對於朱載坖的這個看法，楊繼盛等人表示了支援，科場舞弊確實是對於朝廷信譽的極大的破壞，朱載坖也說道：“前唐黃巢之事，不可不為鑑也！”必須得讓這些人有辦法考進京師的，否則的話，他們到時候就要想辦法打進京師來了，這點朱載坖還是很清楚的。
所以這次對於科舉體制的改革首先針對的就是科舉的開端，也就是縣試、府試、院試，因為這三場考試時科舉最初的考試，同時也是科舉中最容易受到地方勢力干預的考試，對於朝廷來說，科舉是要杜絕各種地方勢力和人情關係的往來，儘可能的網羅天下人才，防止地方勢力把持科舉。
在三場考試之中，公認率取率最低的是府試，楊繼盛就說道：“陛下，當時入泮，每縣取六、七十名，府取不過百餘名，文理稍順者，竭力營謀，府取入泮，直如拾芥。故當日童試不難於放泮，而獨難於府取。”朝廷之所以將府試的錄取率定的如此之低，其實也就是為了防止在生員的選取中地方勢力過度干涉。
朝廷很清楚，縣試作弊的可能性實在是太大了，知縣的水平本來就是參差不齊的，再加上指望縣令來杜絕這些地方勢力對於科舉的干預是不現實的，縣令時很難和這些地方勢力對著幹的，往往縣令都是和這些地方勢力沆瀣一氣的，這點朝廷也是很清楚的，所以朝廷將希望寄託在府試上。
因為朝廷認為知府不僅地位遠遠高過知縣，而且其在地理位置上也離考生更遠，這樣在一定程度上可以避免考生的請託，能更公正地主持考試。這樣做也確實是起到了一些效果，知府畢竟是朝廷的四品大員，對於一般的地方勢力，還是能夠予以抵制的，只要知府本人能夠秉持公心，再加上知府一般都是兩榜進士出身，學識也還是過得去的，透過府試儘可能的保證在生員錄取中的公平。
朝廷的想法很好，但是實際操作起來就不是這樣回事了，首先就是知府頂不頂得住各種說項、請託的問題，看起來知府是四品大員，對於地方勢力有很大的震懾力，可以杜絕對於這些地方勢力對於科舉的干預，但是實際上並不是這麼回事。
首先就是知府被買通的可能性仍舊是很高的，只要地方的富戶、豪紳等願意出銀錢，買通知府這一級的官員並非是不可能的，只不過要比縣令多出些錢財罷了，其次就是知府本事相對清廉，可以對於這些地方豪紳的誘惑加以抵抗大，但是對於來自朝廷的各種請託，他仍舊是很難推脫的。
雖然知府堂堂四品，論起品級來並不算低了，但是大明官職，一向是內重外輕，就是六部的郎中主事，也比知府在官場上要值錢些，還有布按二司，督撫大員、巡按御史等等，加上知府自己的同科、同鄉等的請託，僅僅依靠知府來杜絕這些科舉弊端，是顯然不太現實的。而且在科舉實際操作之中，一些出身貧寒的童生，為家中餬口計，不得已只好將自己府取之名售人，令人頂替，這些也是知府無法控制的。
而在童生試中，最重要的自然是院試了，院試有朝廷派出的提學主持，相對來說等級最高，也是這三場考試中最重要的，一旦透過院試，就可以取得生員功名，擺脫白身了。所以不管是朝廷還是地方，對於院試都是十分重視的，而且院試也是最為正規的考試。
經過縣試、府試而被府縣錄取的儒童，由府酌定地方人才多寡，取定名數，備造年貌、三代籍貫、經書文冊，送院道試奪。有些學使處事嚴厲，還截去府取名額後段，不予收考。府、州、縣原取之卷，裝束固封，由提學院道官員調查筆跡異同，以辨有無替代等弊。可以說對於提學主持的院試，是科舉前三場中最關鍵的一場了。
朝廷派遣學政，對於這些童生的學識水平進行考核，力圖透過院試消弭地方對於科舉的干涉，甚至在院試之後，生員在正式入官學前，還需要進行一次覆試，主要是核對該生員的筆跡，防止生員之前冒名頂替。朝廷對於學政是很重視的，朝廷明確規定：“生員有缺，即於本處，不問官員軍民之家，選擇俊秀端重子弟有志於學者，考試補充，不許聽信有司及學官受私濫舉。”
在童生試中，為了防止地方勢力干預科舉，朝廷以府試淘汰大部分的無才學之人，同時又以學政主持院試，將錄取生員的權力收歸學政，按照朝廷規定，童試的一般程式為州縣先考、繼而送府、府送提學院道。但是提學官可擯棄府、州、縣試，允許童生徑赴學道處考驗，朝廷之所以賦予提學這麼重的權力，就是為了保證童生試的公平。
但是即便是如此，學政也不免受到各方勢力的影響，其中最典型的就是所謂的續案，續案就是在總案發布後，續添童生姓名於原案，補入官學。這種正取之外的續案，往往因薦牘而取，而且其關係網非常複雜。富家子弟由此而入，寒門之士或終身淹抑，是最被人所詬病了。
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