再就是開創醫藥。黃帝看到百姓遭受疾病折磨，有的死於瘟疫，有的死於傷痛，於是召集岐伯、雷公等醫生，在明堂裡討論醫學道理。黃帝問：“人為什麼會生病呢？”岐伯回答說：“天地間有金、木、水、火、土五種元素，人體內有肝、心、脾、肺、腎五個臟器，五行之間相互滋生又相互制約，五臟之間相互輔助又相互影響，人生病的原因，都是因為五行失衡、五臟功能失調。”黃帝又問：“用什麼方法治療疾病呢？”雷公回答說：“草木有不同的藥性和味道，金屬、石頭也有不同的特性，可以藉助它們的特性來調節人體的失衡狀態；還有針灸、艾灸的方法，可以疏通經絡、引導氣血執行。”黃帝於是和岐伯走遍山川，親自品嚐各種草木，辨別它們寒熱溫涼四種藥性，酸苦甘辛鹹五種味道，記錄下哪種草木能治療哪種病症——比如麻黃可以驅散風寒，甘草能調和各種藥物的藥性，丹參可以促進血液流通。兩人把討論的醫學道理、藥方，一一記錄下來，編成《黃帝內經》十八卷，傳給後代，拯救無數百姓脫離疾苦。直到現在，中醫又叫做岐黃之術，源頭就來自這裡。

除此之外，黃帝還命令共鼓、貨狄製造船隻和船槳，方便人們渡過江河湖海；命令邑夷製造車子，方便交通運輸，“軒轅”這個名字，也因為他造車的功績而來；命令胡曹製作衣服，上身穿的叫衣，下身穿的叫裳，讓百姓懂得禮儀規範；命令隸首創造算術方法，制定長度、容量、重量的標準，方便人們進行交易；命令寧封子擔任管理製陶的官員，燒製陶器，讓百姓拋棄簡陋的土器改用陶器，飲食更加潔淨。黃帝又劃分田野、設定州郡，安排左右大監，監督天下各個部落，各個部落和睦相處，祭祀天地鬼神、名山大川的活動也越來越多——只要是天下的名山，黃帝都會親自前往舉行封禪儀式，祭拜天地，祈求天下太平、百姓安康、物產豐富。

黃帝治理天下一百年，天下安定太平，百姓安居樂業，晚上不用關門防盜，路上丟失東西也不會有人私自拿走。但黃帝清楚，人的壽命是有限的，而天道是無窮無盡的，他想尋求長生的方法，以便永遠保護華夏百姓。後來聽說崆峒山上有位叫廣成子的上古仙人，住在石頭屋子裡，懂得天道的關鍵道理。黃帝於是放棄帝王的尊貴身份，穿著粗布衣服，踩著草鞋，前往崆峒山拜見廣成子。

到達崆峒山後，黃帝看到山勢高達萬仞，雲霧繚繞，沒有可以攀登的道路。於是他齋戒三天，摘掉帽子、光著腳，步行上山。走到半山腰時，一位叫赤松子的仙人出現，問道：“你是天下的君主，為什麼要這樣辛苦自己呢？”黃帝回答說：“我聽說廣成子懂得天道，我想向他請教長生的方法，不是為了我自己，而是為了保護百姓。”赤松仙子被他的誠心感動，於是帶領黃帝來到石頭屋子前。廣成子正躺在床上不起來，黃帝在臺階下跪拜，說：“聽說先生明白最根本的道，希望先生能告訴我，怎樣修養身心，才能活得長久？”廣成子沒有回應。黃帝再次跪拜，說：“我希望聽您講講天道的關鍵、陰陽變化的規律。”

廣成子這才猛地坐起身，說：“你問的這個問題，正好問到了道的精髓！我告訴你：最根本的道的精華，深邃幽暗；最根本的道的極致，昏沉靜默。不看不聽，保持精神的寧靜，身體自然會保持健康。一定要保持安靜、保持清淨，不要讓身體勞累，不要讓精神動搖，這樣才能長生。眼睛不要亂看，耳朵不要亂聽，心裡不要胡思亂想，你的精神就會守護身體，身體就能長生不老。”說完，廣成子傳授給黃帝《自然經》一卷，又指向崑崙山的方向，說：“崑崙山是天帝在人間的都城，有西王母住在那裡，你可以去拜見她，獲得象徵土德的憑證。”

黃帝感謝廣成子後，就前往崑崙山。崑崙山方圓八百里，高達萬仞，山上長著一種叫木禾的植物，高達五尋（一尋約八尺），樹幹粗達五圍（一圍指兩臂合抱的長度）；東邊有青鳥棲息，西邊有三足烏站立，北邊有九尾狐遊走。黃帝走到崑崙山上，看到西王母乘坐著雲車，由白虎駕車，左右兩邊有仙女手持旗幟，仙樂繚繞。西王母對黃帝說：“你治理天下有功，德行和土的特性相契合，天下的中央屬於土，土是萬物生長的根本，你應當承接土德，成為中央天帝。”於是授予黃帝玄圭（象徵土德的祥瑞之物），又賞賜他長生不老藥，說：“這藥可以幫助你飛昇成仙，但你需要先回到人間，了結塵世的緣分。”

黃帝帶著玄圭和長生藥返回部落，知道自己即將離開人間，於是召集大臣們，立昌意為太子，叮囑他們說：“我離開後，你們要輔佐昌意，遵守我的治國之法，不要丟失華夏的精神根基。”又把《黃帝內經》、音律知識、文字方法，一一託付給大臣，百姓們聽說後，都痛哭流涕地挽留他。

黃帝在鼎湖岸邊，修築祭壇煉製丹藥。丹藥煉成那天，天空中出現吉祥的雲彩，一條黃龍從天上降落，鱗片反射著太陽的光芒，鬍鬚像懸掛在天空的雲彩一樣長。黃龍低下頭，對黃帝說：“天帝召喚你，可以乘坐我上天。”黃帝登上龍背，大臣和百姓們爭相抓住龍的身體，想跟著黃帝一起上天，黃龍抖動鱗片，人們都掉落在地上，只有黃帝和七個人飛昇上天。百姓於是取出黃帝留下的衣服和帽子，埋葬在橋山，這就是黃帝陵。

黃帝飛昇上天后，天帝任命他為“中央土德帝”，居住在紫微宮，統管四方天帝（東方青帝太昊、南方赤帝炎帝、西方白帝少昊、北方黑帝顓頊），主管五行中的土元素，負責孕育萬物。他雖然在天界，卻依然牽掛著華夏百姓：看到人間發生瘟疫，就託夢給岐伯，讓《黃帝內經》完整地流傳下來；看到諸侯之間發生紛爭，就派遣神龍下凡，顯示“龍的後裔同出一源”的徵兆，讓諸侯停止戰爭；看到百姓遭遇災荒，就命令風雨按時到來，讓五穀豐收。

後來道教興起，尊奉黃帝為“修仙始祖”，說他得到廣成子傳授的道法，丹藥煉成後飛昇成仙，成為道教“三清”之下的重要神靈。而華夏子孫，無論身處哪個地方，都自稱“黃帝子孫”“龍的傳人”——黃帝討伐蚩尤時的勇猛，創造文字時的智慧，開創醫藥時的仁心，飛昇後對人間的庇佑，早已變成華夏民族的精神基因，跨越千年時光，永遠不會磨滅。