陳瑛還鼓勵“告密”。他下令，只要有人舉報“靖難餘黨”，無論真假，都能得到賞賜；若舉報屬實，還能當官。這道命令一齣，南京城頓時掀起了“告密之風”。有人為了升官發財，誣告鄰居於“建文舊臣”有來往；有人為了報私仇，陷害仇人“私藏建文詔書”。陳瑛對這些舉報來者不拒，每舉報一人，就派人去查，不認罪就用刑，直到犯人“認罪”為止。據《明史》記載，永樂前三年，因“靖難餘黨”案被處死的官員、百姓達數萬人，流放者更是不計其數，南京的監獄裡人滿為患，刑場上每天都有犯人被處死。

有一次，朱棣在宮中設宴，看到窗外飄著雪花，隨口說了句“今年雪下得早，不知百姓是否寒冷”。陳瑛當即接話：“陛下仁德，心繫百姓。可如今仍有建文餘黨潛藏民間，若不徹底清除，百姓難以安居樂業。臣請陛下准許，再派御史到各地巡查，務必將餘黨全部抓獲。”朱棣聽了，沉默了，最後說：“此事容後再議。”——此時的朱棣，片刻或許已經察覺到陳瑛的濫殺。

永樂六年（1408年），陳瑛不僅掌管都察院，還兼任錦衣衛都指揮僉事，監察百官的同時，還掌控著特務機構，朝中官員無不畏懼他，連六部尚書見了他，都要禮讓三分。陳瑛更加肆無忌憚，開始對朱棣的親信大臣下手，最終觸怒了朱棣。

這年夏天，陳瑛彈劾隆平侯張信“貪贓枉法，強佔民田”。張信是朱棣的功臣，當年朱棣起兵時，張信曾向他通風報信，幫他躲過了建文帝的抓捕，朱棣登基後，封他為隆平侯，十分信任。陳瑛彈劾張信，理由是“張信在北平任上，強佔民田三百畝，還縱容家奴毆打百姓”。朱棣知道後，覺得陳瑛“小題大做”，畢竟張信是自己的功臣，這點“小錯”不足以定罪，便駁回了陳瑛的彈劾，還特意召見張信，安慰他說：“陳瑛此人過於嚴苛，你不必放在心上。”

可陳瑛卻不罷休，又連續三次上書彈劾張信，還拿出了“證據”——幾張百姓的“控訴狀”，說張信的家奴如何毆打他們，如何強佔他們的田地。朱棣見狀，雖有些不滿，卻也只好下令讓張信“退田還民，罰俸一年”，算是給了陳瑛一個面子。可陳瑛並不滿足，又盯上了另一個功臣——兵部尚書金忠。

金忠曾是朱棣的謀士，在“靖難之役”中多次為朱棣出謀劃策，朱棣登基後，任命他為兵部尚書，主管軍事。陳瑛彈劾金忠，說他“徇私舞弊，提拔建文舊臣”——金忠確實提拔過一個名叫劉璟的官員，劉璟是建文朝的御史，可劉璟才華出眾，且早已歸附朱棣，金忠提拔他，也是為了朝廷。可陳瑛卻認定劉璟是“建文餘黨”，金忠提拔他是“意圖不軌”。

這次，朱棣沒有再容忍。他當著文武百官的面，斥責陳瑛：“金忠是朕的功臣，劉璟也是歸附朕的賢臣，你為何總要雞蛋裡挑骨頭？你任都御史以來，殺了多少人？難道非要把朝中官員都殺完，你才甘心嗎？”

陳瑛沒想到朱棣會當眾斥責自己，一時慌了神，連忙磕頭謝罪，說自己“只是為了朝廷，並無他意”。可朱棣已經對他失去了耐心，下令將他革去錦衣衛都指揮僉事的職位，只保留都御史的頭銜，還警告他“若再濫殺無辜，朕必嚴懲不貸”。

可陳瑛還是沒吸取教訓。永樂七年（1409年），他又彈劾戶部尚書夏原吉“治水不力，浪費國庫”。夏原吉是永樂朝的重臣，負責治理黃河、運河，功績卓著，朱棣十分倚重他。陳瑛的彈劾，徹底激怒了朱棣——他覺得陳瑛已經不是在“清算建文餘黨”，而是在濫用職權，打壓異己，甚至想操控朝政。

朱棣當即下令將陳瑛逮捕入獄，命三法司（刑部、大理寺、都察院）聯合審訊。三法司的官員早就看不慣陳瑛，很快就查出他“濫殺無辜、收受賄賂、偽造證據”等多條罪狀。其中最嚴重的一條，是他曾接受一個富商的賄賂，誣告一名正直的官員是“建文餘黨”，導致該官員全家被殺。

永樂八年（1410年）正月，朱棣下旨，將陳瑛押赴刑場，斬首示眾。

陳瑛死後，朱棣下令廢除“建文餘黨專審司”，還下了一道詔書，說“前都御史陳瑛，濫用職權，濫殺無辜，朕之過也。自今往後，凡治獄，必以證據為準，不得屈打成招，不得株連無辜”。

百年後，《明史》的編撰者在寫到陳瑛時，留下了一句話：“瑛性殘刻，善承上意，帝（朱棣）倚之如刀。及帝悟，瑛亦誅矣。”