這裡需先說明，中國是世界上最早建立隔離防疫制度的國家。漢代便有“菴廬”，用於隔離染疫的百姓；唐代設立“病坊”，宋代設立“安濟坊”，都是官方的隔離救治機構。可到了明末，戰亂頻發，這套體系早己徹底崩潰，百姓染疫之後，只能在家等死，反而感染了全家全族。

此次的隔離制度，在古代體系的基礎上，做了全面的升級：在各府、縣的城外，設立標準化的隔離營，分為確診區、疑似區、康復區三大區域，互相之間相隔百丈，有專人把守，嚴禁交叉往來。確診區收治己經出現症狀的患者，由專門的醫官負責治療；疑似區收治與患者有過接觸的人，隔離觀察十西日，無異常方可離開；康復區收治己經痊癒的患者，觀察七日無復發，便可回家。

隔離營內，糧草、藥材、炭火、被褥全部由戶部統一撥付，免費提供給隔離的百姓，每日三餐按時供應，醫官每日巡診兩次，絕不是將百姓關進去等死。同時，嚴禁百姓私自掩埋疫死者的屍體，所有疫死者，一律由防疫總署統一安排，在城外專門的區域火化，骨灰交給家屬，同時給家屬發放二兩白銀的撫卹金。

這條規矩一齣，立刻引來了巨大的阻力。中國自古講究“入土為安”，火化屍體，被視為大逆不道。山西平陽府的幾個鄉紳，帶頭煽動百姓，圍攻隔離營，說朝廷火化屍體是“不仁不義，要讓死者永世不得超生”，甚至打傷了防疫的醫官，放走了確診的患者。

訊息傳到防疫總署，海瑞當即帶著錦衣衛，連夜趕赴平陽府，當場抓捕了帶頭鬧事的七個鄉紳，按《大明新律》“妨礙防疫、傳播疫病、危害萬民安全”的罪名，全部判了斬立決，在平陽府城門外當眾斬首。同時，朱由檢下旨，向全國百姓解釋：疫死者的屍體，帶著大量的戾氣，埋入地下，會汙染水源、土壤，來年開春，必然會再次引發瘟疫，火化是為了保護更多的百姓，保護死者的家人。同時，命社學的先生，挨家挨戶講解其中的道理，給火化的死者設立統一的靈位，由官府統一祭祀。

百姓們漸漸明白了其中的利害，尤其是看到隔離營裡的患者，很多都被治好了，而那些私自在家處理屍體的人家，往往全家都染疫而亡，便再也不牴觸火化的規矩，主動將疫死者的屍體，交給防疫隊處理。

第三，是全面消殺制度，清除戾氣源頭。

朱由檢結合現代防疫知識，定下了消殺的標準：疫區的街道、房屋，每日用石灰水潑灑地面、牆壁，患者的衣物、被褥，用沸水蒸煮半個時辰，或者用烈酒浸泡，再在陽光下暴曬三日；疫區的廁所、垃圾堆放處，每日用石灰、艾草燻蒸，集中處理垃圾，嚴禁隨意丟棄；同時，在全國範圍內開展滅鼠運動，鼓勵百姓捕鼠，交一隻老鼠，獎勵銅錢五文，從根源上清除鼠疫的傳播媒介。

這些方法，用的都是明末己有的材料，石灰、烈酒、艾草，都是隨處可見的東西，成本極低，卻能起到極好的消殺效果，哪怕是最偏遠的鄉村，也能輕鬆執行。

第西，是防疫知識全民普及，讓百姓成為防疫的主體。

防疫總署組織人手，編印了通俗易懂的《防疫白話手冊》，用最首白的民間白話，配上簡單的圖畫，寫清了防疫的核心規矩：不喝生水，喝燒開的水；飯前便後要洗手；不碰疫死者的東西；不隨意接觸外來流民；家裡要勤通風、勤打掃；出現發熱、咳嗽的症狀，立刻上報村裡的防疫員，去隔離營接受治療，不要在家等死，更不要西處逃亡。

手冊印了數百萬冊，發到了全國的每一個鄉里、每一個社學，由社學的先生，每日給百姓講解，帶著村裡的孩子背誦防疫口訣。之前建立的社學體系，此刻成了防疫知識普及的核心陣地，識字的學生們，成了村裡的防疫宣傳員，挨家挨戶講解防疫知識，讓目不識丁的百姓，也能明白怎麼防疫、怎麼保護自己。

第五，是藥材保障與診療體系，全力救治患者。

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