嚴嵩的目的是將此事交兵部，加以緩衝，因為嚴嵩自己不是擅長軍務的人，而且朱紈是夏言所舉薦的人，所以嚴嵩自然是不可能來保他的，嚴閣老沒有落井下石已經算是夠意思了。但是嚴嵩漏算了一點，就是當時兵部的堂官，尚書翁萬達和侍郎詹榮都是閩粵人，他們自然對於朱紈不可能有什麼好印象了。

當然也有可能是嚴閣老知道翁萬達等人就是要搞朱紈，嚴閣老只不過是借刀殺人，敲打一下朱紈，但是沒有想到翁萬達等人將此事做的這麼絕。

所以在兵部會同三法司看議之後，向朝廷復奏道：“切照國家制律，一應獄囚，鞫問明白，審錄無冤，猶必轉詳，待報而後處決者慎刑之。所斬賊首李光頭等並交通內應賊犯九十六名是否俱在夷船拒敵？曾否駕使雙桅大船流劫邊海，勾引外夷等項，應否斬首示眾？處斬之時果否在於軍前？如已擒獲日久，因何不行奏請？賊擒於二月，奏發於三月，似非臨陣者比，宜俟得旨行刑。”

兵部對於此事的結論，對於此事來說是蓋棺定論的事情，兵部的這個結論以上，朱紈的擅殺之罪顯然是成立了，朝廷不可能不追究此事的，於是嚴嵩擬票：“差兵科給事中杜汝楨與會同巡按御史陳九德從實查勘具奏。”

而世宗皇帝的硃批是：“朱紈不待奏請，輒便行殺，革了職聽勘；盧鏜、柯喬等差去官提了憲問。”

即便到了這個時候，不管是嚴嵩還是世宗皇帝，也沒有對朱紈動殺心，這點是很清楚的，嘉靖生氣的原因其實在硃批中已經是很說的很清楚的，嘉靖氣惱的就是朱紈不待奏請，輒便行殺，殺人這麼大的事情，都不向朝廷奏報了，你朱紈狂的沒邊了，不收拾一下怎麼說的過去？

所以嘉靖其實已經為此事劃了界限了，按照殺人的決策是朱紈做的，此事要處分，也是首先處分朱紈才是，但是嘉靖的處分是將朱紈罷官，盧鏜、柯喬交科道行勘，輕重高下其實已經是很清楚了。即便是最後坐實此事，對於朱紈也不會處分的太重的，但是朱紈自殺，將此事搞得極為被動。

朱載坖在瞭解了此事的經過之後，問道：“諸位怎麼看此事啊？”

現在要為朱紈昭雪，但是實際上是有個很尷尬的問題，就是朝廷其實從始至終都沒有給朱紈定個明確的罪名，嘉靖在硃批中倒是確定了一點就是不待奏請，輒便行殺，這點其實也就是朱紈的死因，對於嘉靖來說，他是絕對不能容忍這種行為的，這是對於朝廷權力和皇權的侵犯，這是嘉靖一定要懲處他的主要原因。

但是在朱紈死後，嘉靖也就放過了此事，並沒有繼續追究此事，此事也就作罷了，所以昭雪一事實際上是有些尷尬的，因為朝廷並未定罪，何談昭雪呢？

首輔申時行說道：“陛下，朱紈奉旨執法，閩中貴臣相呴紈不休而陰迫之死，此誠可嘆息者！”申時行的意思其實是很明確的，就是要查明朱紈之死的緣由，也就是所謂的閩中貴臣陰迫之死，朱載坖並沒有立即回應申時行的說法，而是問道：“勞總憲怎麼看此事？”

現在事情的重點就來到了勞堪的身上，作為主審此案的右都御史，勞堪是很清楚其中的份量的，蘇松籍官僚必欲藉此次為朱紈翻案狠狠地打擊閩粵籍官員，因為從開海以來，閩粵海商集團的勢力迅速膨脹，很快就有與東南商幫們分庭抗禮了，有了雄厚的資本，這些人的腰桿自然也是挺起來了，他們在朝廷中現在也是一股重要的力量，同時和東南士紳集團全面鬥爭，不僅僅是爭奪經濟利益，還有政治權力，所以這次東南士紳集團才會這麼積極的配合朱載坖，打擊閩粵集團，朱載坖也一改之前對於東南士紳集團的打擊態度，積極支援東南士紳集團和閩粵集團對抗。

現在圍繞著朱紈一案，兩方爭執不休，而勞堪作為朱載坖所指定的主審此案的都御史，自然是要以朱載坖的意志為準的，朱載坖現在是要借東南士紳這把刀收拾現在跳的最高的閩粵集團，這點是勞堪很清楚的事情，但是作為朱載坖的近臣，勞堪也很清楚，朱載坖一向對於東南士紳群體是持防範態度的，之前朱載坖就已經多次打擊過東南士紳群體了，這次的合作是否會改變朱載坖的一貫態度，這點是極為重要的。

。的好麼什沒是說來坖載朱於對點這，了狠於過的擊打被團集粵閩願不也坖載朱是但，作合們紳士南東和是在現坖載朱然雖，紳士南東縱放於等不團集粵閩擊打點重廷朝是但，的疑置庸毋事點這，件的擊打點重要在現廷朝是也，團集人商個一的跳最明大是實確在現團集人商粵閩，說來坖載朱於對，了事此過量思細仔經已堪勞，前之此在，法想的去過得說對相個一出拿，思意的坖載朱據要須必，說來堪勞於對，點要重個一的慧智治政堪勞驗考是也

”。也事之然昭此，番通元希林。清已略大然，貌全得未雖，書文應一案本詳看，諭上奉欽臣，下陛“：道說句語下一了酌斟堪勞以所

。”山滿幟旗，賊之嶺赤“稱妄至甚，”民居城一檢搜議建“又，後其。”發調容不“然竟元希林，兵鄉調紈朱，時襲遭安同。大更度力涉干的務事方地對元希林，後仕致，府方地制挾，力勢的地當在和的己自用利還元希林時同，事的疑無鑿確是該應，番通元希林劾彈年當紈朱，事的道知都明大在現是點這

。難困很也，白辯之為要非，的楚清很是實其，事一殺擅紈朱是就先首，了雜複較比就，事一雪昭紈朱為是但，事的楚清很是點這，元希林懲要在現，事的楚清很經已是都些這