同時實施直隸府制度，對於一些重點地區，要有朝廷直接管理，知府可以直接向朱載坖密疏上奏，同時知府也從正四品升格為從三品，朱載坖在和吏部等衙門商量了之後，決定以天津府、蘇州府、松江府等九府率先直隸，作為朝廷的試點，直隸府的賦稅錢糧刑名等機構都比原本要龐大一些，而且直接向朝廷相關衙門負責，不受地方布按二司的負責，這樣方便朝廷直接掌握一些關鍵地方。

而朱載坖現在最關心的自然還是西域的戰事的，在開春之後，直到四月份朝廷才再次和庭州取得聯絡，李成梁牢牢守住了庭州，在經略西域吳兌和徵西副將軍麻貴的指揮下，官軍大舉修復車師古道，向庭州轉運援兵、糧秣和各種物資、器械，李成梁也在積極修復庭州的相關城防設施，同時接納屯墾衛所，開始在庭州屯墾，為官軍提供糧秣。

同時兵部尚書、經略西域兼安西大都護吳兌向朱載坖上疏，他認為朝廷現在對於回教的策略應當予以變更，應該是“不論漢、回，只辨良、匪。”現在朝中的很多重臣對於回教都是極為防範的，甚至是深惡痛絕的，尤其是陝甘出身的官員們，以右都御史溫純為代表，他們就認為“秦中士大夫恨回至深，言及回事，必雲盡殺乃止。”

但是現在回教已經在西北紮根了，要想徹底清除，是不太現實的，對於朝廷來說，現在重要的是收復西域，至於回教的事情，可以另行議處，不可操之過急，吳兌在奏疏中稱：“即如漢回爭哄，致成浩劫，力主剿洗，萬口一聲，生心害政，實由吠影吠聲致然。一本天地父母之心待之，必使各得其所，各遂其生，自然感孚俠洽，無有自外生成阻我聲教者也。修其教，不易其俗，明其政，不異其宜。”

同時西域的現狀是互相殺戮，視屠城、血洗為常事，而朝廷興仁義之師，弔民伐罪，務必要嚴肅軍紀，以爭取西域的民心，吳兌在奏疏中說道：““以愛民為第一要義，庶成仁義之師，愛民則造福，擾民則造孽。用兵之道，紀律為先；馭將之方，賞罰為要。”

要嚴肅軍紀，爭取民心，同時在西域要屯墾戍邊，在西域征戰，重點是控制關鍵的節點和道路，除了現在已經被官軍所控制了車師古道之外，烏孫古道也是極為重要的，烏孫古道北銜準噶爾盆地，南控塔里木綠洲，是貫通天山南北的咽喉，歷史上許多游牧民族都要爭奪這塊寶地。西元前的漢武帝為了對抗匈奴而與烏孫結盟；隋唐時期西突厥控制天山統治塔里木盆地；唐代西征突厥及與突騎施的交好等，都是透過烏孫古道來實現的。

當年原來生活在河西走廊的烏孫族，由於匈奴族的誘逼西遷，沿著一條鮮為人知的通道進入天山腹地的伊犁河谷，趕走了同樣因為匈奴驅逐而遷移到這裡的大月氐人，從此在這塊肥沃的河谷草原上繁衍生息，人畜興旺，成為當時西域三十六國中最大的國家――烏孫國。據有關文獻記載，當年烏孫人西遷所走的通道就是這條道路。

而朝廷現在最重要的就是控制伊犁河谷地帶和整個天山，然後將天山作為朝廷分割西域的刀子，然後在實施朝廷的先北後南戰略，所以要控制這些道路為朝廷所用，同時也需要大量的工程兵修建道路，為朝廷控制西域提供條件，除了烏孫古道之外，還有夏塔古道，也是非常之重要的。

夏塔古道是古代絲綢之路上最為險峻、高危的一條著名古隘道，又名唐僧古道，夏塔古道翻越天山主脊上哈塔木孜達坂，溝通天山南北，全長二百四十里，乃是伊犁通南疆的捷徑，也是日後官軍由南向北的一個重要的通道。

同時對於西域眾多的勢力，朝廷的打擊也需要有區別的，朝廷打擊的重點自然是放到了瓦剌部上來的，作為現在西域實力最強大的部落，瓦剌部在接受了鄂爾多斯部和土蠻部的殘餘勢力之後，現在實力空前強大，在西起巴爾喀什湖，北越阿爾泰山，東到吐魯番，西南至吹河、塔拉斯河的廣大地區上都由瓦剌各部活動的蹤跡，朝廷的首要打擊物件就是瓦剌部。

同時現在的瓦剌部也有了一些新的動向，瓦剌在長時間發展中分化為準噶爾、杜爾伯特、和碩特、土爾扈特四大部以及依附於杜爾伯特的輝特部。現在杜爾伯特部的實力相對比較強大，杜爾伯特先後征服哈薩克和吉爾吉斯，在額爾齊斯河中、上游逐漸形成了一個以達賴臺什為首的瓦剌集團——衛特拉聯盟。

現在對於大明威脅比較大的就是準噶爾和和碩特部，準噶爾部又名綽羅斯部，因該部和杜爾伯特部的首領同姓綽羅斯而得之，初游牧於額爾齊斯河中上游至霍博克河、薩里山一帶，後以伊犁河流域為中心，游牧於巴爾喀什湖以東、天山以北的伊犁河流域。杜爾伯特部游牧於額爾齊斯河沿岸。土爾扈特部原游牧於塔爾巴哈臺及其以北，西徙後，輝特部居之。和碩特部游牧於額敏河兩岸烏魯木齊地區。四部結成鬆散的聯盟，以和碩特部的首領為盟主。

對於朝廷來說構成現實威脅的就是和碩特部，他們的住牧地和庭州很近，直接對朝廷構成了威脅，同時吳兌和李成梁也上疏，請求發兵驅逐和碩特部，佔據額敏河流域，在此地興修城池，為朝廷控制西域的樞紐，因為這裡有河流，水草豐美，便於朝廷屯墾，同時地形也有優勢，三面環山，北部平原開闊。東部有博格達山、喀拉塔格、東山；西部有喀拉扎山、西山；南部有伊連哈比爾尕山東段等，這樣的地形便於官軍駐守，利用相應的地理優勢。