對於商屯，朱載坖雖然也不排斥，但是朱載坖顯然並不認為商屯是一個能夠很好解決事情的方案，所謂商屯其實是和開中法一道實施的一種政策，由於大明在很長一段時間實施的是實物開中，也就是商人要將朝廷所指定的糧秣等物資運輸到朝廷所指定的邊境倉庫，才能夠獲取鹽引。

而對於西北來說，轉運糧秣是一件極為痛苦的事情，之前三邊總制餘子俊就和朝廷算了一個賬：“運輸於河套米豆值銀九十四萬兩，草六十萬兩，每人運米豆六鬥，草四束應用四百七萬人，約費行資八百二十五萬兩。”

也就是說，運費的價格已經是運到的貨物價值的數倍了，這種生意，是沒有商人會去做的，所以在這種情況之下，為了節約成本，在九邊就出現了所謂的商屯，鹽商為節省運輸成本，遂招募農民在邊境開荒墾種，這樣的話，可以極大的節約成本，同時在邊疆屯田，也可以緩解當地的糧食短缺問題，確實是一個很重要的辦法，在開中法盛行的時候，鹽商在山西、貴州等地形成屯田體系，透過招募民眾墾荒解決衛所軍糧短缺，促進邊疆土地開發與漢族移民遷入，確實是極大的緩解了邊鎮的糧食問題。

對於商屯，朝廷的要求是自出財力、自墾邊地、自種豆粟、自築墩臺、自立堡伍，這對於商賈來說投資是不小的，而且商屯對於朝廷政策的依賴實在是太大了，之前朝廷實施實物開中法，鹽商們為了減少成本，獲取更多的利益，故而在邊境屯墾，但是弘治年間的葉淇將實物開中變為了折銀開中之後，商屯就遭到了毀滅性的打擊。

所以現在很多的大臣希望能夠重新恢復商屯，因為實物開中已經被朱載坖所恢復了，在這種情況下，從隆慶初年開始，在遼東、大寧等地的商屯有所發展，但是在西北的商屯已經遭到毀滅性的打擊，根本無法再恢復了。

戶部左侍郎趙世卿就上疏朱載坖稱：“祖宗舊制有上下兩利，不得不議復，公私俱病，不得不議更，則召商開中以裕邊，酌議清勾以實伍是也。按永樂每鹽一引，輸邊粟二斗五升。商人爭出財力，募民墾荒。天順中鬥粟值銀二分，邊儲大裕。成化中尚書葉淇議改折色，商徙農散，樂土變為荒蕪。後雖有仍徵米、豆、自林之令，然不過十中之一耳。商人寧厚值以易粟，無寧墾田以多費，弊所從來久矣。今誠沛下明旨，漸復輸粟之規，不十年而舊制可舉矣。往土著之民，見種粟之可以永為利也，又爭募民以種粟。且商人自置墩臺，自聯保伍，突有虜犯，人自為戰，此不惟有益於鹽法，而且有利於屯政; 不惟可以助耕，而且可以御虜，計無便於此者。”

御史翁正春也上疏朱載坖：“屯田乃足食足兵之要道，而通商中鹽則又所以維持屯田於不壞者也。洪永間純任此法，所以邊困富強不煩轉運而蠲租之詔無歲無之，後來屯田鹽法漸非其舊而邊響不足，軍民俱困矣。”

他們認為重新恢復商屯就可以解決河西等處的軍儲缺乏問題，朱載坖並不是這樣看的，首先商屯和朝廷的鹽政關係甚大，要是鹽法通暢，同時食鹽還能夠維持較高的價格，朝廷又厲行實物開中的話，商屯確實是一個值得采納的辦法，但是一旦朝廷的政策有所變動，或者是鹽法不太通暢，食鹽的利潤不夠高的話，對於商屯來說都會是毀滅性的打擊的。

朱載坖為此事和內閣以及戶部、司農寺的重臣們還有都察院的堂官們都商量了很久，龐尚鵬等人也都認為商屯現在想要恢復的可能性是不大的，對於朝廷來說，現在鹽政改革的方向是打擊私鹽，降低食鹽價格，這和商屯的方向是相反的，商屯要想能夠獲利，就是依靠的食鹽的暴利，而高鹽價並不是現在朝廷的要點，甚至朱載坖也是多次頒佈上諭，要求降低食鹽價格，使得百姓能夠吃上平價食鹽，而要想保證商屯的發展，鹽商必須在食鹽的銷售中獲取暴利，才有動力在邊鎮招募百姓，屯墾耕種。

同時兵部也對於此事產生了質疑，因為在之前的商屯中，有允許這些商人們自立墩臺的條款，兵部現在不認同這種辦法，這些商賈以招募百姓屯墾為名，聚斂百姓，設立墩臺，其中是否有亡命之徒，還有衛所的逃亡軍士等，這些都是可能存在的隱患，而且是在朝廷的邊鎮，對於朝廷來說確實是隱患，所以兵部和戶部都認為不應該採取商屯的形式的。

朱載坖也認為部議合適，不過除去商屯之外，那也就只有民屯和軍屯，民屯也就是遷移百姓到這些地方去耕種，這也是大明通行的辦法，按照大明祖制：“移民就寬鄉，或召募或罪徙者為民屯，皆領之有司。”

這也是大明的通行的辦法，朱載坖即位以來，也進行了大量的移民，主要是向遼東等地遷移百姓，屯墾遼東、湖廣、交趾、緬甸等地，解決大明現在部分地區的流民眾多的問題，在 “寬鄉”可耕之地多而耕種之民少，而相對的即為 “狹鄉”。為解決民無地可耕的狀況，於是將 “狹鄉”裡的 “無田之民”或 “丁多田少之家”遷到附近的 “寬鄉”去，這樣既解決了 “狹鄉”地少人多的矛盾，又避免了 “寬鄉”因人少而使可耕之地拋荒的情況，此為一舉兩得。

但是在河西等地，這樣的辦法似乎很難行得通，雖然這些地方的可耕之地眾多，但是實在是貧瘠不堪，產出極少，而且這些地方相對苦寒，又幹旱，對於百姓來說確實是很難生存，大明初年的時候不是沒有移民實邊過，但是仍舊沒有改變這些地方人煙稀少的局面，所以民屯是不可行的。至少不能作為主要的手段使用的。