而朱載坖關心，不僅僅是治河，還要利用黃河發展水利，因為對於河南來說，不僅僅是水災對朝廷和百姓造成了重大的損失，旱災同樣也是始終威脅河南等地百姓的重要災害之一，所以怎麼樣利用黃河，興修更多的水利設施，以保證河南在面臨大旱的時候能夠有足夠的辦法應對旱災。

其實之前大明就利用黃河修築了一些水利工程，弘治六年，河南巡撫接受建議，派朱暄修築濟源黃河，隨宜宣通 ，置閘啟閉，由是田得灌溉 。還有沁河等水利工程，使得濟 、河 、溫 、武 四邑民田數千頃得到灌溉，朱載坖認為應當加強河南的水利工程建設，除了防範水災之外，更重要的是防範旱災，利用黃河水擴大灌溉面積，同時清掏、疏浚黃河，避免黃河進一步加高。

而在上游，也要推廣種樹和煤炭的使用，減少黃河的泥沙含量，防止淤塞，在陝甘等省份，水利工程就更加重要的，原本關中平原也是重要的產糧區，秦漢、唐都在此地修建了大量的水利工程，但是現在都逐漸荒廢了，尤其是自秦在關中興修鄭國渠，西漢興修白渠、成國渠、龍首渠、 韋渠等以來，關中更有了膏壤沃野之稱，大明開國的時候，也曾經在關中大修水利工程。

大明初年主要是進行了引徑廣惠渠與引渭通濟渠的整治與興修，而後又進行了涇渠的修整，朝廷徵發了引涇灌區內的醴泉、涇陽、三原、高陵、臨潼、 富平六縣人民參與其中。渠段的大部分是仍舊跡疏通之。而原渠口位置則因涇河向下切蝕使河床低深，渠口相對顯得高仰而難以進水，成為影響洪渠人水量嚴重不足的主要制約因素。這次更上移渠口，然渠口上移則要穿鑿大、小二龍山。二龍山的石質非常堅硬，故在工程進行中，每遇剛頑之石，則聚火熔礫而穿竇，工程艱鉅異常，也極耗費工時。最終前後十七年才得以完工。改名為廣惠渠，凡溉涇陽、三原等六縣田八千三百餘頃。

不過相比於漢唐，大明在關中地區的水利投入確實是很不足的，因為大明的統治中心不在關中，也西北有相對比較貧瘠，地方官府要想興修水利，基本上是處於有心無力的狀態，再加上後來邊患加劇，地方應對轉運尚且為難，哪裡還有閒心來搞水利工程了，而對於朝廷來說，從弘治以後，朝廷的財政狀況就一落千丈，再加上軍費開支浩大，朝廷更不可能出錢來支援關中的水利建設，這就使得不但沒有新建水利設施，更是使得維護原有的水利設施就難以為繼的。

這點朱載坖是很清楚的，不過之前的旱災使得朱載坖認為此事必須要提上日程了，朱載坖當即命令工部、都水監和地方官府，首先檢視當年漢唐的水利工程，有哪些堪用並且能夠修復的，立即組織人手予以修復，所需要的錢糧由朝廷調撥，同時也要勘察新的水利工程，尤其是在西安府附近，關中的中部和東部地區均屬西安府轄境，此區平原更加平坦開闊，自然地理條件更優於其西部地區，故在水利建設方面要得到重視。

除了這些朝廷組織興修的水利工程之外，還有百姓自發組織的水利工程，主要是所謂的井灌，也就是打井灌溉，井灌是穿鑿汲取地下水的一種灌溉方式，主要出現於引用河流、泉源等地表水所不及的地方。故井灌是地表水引灌的重要補充，現在在渭南、富平等地已經比較流行了，渭南縣城東關的北崖下有多處泉水，當地居民引資灌溉，同時當地居民又利用崖下地地下水較淺的條件，鑿井灌溉，打井一丈就可以取水了，朱載坖命令州縣也要組織打井，提高百姓抵禦旱災的能力。

除了關中之外，在河西等地區一樣要新修水利工程，重點是甘肅等地，之前楊博巡撫甘肅的時候，大興屯田與水利，修築肅州榆樹泉水及甘州大蘆泉等多處，開鑿龍首渠等諸渠，成效是不錯的，楊博曾經上疏朝廷稱：“河西事且大者，莫過於屯田一事。遂即案行守、巡、兵、備四道，各將境內荒蕪田地，通行查出，或上下水利不通，應該挑浚；或人力牛種不敷，應該處給；或從來拋荒未種，應該開墾。”

朝廷現在要經略西域，日後要經略青藏，河西、隴右都是極為重要的地方，如果全靠外地轉運糧秣，根本無法持久，所以在當地屯田，增加軍儲，就是非常之重要的事情了，所以朱載坖決定循楊博當年的舊例，繼續在河西地區興修水利，在楊博巡撫甘肅之前，河西地區至少約有七分之一的渠道因年久失修而淤廢。因此，嘉靖之前因淤塞渠壩長期得不到維護和疏通，河西地區水利衰敗的情況可見一斑。

楊博在任上共計修浚舊渠道 20 處，渠道修浚主要集中在黑河流域的甘州五衛、山丹衛等衛所。其中，甘州左衛修浚了 6 處舊渠道，全都位於衛城城南。甘州右衛共疏通舊渠道 5 處，大多位於城東。甘州中衛僅疏浚了 1 處舊渠道。甘州前衛疏浚了 2 處舊渠道，均在衛城城西。山丹衛疏浚了 5 處舊渠道，全都位於城南。甘州地區的黑河上游成為楊博水利建設的重點地區。楊博當年的辦法，使得十萬畝的屯田得到了疏浚。

朱載坖命令按照楊博的辦法，繼續疏浚當年漢唐的舊渠道，如果無法疏浚的，就要另建新渠，保障朝廷屯田和百姓土地的灌溉，進而保障朝廷軍儲和備荒倉儲的供應，所需要的錢糧有內帑支出，同時要嚴厲懲治當地的豪強和衛所中的貪墨軍官，因為河西地區的屯田非常依賴灌溉水源，佔據水源亦能侵奪屯田。地方官豪既然侵佔軍屯土地，那麼定然會恣意侵佔灌溉水源，或者攔阻渠道，擷取水源。對於這些行為，朱載坖下令嚴懲。