朱載坖是希望能夠在蒙古人反應過來之前就率先就搶佔烏魯木齊地區，這點是非常重要的，因為現在蒙古人對於大明在西域的擴張雖然警惕，但是現在還沒有反應過來，他們隨著大明逐漸在西域擴張自己的地盤，蒙古人肯定是能夠反應過來的，到時候衛拉特蒙古諸部都聯合起來的話，對於大明在西域的進展肯定是不利的，這點朱載坖還是很清楚的。

但是現在西北的情況確實是不太樂觀，雖然從去年開始大規模的旱災就已經結束了，但是農業生產的回覆不是那麼快的，對於大明的西北來說，還需要數年的時間才能夠將恢復過來，而現在朝廷向西域轉運的糧秣大多是從河套發運的，同時之前在哈密屯田所得和朝廷囤積在哈密的糧秣的，朱載坖之前也詢問過戶部了，要向再增加糧秣的供應，難度確實是很大的。

向西域轉運糧秣最大的問題就是時間太過於漫長了，這點朱載坖也是很清楚的，由於路途遙遠，又是運送的糧秣這樣的大宗貨物，損耗是非常之大的，所以以現在朝廷的情況，大規模的轉運糧秣的損耗是大明朝廷很難承受的起的，而且要想奪取烏魯木齊，又要從其他各鎮抽調兵力，最近的自然是西北各鎮了，而從西北各鎮調發援軍，朝廷還需要為他們準備大量的行糧，這些物資的供應的對於西北當地也是一個不小的負擔，這點朱載坖是很清楚的，所以內閣和戶部堅決反對再向西域增兵，認為寧可先不動手，也不能過於消耗朝廷的國力。

總督倉場兼司農寺卿戶部尚書楊俊民向朱載坖上疏，陳述了現在朝廷的倉儲情況，雖然京通倉尚算充裕，但是地方的倉儲並不算充裕，尤其是北方，河南、陝西、甘肅、山西等地的倉儲都十分之少，對於朝廷來說是很危險的，現在在向西域派出援兵，會使得朝廷本就不充裕的倉儲雪上加霜，所以楊俊民請求朱載坖暫停西域用兵。

同時安南的情況也並不樂觀，之前由於劉綎在安南殺戮過重，同時無法和安南當地的官員搞好關係，朱載坖於是將其調離，調來了相對比較溫和持重的吳惟忠到安南去任職，朱載坖原本認為以吳惟忠的老成持重，能夠穩定安南的局勢，但是實際情況顯然並不受朱載坖的控制，安南阮氏故地的反抗還是比較激烈的，嚴重影響了朝廷對於安南的開發，同時甚至有波及到交趾的可能。

這是朱載坖所絕對不能容忍的，交趾現在已經是大明重要的糧食和糖業產地的，糖業公司在交趾、廣西、臺灣等地 投入巨資，就是為了發展當地的糖業，掌握糖這一戰略物資，同時糖的出口也成為了大明新的財富來源，糖在西洋、倭國等地頗受追捧，可以說是供不應求，交趾作為重要的甘蔗種植區域，對於大明來說是極為重要的。

在這種情況之下，朱載坖必須要予以干預了，朱載坖召集內閣輔臣、戶部、兵部堂官和參贊軍務大臣等，商量如何處理安南的事情，從吳惟忠的奏報來看，官軍在安南所面對的襲擾和損失還是不小的，安南潮熱，對於官軍的火器等影響還是不小的，而且這些反抗大明的武裝大多以小部隊的形勢襲擾大明在外屯墾的衛所官軍，嚴重的影響了官軍在安南的屯墾，雖然造成的損失目前來看尚且不大，但是朱載坖認為這些風氣是極為不妙的。

如果不能夠及時的將這些反抗行為鎮壓消弭在萌芽之中，一旦這些反抗勢力做大，對於大明來說就有可能重演當年永樂南征的失敗，這是朱載坖所不能容忍的，在場的重臣們也都明白朱載坖的意思，一旦到時候真的發生了這種事情，不光朱載坖的政治聲望會受到極大的影響，他們這些當事的臣子也絕對不會有什麼好名聲的。

朝廷投入海量的錢糧，數以萬計的將士血灑疆場，到頭來竹籃打水一場空，這是大明無論如何也接受不了的，所以在場的重臣們也支援必須立即加以處置，關鍵是應該怎麼處置，這些安南的反抗勢力，戰鬥力其實並不強，要是真的和官軍列陣而戰的話，他們決計不是官軍的對手，他們難辦的就是他們倚仗著自己對於當地地形熟悉，以小股部隊襲擾官軍，他們不會也不敢對於官軍的大部分或者城市發動攻擊，但是他們襲擾官軍的屯墾，殺害屯田的軍士，不僅僅干擾官軍的正常屯墾，破壞朝廷對於安南的控制，同時在經年累月之下，對於官軍所造成的傷亡也是不小的，這點也是朱載坖所擔心的。

對於這些問題，朱載坖是很清楚的，但是對於科道彈劾吳惟忠的奏疏，朱載坖全部予以留中不發，同時還要下旨對吳惟忠予以慰勞，朱載坖很清楚，現在官軍在安南的面臨的局面，並不是吳惟忠所造成的，相反的是吳惟忠作為朝廷駐安南的大將，已經在竭力的穩定局勢，在這種情況之下，再去苛責吳惟忠是不合適的，現在對於朝廷來說比較重要的是怎麼樣解決安南的問題。

在邢玠和吳惟忠聯名向朱載坖陳奏的奏疏中，他們兩人向朱載坖也提出了一些解決辦法，邢玠和吳惟忠認為，當務之急是增派援軍，朝廷在安南的兵力仍舊不足，這點是不爭的事實，為了加強對於安南的控制，朝野必須再次調發援軍，同時還要訓練土兵，這些反抗大明的安南人，所倚仗的最大優勢就是對於安南地形的熟悉，而朝廷如果能夠訓練安南當地人為朝廷所用的話，就可以抵消這一優勢，同時要採取措施斷絕他們的給養，將他們困在大山之中。

同時吳惟忠還奏請徵發倭軍，馳援安南，朱載坖向重臣們詢問對於邢玠、吳惟忠奏疏的看法。