從朝廷和皇帝的角度來說，朱紈當時的行為，就是擅殺無疑，而且朱紈是自殺的，在其死後，朝廷並沒有再進行追究了，這確實是一個很重要的問題，作為右都御史，勞堪認為自己還是有義務將此事說清楚的，勞堪說道：“陛下，臣審得此事，朱紈之自殺，原因有三，貪昧隱忍，茹柔吐剛，上不能塞責，下不能取容，一也；漳捷既傳，賊徒警動，一時航海者數千家，城中聚觀者，日以萬數，倉卒禍起，必坐激變，二也；身不知退，被論逐回，三也。”

對於此事，勞堪的評價還是比較客觀的，朱紈的死，確實是和這些所謂的閩粵豪商脫不了干係，但是朱紈自己的性格特點也確實是造成了這個悲劇，這點確實還是比較中肯的，朱紈在被彈劾之後就顯得極為焦躁，多次在給同僚的書信中說道：“不死盜賊之手，必死筆舌之鋒。”

當然，在其中出力最大的就是這些閩粵等地的官僚們，在朱紈之死中，兵部侍郎詹榮起到了極為重要的作用，詹榮在給朝廷上疏中說道：“夷船初在舊浯嶼地方，及逐出復回靈宮澳下灣，曾否登岸及的海打劫殺人？所開紙帖、貨帳是否居民勾引接買啟恤？該地方官員曾否為其追理？及查往年夷船突至沿海劫掠，及止作買賣未曾劫掠者，各應得何罪？該省相沿舊規作何處分，應否即行擒殺？再照前項夷賊雖稱敵獲，被傷兵夫，有無隱匿失事重情？斬獲賊犯首級是否真正？生擒夷王黨類作何審處？交通內應賊犯是否情真，有無枉誤？”

對於朱紈進行了極為嚴厲的彈劾，如果說時任兵部尚書翁萬達是迫於鄉黨的壓力在這件事情上順水推舟的話，那詹榮就是積極促進此事，在其中上躥下跳，必欲扳倒朱紈，詹榮以“福建多賢之鄉，廷論素所倚重”，在朝廷中造勢，營造出朱紈在福建荼毒士紳的形象，然後又藉由朱紈擅殺一事，將此事鬧大，想要將朱紈扳倒，這點確實是很清楚的事情。

勞堪說完之後，王錫爵趕緊說道：“陛下，朱紈奉旨行事，漳人大恐，有盡室浮海者，日走往聚觀諸俘，偶語藉藉，逾時乃定。捷聞，則與連者無所釋憾，反疏言其擅殺作威，此豈朝廷待功臣之道也？”

朱載坖問道：“當年此案，如何了結的？”

勞堪向朱載坖詳細彙報了此案的了結過程，經過科道的行勘，認為朱紈身負大罪，反上疏告捷。而盧鏜、柯喬與朱紈相佐，應以首犯論處，其他官員如通判翁燦、指揮李希賢等罪次之，指揮僉事汪有臨、知府盧璧、參將汪大受又次之；拒捕頑抗的葡萄牙人方叔擺等四人當處死，其餘佛南波二者等 51 名當安置；見存通番奸徒當如律發配發遣。兵部三法司根據杜汝楨等人的調查進行復審，判處朱紈、盧鏜、柯喬有罪，翁燦等人下巡按御史審問，汪有臨等人分別予以罰俸等懲處。

但是由於朱紈已死，實際上在朱紈死後，沒有繼續追究，申時行等人出班奏道：“陛下，朱紈自戕，使忠良扼腕，天下嘆息，中外皆搖手不敢言禁事，伏祈陛下大振乾綱，裁自宸衷，厚加褒揚，嚴究幕後主使，以慰忠臣之心也！”

申時行的話基本代表了整個東南士紳的看法，就是透過為朱紈昭雪，厚加贈諡，來達到對於朱紈的褒揚，同時既然朝廷要褒揚朱紈，自然是要對於當年陷害朱紈的這些人加以嚴懲，這點是肯定的，林希元肯定是不用說的，還有詹榮、陳九德、翁萬達等人，都在當年陷害朱紈的過程中出了力的，這些人都是閩粵的世家豪強，自然是東南士紳們嚴厲打擊的物件，正好可以藉機收拾一下閩粵集團。

而朱載坖則是要藉機整頓閩粵走私和地方宗族勢力，加強朝廷對於閩粵的控制，從某種意義上來說，朱載坖這次和東南士紳們的目的是一致的，都是要整頓閩粵，但是具體怎麼做的問題上，朱載坖還是有自己的想法的。

朱載坖於是說道：“林希元通番一事，現既審明，送法司依律懲處，朱紈為國執法，深可憫惻，令禮部詳議身後卹典，報與朕知，至於其餘諸人，都察院詳查之後，再擬來處斷。”

對於現在這種情況，朱載坖還是作出了自己的決斷，對於此案的禍首林希元及其家族，自然是不能放過的，要予以嚴懲，這是為了警示這些閩粵的地方勢力，不要天高皇帝遠，朝廷就把你沒有辦法，想要倚仗自己的家族勢力和朝廷作對，就要做好抄家滅族的準備。

對於朱紈，朱載坖自然也要是予以褒揚的，朱紈執行的事朝廷的大政，不管海禁政策在當時是否合理，畢竟那是朝廷和皇帝都點頭了事情，尤其是朱紈在大計海盜、倭寇等方面還是取得了很大的成效的，所以朱載坖認為應當予以褒揚，而同時對於涉案的其他人等，朱載坖卻並沒有立即予以處理。

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