現在關鍵的問題還是朝廷和地方的財政分配問題，朱載坖的看法很簡單，地方財政要保證地方官府能夠履行職能，但是不能夠放任地方官府的做大，這點是很重要的，不管是朱載坖還是朝廷重臣們，對於此事都是極為防範的，地方勢力不能做大，這點是很關鍵的事情，對於如何分配這些賦稅，朱載坖認為還是要分類處理的。

對於一些經濟實力雄厚，賦稅數量很大的州府，朝廷肯定是要予以重點關注的，對於這些州縣的賦稅，朝廷要直接予以監管，保證朝廷的收入。

而對於普通的州縣，則要制定相應的分配規則，對這些賦稅予以分配，既要保證州縣官府的正常運作，也要保證足額錢糧的起運，還有一些則是相對貧困的州縣，朝廷為了保證州縣官府的運作，肯定是要予以扶持的，為了支援這些落後州縣的發展，朝廷甚至是要撥款予以扶持的。

朱載坖的這個分類處理的辦法其實是得到了大家的贊同，因為現在鬧得最厲害的，就是這些經濟相對比較好的州縣，因為他們可以從中獲取大量的錢糧，所以他們的聲音是最大的，這點朱載坖還是知道的。所以朱載坖首先要做的就是確定好這些州縣的管理，朱載坖命令戶部，將工商賦稅預期很高的州府予以羅列，現在制定對於這些州府的管理辦法，然後再處理其他的州縣。

戶部很快就向朱載坖奏報了這些州縣的名單，分別是直隸順天府、天津府；山西太原府；山東濟南府、德州；陝西西安府；四川成都府；湖廣武昌府、長沙府；南直隸應天府、常州府、揚州府、淮安府、蘇州府、松江府；浙江杭州府、嘉興府、紹興府、湖州府；福建福州府、臺灣府；廣東廣州府、肇慶府；交趾交州府；雲南雲南府；貴州貴陽府，這些州府，要麼是省會，要麼是經濟發達的地區，確實是要加以重點管理的地方。

對於這些地方的賦稅，朝廷和地方實施動態分配，除了地方的開支之外，剩餘的錢糧都要解運朝廷，由朝廷支配，當然了，既然朝廷從這些州府獲得了相對多的賦稅，對於這些州縣的正印官，也要適當的給一些好處，除了應天府和順天府已經是正三品衙門之外，對於其他的州府，正印官和佐貳官俱升半級，加俸一等，部分重要的城市，如蘇州府、松江府、廣州府、杭州府、天津府，知府升正三品，秩同布政使，以示朝廷對於這些州府的優待和重視。

當然這些州府的正印甚至佐貳官都是要經過吏部部選之後上奏內閣，然後經皇帝御批之後才能夠任命的，屬於地方官中的肥缺。

而對於一般的州府，則在核算之後留下部分賦稅以供州縣開支，剩餘的也要解運朝廷，而對於相對貧困的州府，則是由朝廷予以資助，保證地方官府的正常運轉，以這個作為基準，建立朝廷和地方的分稅制度，同時除了州縣之外，省級一樣也要建立自己的財政體系，除了由朝廷直接控制這些州府的財政，其餘州府的留存錢糧中，還有由一部分要上交給省級，作為省級財政的開支，由巡撫負責編制本省的財政預算，同時還要實施省內的重大工程。

這樣的話，從朝廷到省然後再到府州縣，建立了一整套的財政體系，而巡按御史、各分守道、戶部的各分司，則是監察機構，專門負責對於地方的財政用度進行監察。

在具體的賦稅徵繳上，加重稅務總署的權力，以稅務總署作為大明朝廷的稅務機關，總領天下賦稅之事，地方的所有課稅機構，除了海關和市舶司受海關總署的管理之外，其餘都要受稅務總署的管理，稅務總署向各省和重要的地方派出分司，負責一定區域內的賦稅徵繳，查緝等事項。

對於發現有偷稅漏稅的情況，立即移交地方法司偵辦處理，重大案件要上陳戶部和刑部，上達天聽，嚴密賦稅的徵收，朱載坖命令各地督撫就這個分稅方案予以討論，雖然很多東南和南方的地方官員認為朝廷將絕大部分的稅收都予以起運了，對於東南和南方各省的支援力度不夠，但是大部分的督撫還是贊同這個方案的。

而透過各個行會，商人們和這些工場主對於朝廷的這個工商則例還是能夠接受的，畢竟除了一些奢侈品被可以重稅之外，大部分的商品的稅率都在十分之一作用，一些大宗商品甚至只有百分之三四，稅率相對並不高，但是商賈們擔心的是重複徵稅的問題，尤其是在流通稅這個環節，以往朝廷的鈔關就經常重複徵稅。

除此之外，他們還建議出口商品免徵流通稅，因為他們認為出口商品已經徵收了關稅了，再徵收流通稅有重複徵稅的嫌疑，這點朱載坖並不認可，流通稅是針對國內市場的流通，關稅是出口賦稅，兩者不能等同，但是可以採取出口退稅的措施，用以鼓勵出口，對於朝廷鼓勵出口的產品，退還已納的國內稅款，即商家在商品報關出口時，退還其生產該商品已納的國內稅金。出口退稅，有利於增強本國商品在國際市場上的競爭力，這是可以採用的一個方式。

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