朱載坖很清楚，蘇松巡撫之所以效果不好，除了南六部的掣肘之外，還有就是蘇松地區本身的事務繁忙，這點在一些經濟發達地區已經有所顯現了，除了蘇松之外，杭州、廣州等地，地方官府事務繁雜，甚至連布政使司和巡撫都難以處理也是已經是很正常的事情了。

朱載坖自然是對於南京六部的職權要予以調整了，大明實施的兩京制，不管是京師順天府還是南京應天府，都是大明的都城，在政治地位是是平等了，作為大明的留都，南京也有一整套的中樞行政班子，而且和京師是級別一致的，雖然南京六部等衙門在實際權力上肯定是不能夠和京師的部院衙門相比的，但是在地位是平等的。

用大明會典中的話來說就是：“江南財賦之地， 無事則已 ， 有事則南北阻絕，故特重也。”朝廷在南京設立六部並且保留相應的職權，主要原因是為了加強對於東南的控制，但是隨著情況的變化，南京六部現在反而成為朝廷加強對於地方控制的障礙了，這點是朱載坖這次相關改革的核心的問道，就是明確南京六部和朝廷的關係。

以戶部為例，在之前的朝廷建制中，南京戶部作為大明留都財政部門，與戶部同屬中央機構，且兩京戶部屬官品秩相同，在形式並沒有隸屬關係，而南京戶部有自己的財政收入來源和開銷途徑，因而在一定程度上擁有不同於地方機構的獨立性。南戶部和戶部成為了兩個財政機關。

在財政收入方面，南京戶部有自己的銀庫、倉儲收入用於本部相關事務的支用，之前的規定是本色稍有贏餘，亦聽南部自折自用，而南部戶部由於掌握著南直、湖廣、江西等地的起運錢糧的運輸、儲存等事，其財政狀況是遠遠好於京師戶部的，在之前財政寬裕的時候，經費各有正額，倉不借庫，庫不貸倉，北不需南，南不輸北，以一歲之入供一 歲之出，充然足用而不窮，南北兩京戶部各司其職，互相負責自己的地域。

但是從正統之後，朝廷的開支緊張，為了彌補朝廷用度不足，戶部也就打起了南京戶部錢糧的主意，但是戶部要想支用南京戶部錢糧，必須要請旨之後得到準允才行，戶部對南京戶部財政收入無權直接調撥，即便是朝廷用度最艱難的嘉靖年間，時任戶部尚書的方鈍要想支用南京戶部的錢糧，也要上疏嘉靖，以急於星火，而無地可復加派，無處可吏蒐括為理由，請求嘉靖聖裁之後以借支或者協濟的形勢直取部分錢財，這點也說明了南京戶部還是有相對的獨立性的。

但是其實在京師已經是大明實際上的首都和行政中心的前提之下，南京六部在地位上是和京師六部不平等的，這種不平等表現在各種方面，很簡單的一個體現就是作為南京戶部尚書，大司農不能自行其意，一一取決部覆而後能下藩郡，諸司索之愈急應之愈緩，南京戶部尚書在很多時候是受制於京師的。

對於留都錢糧之事，南京戶部尚書雖可上疏皇帝報告，但無一不需要經戶部覆議，而戶部的覆議很大程度上決定著南京戶部所奏之事的最終決議。南京戶部雖然有一定的自主權，但是畢竟還是受制於戶部的，這點還是很明確的，但是朱載坖認為這樣還是不夠，雖然朝廷設立了南六部，但是京師作為朝廷中樞的地位是不能動搖的。

這點也得到了內閣和六部的支援，在具體的行政當中，南六部和內閣、六部甚至和督師南京大學士之間齟齬頗深，他們對於南六部也確實是有些頭疼的，但是留都建制也算是大明祖制，即便是朱載坖也不能直接說將南京六部予以撤銷，這點是肯定不行的，朝廷要在保持南京各部院建制的情況下，對於南京的各部院予以調整。

這點其實大明已經有過經驗了，對於南京六部，從洪熙以來，留守南京的這套機構在國家權力機構中一直是實際上的留都機構，雖具有同京師各部院一樣的品級，但始終在職權與地位上與北京各部院無法比擬，不僅時常遭到人員裁減，甚至其衙門官署也得不到重視，“六部司屬公署零星狹窄，若刑部諸司，幾不蔽風雨矣”。

不給南京各部院配置足額的官員，也是朝廷制約南京各部院的一個重要手段，而以南京戶部為例，按照朝廷規定，文職公署，衙門、官員品級與北京同，從編制來說，南京戶部組織機構和人員配備亦與戶部相似。從組織機構看，南京戶部同戶部相仿地設有司務廳、照磨所、十三司等本部機構，轄有“寶鈔提舉司，廣積庫，承運庫，贓罰庫，甲、乙、丙、丁、戊五字型檔，寶鈔廣惠庫，軍儲倉，長安、東安、西安、北安四門倉，龍江鹽倉檢校批驗所”等直屬機構。

而在官員配置上，南京戶部設尚書一員，正二品；侍郎一員，正三品；司務廳、照磨所各設司務、照磨一員，下屬十三司置郎中、員外郎、主事數人，寶鈔提舉司提舉一人，各庫、倉亦設大使或副使一人，但是實際上朝廷並不會給南京戶部配置相應的官員，首先是左右侍郎，照例南京戶部僅有一人，其兩廳十三司屬官，也屢次遭到裁削，正統年間對南京官員的裁汰甚至使作為堂上正官的南京戶部尚書一職連續九年出缺，實際上沒有南京戶部尚書也並不影響南京戶部的作用。

而這次朱載坖認為主要是針對南京各部院的堂官，朱載坖認為在南京保留這麼多二品堂官是沒有必要的，應當予以裁汰，以保證朝廷官員不冗濫，同時加強對於南京各部院的管理，釐清南北兩京各部院的職權關係，除了必須要保留的之外，革除南京各部院堂官。