陳瑛，字子玉，湖廣蘄州人。洪武年間以國子監生入仕，歷任御史、山東按察使，卻因辦案過於苛刻被貶；建文帝時，他雖重回官場，卻始終未得重用，鬱鬱寡歡。直到永樂元年（1403年），朱棣推翻建文帝登基，陳瑛因率先上表擁護，被擢升為都察院左都御史——這個掌管全國監察、彈劾百官的職位。此後數年，他以“靖難餘黨”為名，羅織罪名，株連無辜，數萬人因他的彈劾而死，史稱“瑛為都御史，專以搏擊為能，建文諸臣，誅夷殆盡”。

永樂元年（1403年）正月，朱棣在南京登基，改元永樂。登基後的第一件事，就是清算建文舊臣——那些曾效忠建文帝的官員，成了他的眼中釘。這時，朱棣啟用陳瑛來主持“清算”。

朱棣召見陳瑛時，問他：“如今建文餘黨仍在朝中，若不嚴懲，恐生後患。你若任都御史，當如何處置？”

陳瑛躬身回道：“臣以為，治亂世當用重典。建文舊臣中，若有誓死不降、仍懷異心者，當誅之以儆效尤；若有雖降卻私下議論陛下者，當貶謫流放；若有安分守己、願為陛下效力者，可暫留原位，以觀後效。”

這番話，說到了朱棣的心坎裡，他當即任命陳瑛為都察院左都御史，還特批他“凡建文餘黨案，可先審後奏，不必事事請示”。拿到這個權力後，陳瑛第一時間就把矛頭對準了建文朝的核心大臣——方孝孺。

當時方孝孺因為拒絕為朱棣草擬登基詔書，被朱棣下令打入天牢。陳瑛讓人偽造了一封方孝孺與“建文舊部”的書信，信中寫道“待時機成熟，當聯絡各地藩王，共討朱棣”。朱棣看了書信，勃然大怒，當即下令將方孝孺押赴刑場，凌遲處死。可陳瑛還不滿足，又奏請朱棣“族誅方孝孺”，理由是“方孝孺的親友多為建文舊臣，若留之，恐為後患”。朱棣准奏，方孝孺的父族、母族、妻族共八百七十三人，全被處死，連他的學生、朋友都被牽連，流放者達數千人——這就是歷史上著名的“方孝孺案”，也是陳瑛主持“清算”的第一個大案。

方孝孺案後，陳瑛在都察院設立了“建文餘黨專審司”，專門負責蒐羅建文舊臣的罪證。只要有人舉報“某官曾為建文效力”，不管證據真假，陳瑛都會立刻派人將其逮捕入獄。為了讓犯人“認罪”，他還發明瞭多種酷刑，比如“烙鐵烙身”“灌鉛水”，不少官員不堪折磨，只好屈打成招。

建文朝的兵部尚書齊泰，在朱棣起兵後曾率軍抵抗，後來兵敗逃亡，被燕軍抓獲。陳瑛審案時，齊泰堅稱自己“只為保社稷，非為個人”，不肯認罪。陳瑛見狀，下令對他用刑，還把他的兒子抓來，當著他的面嚴刑拷打。齊泰不忍兒子受苦，只好承認自己“謀反”。最終，齊泰被凌遲處死，他的家族也被株連，僅十歲以下的孩童被流放，其餘人全被殺死。

同樣被陳瑛構陷的，還有建文朝的太常寺卿黃子澄。黃子澄是“削藩”的主要倡導者，朱棣對他恨之入骨。陳瑛抓到黃子澄後，沒有立刻定罪，而是先將他押到南京街頭示眾，讓百姓扔石頭辱罵他。示眾結束後，陳瑛才開始審案，逼黃子澄寫下“認罪書”，承認自己“蠱惑建文削藩，引發戰亂”。黃子澄不肯寫，陳瑛就下令“割其舌”，讓他無法說話，最後還是讓人代筆寫下“認罪書”，將他凌遲處死。黃子澄的家族也未能倖免，株連三族，死者達數百人。

雖然方孝孺、齊泰、黃子澄等核心大臣已經被殺，陳瑛的“清算”卻沒有停止，反而從京城蔓延到了地方，從官員波及到了庶民。只要與建文帝A有過一絲關聯，哪怕只是給建文舊臣送過一封信、當過一次幕僚，都可能被陳瑛定為“靖難餘黨”，招來殺身之禍。

永樂二年（1404年），陳瑛查到建文朝的禮部侍郎黃觀，在朱棣登基後投江自盡，可他的家人還在安徽貴池老家。陳瑛立刻派人前往貴池，將黃觀的妻子翁氏、兒子黃永逮捕入獄。翁氏知道自己難逃一死，在獄中對兒子說：“你父親是忠臣，我們不能辱沒他的名聲。”隨後，翁氏帶著黃永一起投水自盡。可陳瑛卻不罷休，又下令搜捕黃觀的族人，將他的叔伯、兄弟共二十餘人全部處死，理由是“他們明知黃觀‘謀逆’，卻不舉報，屬同黨”。

同年，蘇州府有個名叫高啟的詩人，曾在建文朝任翰林院編修，朱棣登基後，高啟辭官歸隱，專心寫詩。高啟曾寫過一首《題宮女圖》，詩中有“小犬隔花空吠影，夜深宮禁有誰來”的句子，朱瑛便認定高啟是“借詩諷刺，懷念建文”。他當即下令將高啟逮捕，押赴南京。高啟在獄中辯解，說自己只是“詠史懷古，並無他意”，可陳瑛根本不聽，奏請朱棣將高啟“腰斬”——這是一種極其殘酷的刑罰，將人從腰部砍成兩段，讓人在痛苦中慢慢死去。高啟死後，他的朋友、學生中有三十多人被牽連，有的被流放，有的被處死，蘇州的文人圈子一時間人心惶惶。

陳瑛的濫殺，甚至波及到了朱棣的親信。永樂三年（1405年），都察院御史解縉因才華出眾，深得朱棣信任，奉命主編《永樂大典》。可解縉曾在建文朝任翰林院庶吉士，雖早早歸附朱棣，卻也被陳瑛盯上了。陳瑛查到，解縉在主編《永樂大典》時，收錄了不少建文朝的詩文，便上書彈劾解縉“私藏建文文獻，意圖復辟”。朱棣起初不信，覺得解縉是“有功之臣”，可陳瑛卻不斷上奏，還拿出解縉收錄的詩文，逐字逐句“解讀”，說某句是“懷念建文”，某句是“諷刺陛下”。久而久之，朱棣也對解縉起了疑心，雖沒治他的罪，卻將他調離了《永樂大典》的編修團隊，派往廣西任布政使司參議。