而月氏國就請求與漢朝和親，想迎娶漢朝的公主，但是班超拒絕了他們的請求，並遣返了月氏的使者。月氏因此就對班超懷恨在心，然後就派副王謝率領七萬大軍進攻班超。班超的兵力很少，他的部下都非常恐懼。面對數倍於己的敵人，班超就鼓勵士兵們說：“月氏兵雖然多，但他們從數千裡之外越過蔥嶺而來，軍隊又沒有後勤補給，這有什麼好擔心的！我們只要堅守城池，等他們糧草耗盡了，自然就會投降，不過幾十天就能見分曉！”謝率軍開始進攻班超，但是攻不下來，又四處搶掠，結果一無所獲。班超估計他們的糧草快耗盡時，就一定會向龜茲求援，於是就派了幾百名士兵在東界埋伏。謝果然派騎兵帶著金銀珠寶去賄賂龜茲，班超派出的伏兵就對他們進行截擊，最後將他們全部殺死了，然後就拿著使者的首級給謝看。謝看到使者的首級之後大吃一驚，就立即派使者向班超請罪，請求班超放他們一條生路。班超就放他們回去了，從此之後，月氏直接被嚇得不敢再有反叛之心了，於是就每年向漢朝進貢。

想當初，北海哀王劉基沒有子嗣，漢章帝因為齊武王劉演是開創東漢大業的人，但他的後嗣卻斷絕了，心中常常感到憐憫，於是便留下遺詔，命令恢復齊、北海兩個封國。丁卯日，皇帝就封蕪湖侯劉無忌為齊王，北海敬王的庶子劉威為北海王。

本年六月，中山簡王劉焉去世。劉焉是東海恭王劉強的同母弟弟，而竇太后是東海恭王的外甥女，因此皇帝就賜給了劉焉一億錢的喪葬費，併為他大規模的修建陵墓，平毀了上千座官吏和百姓的墳墓，又徵發了一萬多人參與修建，這次陵墓的修建工程波及了六州十八郡，真是規模浩大。

之後，皇帝就下詔封竇憲為冠軍侯，竇篤為郾侯，竇瑰為夏陽侯；竇憲還是堅決推辭，不接受封爵。

秋季十月，竇憲就率軍駐紮在涼州，並任命侍中鄧疊為徵西將軍，讓他代理徵西將軍事務，作為自己的副手。

此時的北單于因為漢朝遣返了他的弟弟，心裡就很慌。到了九月，他就再次派使者到漢朝邊塞請求歸順，表示願意入朝覲見。冬季十月，竇憲就派班固、梁諷去迎接北單于。恰逢南單于再次上書請求消滅北匈奴，於是朝廷就派左谷蠡王師子等人率領左右兩部八千騎兵出雞鹿塞，中郎將耿譚派從事率領護衛部隊，襲擊北單于。當天夜晚，漢軍就包圍了北單于的營地，北單于受傷逃跑，漢軍俘虜了北單于的閼氏和男女五人，並斬首八千，俘虜了數千人。班固到達私渠海後就返回了。此時，南匈奴的部眾日益強盛，總共擁有三萬四千戶，五萬士兵。

西元91年正月，皇帝就採用曹褒制定的新禮儀，舉行了加冠禮；並提拔曹褒為監羽林左騎。

此時的竇憲認為北匈奴已經衰弱了，就打算徹底消滅他們。到了二月，他就派左校尉耿夔、司馬任尚出居延塞，在金微山包圍了北單于，並大敗北匈奴軍隊，還俘虜了單于的母親閼氏、名王以下五千多人，北單于也不知道逃到哪裡去了，一點蹤影都沒有。漢軍出塞五千多里後就返回了，這是漢朝出兵以來從未到達過的地方。回去後，耿夔就被封為了粟邑侯。

而竇憲在立下大功後，威名就更加顯赫了。隨後，他就以耿夔、任尚等人作為自己的爪牙，鄧疊、郭璜作為自己的心腹，又讓班固、傅毅等人負責文書工作。此後的刺史、太守、縣令等地方官員，大多出自竇憲的門下，他們競相搜刮百姓，賄賂竇憲。面對腐敗的現象，司徒袁安、司空任隗就彈劾了一批二千石官員及其牽連者，最後被貶職或免官的有四十多人。竇氏對此那是非常痛恨，但是袁安、任隗一向品行高尚，竇氏也無法加害他們。尚書僕射樂恢，監察舉報無所迴避，竇憲等人對他也是非常痛恨。樂恢知道自己被他們記恨後，就給皇帝上疏說：“陛下年紀小的時候就繼承了祖宗的基業，您那幾個舅舅實在不該插手朝廷的大事，免得讓人覺得他們有私心。現在最好的辦法是，上面的人按大義主動放權，下面的人就謙遜些主動退一步，這樣您的舅舅們就能一直保住爵位和封地了，太后也能在祖宗面前不丟臉了，這是最好的解決辦法。可奏疏交上去後，皇帝根本沒當回事。樂恢沒辦法，就說自己生病了想辭官回老家長陵。結果竇憲就暗中指使地方官逼樂恢喝毒藥自殺了。這下大臣們都被竇憲的權勢給嚇住了，全都順著他的意思來，他說的話也沒人敢反對。袁安看著皇帝年紀小，外戚又把持著朝政，所以每次上朝或者跟其他大臣討論國事的時候，都忍不住掉眼淚，皇帝和大臣們反倒都挺依賴他的。

到了冬天十月，皇帝就到長安去視察民情，還下命令要找到蕭何、曹參的後代近親，打算讓他們繼承先輩的封邑。

皇帝又下令讓竇憲到長安跟自己會合。竇憲到了之後，尚書下面的官員商量著要給他行跪拜禮，還喊他“萬歲”。尚書韓稜態度很嚴肅的說：“你們跟上級相處不能太諂媚，跟下級相處也不能太傲慢，從來就沒有臣子喊君主‘萬歲’的規矩！”被他這麼一說，那些人都覺得挺不好意思的，所以就沒這麼幹。後來尚書左丞王龍還偷偷地給竇憲寫信，還送去牛肉和酒討好他。韓稜知道後，馬上就上書彈劾王龍，最後王龍被判了城旦刑，就是罰去服苦役。

再後來，龜茲、姑墨、溫宿這些國家都向漢朝投降了。十二月份的時候，朝廷又重新設立了西域都護、騎都尉、戊己校尉這些官職。讓班超當西域都護，徐幹當長史。還封了龜茲留在漢朝做人質的王子白霸當龜茲王，然後派司馬姚光護送他回國。班超則是和姚光一起逼著龜茲，讓他們把原來的龜茲王尤利多給廢了，讓白霸當他們的新國王，然後就讓姚光把尤利多帶回京城。班超把軍隊駐紮在龜茲的它乾城，徐幹駐紮在疏勒。只有焉耆、危須、尉犁這三個國家，因為之前殺過西域都護，心裡還不太踏實，就不太願意真心歸附，但是其他國家都已經被平定了。

庚辰日，皇帝從長安返回京城。

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