之處聚守，正欲使屯堡相近得以相援，不必分別衛所，可只循此法行之。”

成祖為保護屯種，讓在邊地修築屯堡是經過深思熟慮的，並且是從邊地的實際情況出發，考慮其可行性與可操作性，而創造出的好方法，而在經過一段時間的實施之後，成祖調整了辦法，最終的規定是：“計每小屯五七所，或四五所，擇近便地築一大堡，環以土城，高七八尺或一二丈.，城八門，周以壕塹，闊一丈或四五尺，深與闊等，聚各屯糧當於內，其小屯量存逐日所用糧食，有警即人畜盡入大堡，併力固守。”

在成祖的這些措施下，朝廷一直到弘治朝都還是沿用的這個辦法，雖然已經有些鬆懈了，但是到弘治朝的時候，還是能夠繼續維持的，等到實物開中被廢止了之後，西北的軍屯就立即崩潰了，因為離京師比較近的宣府、薊鎮等鎮，可以得到京通倉的接濟，山西、大同等鎮可以依靠山西，雖然山西也並不富裕，但是畢竟比之陝甘還是好一些的，而遼東鎮則是有登萊的海運接濟，那三邊呢？有朝廷的鼓勵。

由於實物開中斷絕，各邊鎮尤其是陝西三邊物價騰貴，軍儲不足，再加上從永樂以來的積弊，直接就導致了三邊經濟的直接破產，雖然在之前，三邊等處的屯田已經是弊病叢生了，但是依靠開中物資，還是能夠勉強維持的，從永樂之後，朝廷也多次下詔，要求整頓陝甘軍屯。

如憲宗朝就下旨道：“嘗謂屯田積粟乃經國之遠圖，寓兵於農，實為治之 良法。洪惟聖朝設屯田撫養軍士，號令嚴明，務求實效，是以特令各衙門不妨職委官獨管其事，其管屯官員果能遵守法度，提督旗軍，邇時布種則軍無坐食之費，民免轉輸之勞，利益且多，軍民兩便。豈期各衛所管屯官員每每不思，朝廷立法之意，宴安驕惰視為泛常，或私役種自己田畝，或擅離屯所回家，並不用心提督，致田土荒蕪，軍士缺食，及到比較子粒，往往造冊虛報，聞知差官盤查卻乃逼令旗軍備納，壞法之弊，非止一端。”

弘治元年，兵部也陳奏：“三邊等都司衛所近年以來軍士逃亡.，隊伍空缺，究其所由，皆因管軍官旗不知存恤，百方虐害所致，及差官旗勾取多收財，脫去間有取至軍士，又復侵擾，無以生存，遂復逃避。”

而隨著開中物資的斷絕，各邊鎮為了保證軍事行動的軍儲，只能加重對於屯田軍士的科斂，這些士卒們不堪其擾，只能夠逃亡，到弘治十三年統計各邊鎮士卒，資料已經相當之好看了：“陝西行都司所屬衛所原額旗軍七萬一千九百餘人，今止存三萬七千五百餘人；甘肅各衛原額旗軍共七萬三千九百四十餘人，今見在止四萬一千六十餘人，餘皆逃亡。凡腹裡清解到者，多隨到隨逃，其本處軍丁亦懼倒死馬或速負糧自為官司考較，逃躲不歸。”

到嘉靖八年，兵部尚書王瓊清查天下軍籍的時候，連陝西三邊的數字都不敢明說了，兵部的奏報是：“我之軍額完存百無一補而兵不足，屯田滿望，十有九荒而食不充一也。甘肅一鎮孤懸河外，番虜盤旋三面受敵，墩牆壕塹須及時葺理其十五衛所，軍存者止三萬三千一百五十餘人，較之故籍己失其半。河西屯田敝矣。二千里內計丁一萬七千耳。防守不設，耕種難也; 累遭殘破，生聚難也; 逡削無已，休養難也。是故人益貧，口益耗。”

對於這些情況，其實重臣們也是很清楚的，河西等處衛所士卒逃亡，軍屯荒廢，這些都是不爭的事實，在朱載坖即位之後，又重新恢復了實物開中，同時修繕道路，增加民運和官運糧秣的數量，才制止了河西等地衛所軍士的進一步逃亡，使得邊鎮軍儲有所提升，但是對於軍屯的恢復，朱載坖當時也沒有當成一個重點來做，現在朝廷有了足夠的銀錢，朱載坖也要恢復這些地方的軍屯和相應的水利工程。

不過擺在朱載坖面前首先就是一個大問題，屯田計程車卒從何處來，朝廷要想屯田，首先就是要由相應計程車卒們，但是現在衛所軍士的逃亡雖然得到了遏制，軍戶和軍餘子弟也有所增加，但是比之國初還是減少的。