朱載坖認為，保留南京各部院是必要，由於大明地域廣大，朝廷設立在南京的各部院，不僅僅是朝廷的一個備份，同時也是朝廷的一個重要的派出的機構，能夠及時的處理南方的一些事務，從這點來說，南京各部院還是有繼續存在的必要性的，這點朱載坖也並不否認。

但是重要的是要釐清京師的南京各部院的關係，京師是朝廷，而南京更多的是朝廷派出機構，要服從於朝廷，這點是最重要的，否則的話，互相齟齬，國事日非，這是朱載坖所不願意看到的，在和閣部重臣商量了之後，在這次大計之後，除了一些關鍵的部院，南京各部院的堂官都將予以財革，不再設立，取而代之的事以侍郎署部事，這樣的話，南京各部院在品級上就無法再與京師各部院向抗衡了。

南京六部當中，僅保留南京兵部尚書兼參贊機務，作為負責南方以及留都兵防、郵驛等大員，而其餘各部則都是以左侍郎署部事，同時在業務上也要接受京師六部的管理，以戶部為例，原本歸屬於南京戶部掌握的各倉庫等，也都要登記造冊，由戶部統一排程，以保證朝廷財權的統一，其餘各部也都是，這點是這次對於南京六部調整的主要方向。

在調整之後，南京各部院一樣要按照朝廷的指示辦事，同時還要增設一些衙門，如稅務、巡檢等分司，也要配置在南京，作為朝廷控制南方的一個重要節點，南京更多的是朝廷在南方的統治中心和行政中心，負責透過兩京直道轉運各種物資、文書，進行上傳下達等。

同時為了加強對於一些重點地方的控制，朱載坖決定實施直隸州府制度，之前大明有南北直隸，也有直隸州，所謂直隸州，直隸州相當於省轄市，與府平級，直隸等級的州為統治人口多，事務雜繁者。就編制上，直隸州與府的等級相同，轄下知州，州同，州判等官員都與府品等編制相同。如南直隸的通州，就是很典型的直隸州。

按照大明會典的規定：“知州一人，從五品，同知，從六品，判官無定員，從七品。裡不及三十而無屬縣，裁同知、判官。有屬縣，裁同知。其屬，吏目一人，從九品。所轄別見。知州掌一州之政。凡州二:有屬州，有直隸州。屬州視縣，直隸州視府，而品秩則同。同知、判官，俱視其州事之繁簡，以供厥職。”

一般情況下，朝廷會將一些軍事要地，還有經濟發達，事務繁忙的地方升格為直隸州，便於朝廷的管理，這點確實是一個辦法，但是就吏部的奏報來看，即便是直隸州，也並不能夠緩解現在地方的情況，吏部之前就上奏稱：“直隸州地處衝繁重地且所轄各縣賦役繁重，直隸知州不僅有刑名、錢穀之任，又有督理盤查之責，還要負責稽查匪類、巡察山鄉，即便有兼人之才，亦斷無分身之術。”

吏部建議在直隸州下設立附郭知縣，同時將部分直隸州升格為府，之前大明的直隸州一共就四十五個，顯然是不夠的，朱載坖命令吏部、戶部、兵部等部院與地方督撫商量，將部分散州或者縣升格為直隸州，同時將一些政務繁雜的直隸州升格為府，調整朝廷的行政區劃，使得這些行政區劃與實際上符合。

以河南和南直為例，吏部提出的計劃是將開封府下的陳州、許州、禹州、鄭州以及汝寧府的光州、河南府的陝州升為直隸州，提升其行政層級，擴大其行政職權；將黃河以北、原屬開封府管轄的原武縣、延津縣分別劃歸所轄州縣數量較少的懷慶府和衛輝府，這樣的話開封府所轄州縣的數量由34個銳減為14個，河南府所轄州縣由14個減為11個，汝寧府所轄州縣由 14 個減至 9 個。能夠極大的提升行政效率。

而在南直隸，首先要調整的是直隸徐州，將徐州由直隸州升格為府，轄區東界淮安府及海州直隸州，西連河南省歸德府，南抵鳳陽府及泗州直隸州，北與山東省曹州府、兗州府、沂州府及濟寧直隸州接壤。下轄一州七縣，領蕭縣、碭山縣、豐縣、沛縣，置銅山縣。又以降直隸州邳州來隸，及所領宿遷縣、睢寧縣。將徐州升格，以加強徐州的地位。

而在南直隸南部，對於這裡的行政區劃也要有所調整，首先就是對於常州府的調整，原常州府下轄武進、無錫、宜興、靖江、江陰五縣，但是現在現在已經不能夠滿足朝廷的管理需要了，首先就是析分縣域，從武進縣分出陽湖縣，從無錫縣分出金匱縣，從宜興縣分出荊溪縣，然後就是將無錫縣升格為直隸無錫州，轄無錫、金匱兩縣，宜興縣升散州，將常州府的編制得以擴大。

然後就是升散州太倉州為直隸州，太倉直隸州轄一州四縣，即太倉州、鎮洋縣、崇明縣、嘉定縣、寶山縣。常熟縣升散州，改稱常熟州，同時對於江北兩府也要予以升格析分，原揚州府領3州7縣，並直轄江都、儀真、泰興縣，高郵州領寶應、興化縣，泰州領如皋縣，通州領海門縣。

將原泰州升格為直隸泰州，領興化、泰興、如皋部分地區，將如皋予以析分為海安縣，劃給通州，將南通州升格為直隸州，領海門、海安兩縣，同時增設甘泉縣，析江都、儀徵而來，將泰州的一部分析分，與淮安府的沿海一道，析分射陽、阜寧兩縣，升原鹽城縣委直隸州，領射陽、阜寧兩縣。

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