朱載坖很清楚，提督大計這個職務，一般人是幹不來的，朝廷需要透過大計要淘汰一批官員，而朱載坖還需要同時防止黨爭，這點也是很重要的，朱載坖和太子召見了勞堪和閣部重臣，對於這次的大計予以詳細的討論，除了和往常一樣，透過大計對於一些貪墨和能力不足的官吏予以裁汰之外，還有將那些不安於位的官員也與調整，朝廷需要的是實心用事，而不是虛言塞責的官員，這點朱載坖還是很清楚的。

朱載坖要求除非這些之外，還要考察這些官員都是地方官員對於朝廷大政方針的執行力度，對於那些和地方勢力相勾結，甚至公然對於朝廷大政方針予以抵制的官員們，要嚴厲處分，透過大計將其裁汰，朱載坖要加強朝廷的權威，在朱載坖之前的執政中，一直的導向就是加強朝廷對於地方的控制，主要是透過加強地方官府的力量來完成的。

而現在地方官府無論是力量還是官吏人員來說都比之前強多了，地方官府對於地方的控制能力有了很大的提升，但是同時，隨著地方官府力量的強大，也形成了新的地方勢力，原本的地方勢力主要是由地方的所謂士紳們所構成的，但是在被朱載坖嚴厲打擊之後，現在的地方士紳已經沒有膽量和朝廷叫板了。

現在能夠和朝廷叫板的主要是地方官府，圍繞的賦稅分配和道路、水利設施等的興建問題，地方官府和朝廷的角力是很厲害的，地方官府總想著擴大自己的權力，尤其是財權，這在南方是很明顯的，但是這點遭到了朝廷的堅決打擊，朱載坖是決不容忍地方勢力做大的，所以朱載坖要對於一些不能貫徹朝廷大政方針的地方官員予以調整，同時加強朝廷的權威，這點是毋庸置疑的。

朱載坖命令太子直接負責此事，所以大計的官員黜陟，先報太子批閱之後由朱載坖批准實施即可，然後就是行政區劃的調整，主要就是南直的問題，之前朝廷已經將湖廣予以拆分了，現在的湖廣升格為總督區，下設湖南巡撫駐節長沙府，湖北巡撫駐節武昌府。

同樣的方法也被朱載坖用在對於南直的拆分上，對於朝廷來說，南直隸確實是過於廣大得了，所以之前朱載坖設立了蘇松巡撫駐節蘇州府，負責管理應天府、鎮江府、常州府、蘇州府、松江府、揚州府、淮安府和直隸通州，還設立了鳳陽巡撫駐節鳳陽，管理南直隸的其他的州府，但是從實踐的效果來說，對於南直隸的析分沒有對於對於湖廣的拆分效果那麼好，原因也是很多方面的。

首先一個重要的原因就是應天府和南六部的掣肘，其實對於鳳陽巡撫來說，還是能夠正常履職的，朝廷設立鳳陽巡撫之後，對於江北的這些州府的管理還是得以加強，主要是蘇松巡撫的問題，首先就是雖然朝廷規定應天巡撫負責管理應天府，但是在實際的操作中，蘇松巡撫是很難管理應天府的，因為應天府畢竟是大明留都，就和直隸總督照例不干涉順天府的事情是一樣的，這其實是大明的一眾潛規則。

這點朱載坖其實是很清楚的，但是蘇松巡撫最大的問題就是受到南六部的掣肘，原本按照朝廷的行政管理體制，蘇松巡撫的上級是南直總督，而南直總督則是對督師南京大學士負責，但是這裡面有一個很尷尬的問題，就是督師南京大學士和南京六部並沒有直接的隸屬關係，南京六部雖然權力不大，但是對於南直隸轄區內的一些錢糧、刑名等事務還是有一定的權力的。

還有就是南京兵部，作為朝廷配置在留都的兵防機關，南京兵部和南京中軍都督府等衙門構成了南直隸兵防的指揮機關，在這點上，督師南京大學士雖然作為朝廷欽差，以大學士之尊督師南京，對於南方諸省的兵防、錢糧事務統管，但是在南直隸兵防的問題上，南京兵部和南京中軍都督府的權力顯然是更重的。

同時蘇松等地的錢穀、刑名事務也非常之繁雜，蘇松巡撫既要對於總督、督師負責，同時南六部也經常插手蘇松的事務，主要是南京戶部和南京兵部，他們在職責上確實是可以干預蘇松巡撫的行政。

南京戶部最重要的職責就是負責徵收南直隸及附近浙江、江西、湖廣各省的賦稅，除一部分留作自支外，另一部分則輸送京師。可以說，南京戶部掌握了全國的財賦命脈，可見它在全國經濟運營中的重要作用。南京戶部的另一重要職責是管理和收藏全國黃冊。所謂黃冊，即賦役黃冊，記載天下人口的戶籍、里甲、賦役等情況，冊面黃紙，因此稱為黃冊。黃冊每十年更定一次，並收藏於南京後湖，由南京戶部保管和統計。

而南京兵部則負責南直隸的兵防，南京兵部最重要的職權是軍事職權，主要負責南京及附近地區的兵防守備。南京兵部的行政職權，指的是會同南京中軍都督府一道行使對於南京及南直衛所軍官的考核、任用、裁撤，以及負責南京地區的武學和武舉等。南京兵部的後勤保障職權，主要指的是管理南京及南直隸的官船、官馬、驛站等。

南京六部在行使職權的時候或多或少的會和蘇松巡撫打交道，再加上南京和蘇松地理上的相近，所以南京六部對於蘇松的治理形成了掣肘，這點也確實是一個大問題，朱載坖準備在這次大計中也要解決這個問題，對於南京六部的職權予以明確，作為朝廷安排在留都得一套行政機構，南六部確實有存在的必要，但是南六部的一些職權應當予以明確，不能夠因為南六部影響到了朝廷的行政，同時對於蘇松等經濟發達地區，也要採取不同的管理辦法了。