對於方孝孺的死，其實實錄的記載也是比較明確的，按照實錄：“時有執方孝孺來獻者，上指宮中煙焰，謂孝孺曰： “此皆汝輩所為，汝罪何逃？”孝孺叩頭祈哀。上顧左右曰： “勿令遽死。”遂收之，執奸臣齊泰、黃子澄、方孝孺等至闕下。上數其罪，鹹伏辜，遂戮於市。”

對於實錄的這個說法，朱載坖認為也是有些掩飾的，方孝孺明知必死，未必會搖尾乞憐，因為他很清楚自己的下場，這麼做沒有任何意義，應該是實錄為了凸顯靖難的正義性，有所掩飾，但是大體事實並沒有歪曲，所謂誅十族一說，顯然是胡扯。

朱載坖命令廠衛和翰林院等將事弄清楚，第一個有關所謂族誅和方孝孺拒草詔一事的版本出現在天順年間，時任內閣首輔李賢的天順日記中，按照李賢的記載：“文廟過江之日，初即位，欲詔示天下，問姚廣孝舉代草者，曰：“必須方孝孺。”召之數次，不來。以勢逼之，不得已，孝孺持斬衰而行見。文廟即命草詔，乃舉聲大哭曰：“將何為辭？”敕左右禁其哭，授以筆，即投之地，曰：“有死而已，詔不可草。”文廟大怒，以凌遲之刑刑之，遂夷其族。”

這裡面出現了後面方孝孺形象的兩個關鍵點，第一就是拒草詔，第二就是族誅，在成化、弘治年間的廣東按察僉事宋端儀寫了一本所謂革除錄，在其中他就認為李賢的這個記錄“此一段未甚得其實，姑存之。”他之所以這麼認為，不是因為李賢編的太誇張，而是認為李賢編的不夠誇張。

宋端儀同情建文朝的忠臣事蹟遺失，於是搜輯遺事，編寫了《革除錄》。建文朝忠臣有史書記載，自宋端儀開始。宋端儀還為方孝孺編了一段絕命詞：“天降亂離兮，孰知其由。三綱易位兮，四維不修。骨肉相殘兮，至親為仇。奸臣得計兮，謀國用猶。忠臣發憤兮，血淚交流。以此徇君兮，抑又何求。嗚呼哀哉兮，庶不我尤！”

同時將李賢所說的夷其族具體化，記載了方孝孺殉難株連的人數：“今按南京錦衣衛鎮撫司監簿，除前編缺壞外，所存簿籍載正學宗族抄扎人口有八百四十七人。”這就非常之扯了，你宋端儀一個按察僉事，說個不好聽的，雖然是四品大員，但是錦衣衛又不是你家開的，怎麼，你宋端儀把錦衣衛閣架庫搬你家書房了，再說了，就算成祖要大規模誅戮方孝孺的家人，這種他媽的事情，怎麼能公開呢？還記得清清楚楚，有零有整的，對政敵族人進行株連是很常見的，禁燬書籍、捉拿門人也是常有之事，但是至少在宋端儀的時候，所謂誅十族這個事情是不存在。

誰第一個提出這個事情？經過翰林院和廠衛的調查，第一個提出所謂誅十族這個說法的，是祝枝山，他在自己的野史中記錄道：“　 文皇既即位，問廣孝誰可草詔。廣孝以方對，遂召之。數往返，方竟不行，乃強持之入，方被斬衰行哭。既至，令視草，大號詈，不從。強使搦管，擲去，語益厲，曰：“不過夷我九族耳！”上怒曰：“吾夷爾十族！”左右問何一族，上曰：“朋友亦族也。”於是盡其九族之命，而大搜天下為方友者殺之。”

在李賢和宋端儀的基礎上，祝枝山又編出所謂誅十族的說法，基本上後世所流傳的有關方孝孺的形象，大體上就是從這裡出來的，這本書的成書年代大概是正德六年。

而在正德十五年，革除遺事中則是記載道：“先是，燕邸南下，姚廣孝請曰：‘殿下至京，須全方孝孺，殺此人則天下讀書種子絕矣。’上納之。既至，建文帝亡去，遂召孝孺問曰：‘我以周公匡成王而來，成王不在，當議所立。’對曰：‘殿下既以匡王室而來，成王不在，當立成王之子。’忤旨，因有滅十族等語。上大怒，即收捕其族黨，盡誅之。”

基本上到了正德年間，方孝孺的相關形象已經是非常完美了，一個忠君愛國，為了自己的君主慷慨就義的重臣形象，和成祖嗜殺暴虐的形象互相映襯，這就非常之完美了。

而到了嘉靖年間的鄭曉所編撰的文學博士方孝孺一書之中，則是博採眾長，描繪了一個為君死忠的義士形象：“建文君遜去，文皇以姚廣孝言召用孝孺。不肯屈，繫獄。一日遣人諭再三，終不從。又召孝孺草詔，及見，悲慟徹殿陛。文皇降榻勞曰：‘先生無勞苦，餘欲法周公輔成王耳。’孝孺曰：‘成王今安在？’文皇曰：‘渠自焚死。’孝孺曰：‘成王即不存，何不立成王之子？’文皇曰：‘國賴長君。’孝孺曰：‘何不立成王之弟？’文皇又曰：‘先生無過勞苦。’置左右授筆札，又曰：‘詔天下，非先生草不可。’孝孺大批數字云云，投筆於地，又大哭。且罵且哭曰：‘死即死，詔不可草！’文皇大怒，命磔諸市。孝孺慨然就戮，為絕命詞曰：‘天降亂離兮，孰知其由。奸臣得計兮，謀國用猶。忠臣發憤兮，血淚交流。以此徇君兮，抑又何求。嗚呼哀哉兮，庶不我尤！’時年四十六。復詔收其妻鄭，鄭先已經死。宗族坐死者八百七十三人。”

現在所流傳的各種有關方孝孺的形象之中，鄭曉的說法已經被大規模的採用了，朱載坖之前嚴懲了鄭曉，但是朱載坖也很清楚，僅僅這麼做並不能夠使得這些流言消失，所以朱載坖要用刊刻國史和實錄的方式，去偽存真，以以正試聽，不僅僅要如此，朱載坖還特地命令翰林院，將這些所謂的流言予以消滅，去蕪取精。

除了這些問題之外，最重要的就是所謂方孝孺拒草詔一事，也要予以駁斥。