起義軍順利攻克潼關，沿著官道，向長安進軍。一路上，唐軍望風而逃，起義軍幾乎沒有遇到任何抵抗。廣明元年（880 年）十二月初五，黃巢率領起義軍，浩浩蕩蕩地進入了長安。長安的百姓們紛紛湧上街頭，歡迎起義軍。起義軍將士們都頭裹紅巾，手持武器，邁著整齊的步伐，走進了長安城。黃巢騎著一匹黑馬，走在隊伍的最前面，他看到百姓們臉上的笑容，心裡十分高興。他對身邊的尚讓說：“你看，百姓們是支援我們的，只要我們善待百姓，就能得到天下。” 起義軍進入長安後，黃巢下令 “不許傷害百姓，不許搶奪財物，不許焚燒房屋”。他還派人查封了唐朝的國庫，把國庫中的金銀財寶和糧食，都分給了貧苦百姓。對於那些作惡多端的貪官汙吏，黃巢則下令嚴懲，有的被斬首示眾，有的被流放邊疆。長安城內的百姓們，終於擺脫了唐朝的壓迫，過上了安穩的日子，他們都紛紛稱讚黃巢是 “賢明的君主”。廣明元年（880 年）十二月十三日，黃巢在長安的含元殿登基稱帝，國號 “大齊”，年號 “金統”。登基那天，含元殿內燈火通明，起義軍的將領們都穿著嶄新的官服，站在殿內。黃巢穿著龍袍，坐在龍椅上，接受眾將的朝拜。他對眾將說：“今日我登基稱帝，不是為了自己享樂，而是為了讓天下的百姓都能過上好日子。今後，我們要勵精圖治，整頓朝政，讓大齊王朝成為一個繁榮昌盛的王朝！” 眾將聽了，都紛紛跪倒在地，高呼 “吾皇萬歲萬歲萬萬歲”。

黃巢稱帝后，開始整頓朝政。他任命尚讓為太尉，孟楷為尚書左僕射，其他的起義軍將領也都被封為各級官員。他還下令廢除唐朝的一些不合理的制度，減輕百姓的賦稅，鼓勵百姓開墾荒地，發展農業生產。長安城內的秩序漸漸恢復，百姓們的生活也慢慢好轉起來。可好景不長，唐朝的殘餘勢力並沒有被消滅。唐僖宗逃到成都後，在田令孜的輔佐下，開始調集各地的節度使，準備反攻長安。河東節度使李克用，是沙陀族人，他率領的沙陀騎兵，戰鬥力十分強悍。李克用早就想吞併中原，現在見唐朝有難，便主動率軍前來勤王，想借此機會擴大自己的勢力。除了李克用，還有忠武軍節度使周岌、感化軍節度使時溥、宣武軍節度使朱溫等人，也都率軍前來勤王。這些節度使雖然表面上是為了 “復興唐朝”，但實際上都各懷鬼胎，想在戰亂中撈取好處。

唐僖宗中和元年（881 年）三月，李克用率領沙陀騎兵，抵達長安城外的渭橋。他派人給黃巢送去了一封書信，說 “你這個反賊，竟敢佔據長安，稱帝謀反，若你識相，就趁早投降，否則我將率領大軍，踏平長安”。黃巢見李克用如此囂張，十分生氣，他下令尚讓率領五萬大軍，前去迎戰李克用。尚讓率領的起義軍，雖然人數眾多，但大多是農民出身，沒有經過正規的軍事訓練，而李克用的沙陀騎兵，都是久經沙場的精銳，戰鬥力十分強悍。兩軍在渭橋展開了一場激戰，起義軍很快就潰敗了，尚讓帶著殘部，逃回了長安。黃巢見尚讓戰敗，心裡十分著急。他知道李克用的沙陀騎兵不好對付，便下令加強長安的防守，同時派人去各地調集援軍。可此時的起義軍，已經成了眾矢之的，各地的唐軍都在攻打起義軍的據點，援軍根本無法趕到長安。

更讓黃巢頭疼的是，起義軍內部出現了叛徒。這個叛徒，就是朱溫。朱溫原本是黃巢的親信，黃巢稱帝后，任命他為同州防禦使，讓他鎮守同州（今陝西大荔）。同州是長安的東大門，地理位置十分重要。可朱溫是個野心勃勃的人，他見起義軍形勢不利，又想投靠唐朝，謀求更高的職位。唐僖宗中和二年（882 年）九月，朱溫派人給唐朝的忠武軍節度使周岌送去了一封書信，說 “我願意投降唐朝，希望朝廷能給我一個機會”。周岌得知後，十分高興，他連忙把這件事上報給唐僖宗。唐僖宗大喜過望，當即任命朱溫為左金吾衛大將軍，還賜名 “全忠”，讓他率軍攻打長安。朱溫投降唐朝後，率領唐軍，對同州的起義軍發起了進攻。同州的起義軍將士們，根本沒想到朱溫會背叛，毫無防備，很快就潰敗了。朱溫順利攻克同州，打開了長安的東大門。

李克用見朱溫攻克同州，也率領沙陀騎兵，對長安發起了進攻。黃巢率領起義軍，在長安城內與唐軍展開了殊死搏鬥。可起義軍寡不敵眾，又缺乏糧草，很快就陷入了困境。黃巢知道，長安已經守不住了，他只好下令起義軍撤出長安，向河南方向撤退。起義軍撤出長安後，一路上遭到唐軍和叛軍的追殺，損失慘重。黃巢率領殘部，先後逃往藍田、商州、鄧州等地，最後來到了河南的陳州。陳州刺史趙犨，是唐朝的忠臣，他早就做好了防備，率領唐軍在陳州城外佈下防線，準備與起義軍決戰。黃巢率領起義軍，對陳州發起了進攻。可陳州的唐軍防守十分嚴密，起義軍多次攻城都失敗了。更糟糕的是，起義軍的糧草也斷絕了，士兵們只能吃樹皮、草根，甚至煮馬鞍充飢。

