面對都察院所重新行勘的相關證據，即便是閩粵籍的官員也無法為林希元辯白，這點已經是非常之清楚的事實了。每天都察院都會公佈各種證據，尤其是行勘的各種證據，當年的很多證據也都浮出水面了，各種證據都很明確的證實，當年朱紈對於林希元的彈劾是確實的，當年的林希元確實是通番，這點是毋庸置疑的。

而軍機大臣俞諮皋則是給此事下了一個最終的結論，俞諮皋拿出了其父俞大猷的正氣堂集，在其中俞大猷對於朱紈是高度評價的，並且為之惋惜，俞大猷在其中說道：“數年之前，有徽州、浙江等處番徒，勾引西南諸番，前至浙江之雙嶼港等處買賣，逃免廣東市泊之稅。及貨盡將去之時，每每肆行劫掠，故軍門朱（朱紈）慮其日久患深，禁而捕之。自是西南諸番船隻，復歸廣東市舶，不為浙患。當時倭寇未侵，東南無事，而巡撫朱節制精明，賞罰信必，隙將開而先室，機方動而亟除，任事不慮其怨，逮下必開其誠，算計靡爽，從諫如流，人得以盡其心，眾皆願為之死。使其不遭浮議，得久在職，則其制置愈詳，禁防益密。如王直之巨猾，必不得以恣橫於浙東，而沿海之奸徒，豈敢出入倭國。”

俞大猷作為東南重將，他的話還是有很重的份量的，俞大猷對於朱紈，顯然是十分之惋惜的，同時更多當年參與過東南抗倭的臣子們及其後代也紛紛向朱載坖上疏，請求為朱紈昭雪。

朱載坖在批閱這些奏疏之後，下達上疏，將之前都察院解送林希元后代變為逮問林希元，這些變化是極為重要的，這就意味著朱載坖以皇帝的名義出現干涉此事，力度是極大的，逮問尤其是朱載坖親自下旨的逮問，自然是要定罪的，這也就說明了朱載坖的態度，而在做完了這件事情之後，朱載坖所要關注的就是為朱紈昭雪的事情。

這個事情其實還是有那麼一點棘手的，因為朱紈畢竟是自殺的，這就使得很多事情很難說了，朝廷其實最後並沒有給朱紈定罪，因為在朝廷準備行勘之際，朱紈就說過：“縱天子不欲死我，閩浙人必殺我。吾死自決之，不須人也。”寫好了墓誌銘，仰藥而死，這就使得現在朝廷要為之昭雪，有些麻煩，畢竟從理論上來說，朝廷還沒有來得及給朱紈定罪，朱紈就已經自殺了。

所以朱載坖必須要召集內閣和法司相關的重臣，來商討此事，朱載坖首先就擺明了自己的態度，朱載坖說道：“當日朱紈一案，事起倉促，朝廷受奸佞之欺，未能審明查實，以致於今日之事，故當糾正，以慰忠良之心也。”

朱載坖這話的意思是很深刻的，首先就是對於之前的事情進行了總結，就是將之前的事情定性為由奸佞欺騙朝廷，這點是極為重要的，事實上朱紈之死還是有很深刻的政治鬥爭在其中的，朱紈是夏言所器重的人，在當朱紈在和閩粵等地的地方勢力激烈鬥爭的時候，嚴嵩也扳倒了夏言，成為了首輔，朱紈失去了在朝中的靠山，而剛剛當上首輔的嚴嵩，根本來不及處理這些事情，他那會忙著安插自己的親信，控制朝廷，哪有功夫去管閩粵的事情。

朱紈和林希元之間的互相攻訐，在嚴嵩看來只不過是地方大員和地方豪強之間的攻訐罷了，這種事情在大明並不是什麼罕見的事情，所以嚴嵩本來是想再看看的，同時也有敲打這個前首輔的心腹之意，不管怎麼說，嚴嵩的放任確實是在這件事情上起了極壞的作用，平心而論，彼時的嚴嵩雖然已經是首輔了，但是對於朝廷的掌控遠遠談不上得心應手，即便是要整朱紈，嚴嵩當時也是沒有這個能力的。

所以朝廷在這個事情上的責任就是誤信奸佞之言，導致朱紈蒙冤，這點是朝廷這次的底線，這也是必須要清楚的，對於朝廷來說，既要為朱紈昭雪，又要控制此事的波及範圍，這點是極為重要的，為朱紈昭雪就昭雪，不要再波及到嘉靖朝的舊事，這點是朱載坖的態度。

首先自然是主辦此案的右都御史勞堪了，勞堪自然是要向朝廷以及在場的重臣們解釋此事，勞堪認為，根據現在都察院所掌握的情況來看，林希元及其黨羽主要彈劾朱紈的就是擅殺，這點在嘉靖朝是極為嚴重的政治問題，嘉靖對於此事是很看重，朱紈走馬溪一戰後，擅自將九十六人斬首，這才是最終逼死朱紈的原因。

在這其中，時任兵部尚書翁萬達、侍郎詹榮，御史陳九德、給事中杜汝楨等官員上疏彈劾朱紈擅殺，這點是對於朱紈來說極為致命的事情，因為這個事情朱紈確實是有些說不過去的，當時擊佛郎機於走馬溪，擒光頭等九十六人，械送軍門，都御史朱紈俱以便宜誅之。

所以巡按御史陳九德上疏彈劾朱紈稱：“律有明條，蓋生殺之權在朝廷，非臣下所敢專者。九十六人者未必盡皆夷寇也，同中國姓名者，非沿海居民乎？又恐未必皆謀叛也。如有通番等項，豈無應分首從者乎？百十人犯一時刈如草菅，既經題題請而不行少候，是曰擅殺；既幹人眾而不行復審，是曰濫殺，且其一面具題，一面行事，是不暇候命而已自獨斷之矣！”

陳九德彈劾朱紈的其實是三個罪名，擅殺、濫殺和獨斷，而且確實是有其道理了，朝廷法有明文，凡流刑以上，都是要刑部複審，大理寺複核的，即便是在嘉靖時期，不經朝廷明令就處決人犯，這絕對是一個大錯，尤其是對於嘉靖這樣權力慾極重的人來說，更是不能容忍的，所以陳九德的彈劾立馬引起了嘉靖的重視，嘉靖將此事下內閣，而嚴嵩的回奏是命兵部詳勘此事。