就在這時，野史中流傳著 “黃巢吃人” 的恐怖傳說。據說，黃巢為了讓士兵飽腹，下令建造了 “舂磨寨”。舂磨寨裡有許多巨大的石磨，起義軍把抓來的百姓放進石磨裡，磨成肉糜，作為軍糧。野史中還記載，舂磨寨每天要吃掉數千百姓，陳州附近的百姓幾乎被吃光了。不過，也有野史反駁這種說法，說 “黃巢吃人” 是唐軍為了抹黑黃巢編造的謊言。真實情況是，黃巢的起義軍雖然糧草斷絕，但黃巢一直下令 “不許傷害百姓”，士兵們都是吃樹皮、草根充飢，有計程車兵甚至因為飢餓而死去。唐軍為了讓百姓們痛恨黃巢，故意編造了 “黃巢吃人” 的謠言，還把一些餓死的百姓的屍體，說成是被起義軍吃掉的。

不管真相如何，黃巢的起義軍此時已經元氣大傷。唐僖宗中和四年（884 年）四月，李克用、朱溫、時溥等人率領唐軍，對陳州的起義軍發起了總攻。起義軍將士們雖然奮勇殺敵，但終究抵擋不住唐軍的攻勢，節節敗退。黃巢見大勢已去，只好率領殘部，向泰山方向撤退。一路上，唐軍緊追不捨，起義軍的人數越來越少，到了狼虎谷時，只剩下不到一百人。狼虎谷地勢險要，谷內樹木茂密，怪石嶙峋，是個易守難攻的地方。黃巢想在這裡休整一下，再尋找機會東山再起，可他沒想到，唐軍很快就追了上來，把狼虎谷團團圍住。

黃巢站在山谷的高處，看著周圍密密麻麻的唐軍，心裡充滿了絕望。他回頭看了看身邊的親信孟楷，說：說：“我起義一生，本想救百姓於水火，可如今卻落得這般田地。若早知如此，當初或許不該揭竿而起？” 孟楷單膝跪地，眼中含著淚：“陛下萬萬不可說這話！我們殺貪官、分糧食，救了多少百姓，天下人都記著您的好！只是老天不佑，才讓唐軍得逞。臣願護著陛下殺出重圍，哪怕只剩一口氣，也絕不讓唐軍傷您分毫！”

周圍計程車兵們也紛紛跪倒，齊聲說：“願隨陛下死戰！” 黃巢看著這些跟著自己出生入死的兄弟，眼眶也紅了。他扶起孟楷，長嘆一聲：“罷了，事到如今，殺出去又能如何？天下之大，早已沒有我們的容身之處。我不能讓你們跟著我白白送死。” 他從腰間解下自己的佩刀 —— 這把刀陪著他殺過貪官、戰過唐軍，刀身上早已佈滿了缺口。他把刀遞給孟楷，“你拿著這把刀，帶著兄弟們從後山小路逃吧。後山有個樵夫認識路，他曾受過我的恩惠，定會幫你們。”

孟楷接過刀，卻用力扔在地上，說：“陛下若不走，臣也不走！臣生是大齊的人，死是大齊的鬼！” 士兵們也紛紛拔出武器，做好了死戰的準備。黃巢看著眾人堅定的眼神，心裡又痛又暖。他彎腰撿起佩刀，重新佩在腰間，說：“好！既然如此，我們就跟唐軍拼了，讓他們知道，我黃巢的兄弟，個個都是好漢！”

就在這時，唐軍陣中傳來一陣喊聲：“黃巢反賊！速速投降！朝廷念你曾救過百姓，可饒你不死！” 喊話的是朱溫，他騎著高頭大馬，穿著唐朝的官服，臉上滿是得意。黃巢看著朱溫，氣得渾身發抖，他對著朱溫大喊：“朱溫！我當初待你不薄，封你為同州防禦使，你卻背叛我，投靠朝廷！你這種忘恩負義的小人，也配來勸我投降？”

朱溫冷笑一聲：“識時務者為俊傑！黃巢，你大勢已去，再抵抗也沒用。若你投降，我還能在皇上面前為你求情；若你執意抵抗，等攻破山谷，定讓你死無全屍！” 黃巢懶得再跟他廢話，拔出佩刀，大喝一聲：“兄弟們，跟我衝！” 說著，就率先朝著唐軍衝了過去。孟楷和士兵們也緊隨其後，揮舞著武器，與唐軍廝殺起來。

起義軍雖然人數不多，但個個奮勇殺敵，唐軍一時竟被打得連連後退。可唐軍人數實在太多，起義軍很快就體力不支。孟楷為了保護黃巢，被一名唐軍將領砍中了後背，鮮血瞬間染紅了他的衣服。他踉蹌著轉過身，用盡最後一絲力氣，將手中的刀刺進了那名將領的胸膛，隨後便倒在了地上。黃巢看到孟楷戰死，悲痛欲絕，他殺紅了眼，手中的佩刀不停地揮舞著，斬殺了一個又一個唐軍士兵，可自己也被好幾把刀劃傷，鮮血順著胳膊流下來，滴在地上。

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