除講學授課之外，孔穎達還受太宗詔令，聯合魏徵、顏師古等文壇重臣一同修訂《隋書》，梳理前朝興亡得失。修史過程中，他負責梳理隋朝文教、禮制相關篇目，憑藉深厚經學功底，考證隋朝儒學興衰、禮樂制度沿革，史料考據嚴謹客觀，不摻雜個人主觀褒貶，成書之後，眾人皆稱讚其史筆公允，有良史之風。同時他參與修訂大唐五禮，校正吉、兇、軍、賓、嘉各類禮儀規範，統一全國禮制標準，修訂完成後，朝廷進封他為子爵，賞賜豐厚宅邸田產。

貞觀十二年，朝廷人事調整，孔穎達正式拜國子祭酒，成為國子監最高長官，等同於全國最高學府校長，掌管大唐所有官學、博士、生徒，統籌天下儒生教學標準。此時他已是六十五歲高齡，鬚髮花白，依舊每日準時前往國子監，登壇講經，面對數千國子生，聲音洪亮，義理剖析通透，每逢國子監舉辦釋奠祭祀孔子大典，都由他主講核心經書，接受百官、學子問詢辯駁。

貞觀十四年，太宗親臨國子監參加釋奠大禮，祭祀先聖先賢，典禮之上命諸位儒官輪番講經，群臣、國子監生徒當場提問詰難，考驗諸位經師功底。一眾博士、學士輪番開講，面對眾人追問，多有應答侷促之時。輪到孔穎達主講《孝經》，開篇立論高遠，分段闡釋條理分明，臺下百官、儒生接連丟擲各類疑難，層層詰難，他對所有問題從容應對，引經據典，無一處疏漏，辯駁邏輯牢不可破，滿堂之人無不歎服。

典禮結束，唐太宗專門下親筆詔書褒獎孔穎達，讚詞極盡推崇：洪鐘待叩，扣無不應；幽谷發響，聲無不答。文思如泉水奔湧，辭藻似蘭草芬芳；當今再出關西孔子，隋末伏生重現人間。將他與西漢經學泰斗伏生並列，稱其為當世聖人，這份讚譽，整個初唐儒林，僅此一人可得。

身居國子祭酒高位，手握天下文教大權，孔穎達從未滋生驕奢之心。朝堂之上，有人勸他培植門生，拉攏朝中儒生形成派系，穩固自身地位，被他直接拒絕。他認定治學、教化貴在公正，若利用職權結黨，便玷汙儒學純粹；各地學子慕名登門拜訪求教，無論出身貧寒還是官宦子弟，他都一視同仁，耐心答疑，寒門生徒前來求學，時常無償贈送手抄經卷，從不索取財物。

自魏晉南北朝分裂四百餘年，儒學長久處於分裂混亂狀態，最大弊病分為兩點：其一，經書流傳數百年，多次戰火焚燬、民間輾轉抄寫，文字錯漏、字句歧義數不勝數，同一篇經文，南北版本文字差異巨大，儒生研讀極易混淆；其二，經學分化南北兩大學派，北學繁瑣考據字句，南學簡約闡釋義理，鄭玄、王弼、杜預、服虔等各家註解各成體系，互相駁斥，沒有統一標準。

大唐一統天下，推行科舉取士，全國各地學子依據不同版本、不同註解備考，考官評判沒有統一依據，教學、考試亂象叢生，極不利於中央思想統一與教化推行。唐太宗登基之後，早已看清這一核心難題，先令顏師古考定五經文字，整理出官方標準《五經定本》，解決經文文字錯亂問題；文字校正完成後，急需一套統一、權威、整合各家長處的官方義疏，規範所有儒生對五經的解讀，這項千古重任，最終交到孔穎達手中。

貞觀十二年，太宗正式下詔，以國子祭酒孔穎達為總負責人，牽頭組織全國頂尖儒官，編撰五經統一義疏，參與修書學者多達五十餘人，包含顏師古、司馬才章、王恭、王琰等各領域經學名士，規模堪稱前無古人的國家級文化工程。

接手這項浩大工程，孔穎達深知其中難度遠超尋常著書。五部經典合計卷帙浩繁，每一部都要梳理漢、魏、兩晉、南北朝數百位學者的註解，區分優劣，整合南北學說，還要堅守“疏不破注”核心準則：尊重前代公認權威古注，疏解文字、闡發義理之時，不隨意推翻原有註解，只補充闡釋、糾正後世衍生謬誤，平衡南北經學分歧，不能偏袒任何一派。

工程啟動之初，團隊內部便產生巨大分歧。北方儒生堅持以鄭玄北學為主，批判南學空洞虛無；江南來的學者推崇王弼、杜預南學註解，認為北學考據冗餘繁雜，兩派學者各持己見，爭論不休，修書進度一度停滯。孔穎達作為總領，從中調和，定下編撰核心思路：不偏南、不倚北，取兩派精華，剔除兩派弊病。字句訓詁借鑑北學嚴謹考據，義理闡釋吸收南學通透思辨，凡是前代名家合理觀點全部收納，門戶偏見、偏激論述盡數刪去，形成相容幷蓄的完整體系。

整部編撰流程條理清晰，分工明確，孔穎達統籌全域性，審定每一卷文稿，逐字逐句校對，但凡文稿出現偏袒學派、考據疏漏、釋義模糊之處，一律打回重新修訂，絕不敷衍放行。每日處理堆積如山的書稿，白日處理國子監公務，夜晚伏案審定文稿，常常伏案至深夜，年過六旬依舊日夜操勞，身邊弟子多次勸說保重身體，他只說此書關乎後世千年儒生治學，一絲一毫都不能馬虎。

五部經書分工各有側重：

《周易正義》十四卷，採用王弼、韓康伯流傳最廣的注本，融合南北象數、義理兩派解讀，梳理魏晉玄學易學與傳統儒學的融合邊界；

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；制禮風國、名木草清釐，說詩家三韓魯齊合整，基為箋玄鄭、傳亨以，卷十四》義正詩《

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。德恩的下天化教、學經一統他念，哭痛生儒路沿，葬送往前發自徒生千數監子國、百武文中京，葬喪量大賜賞，禮葬持主員遣派廷朝，日之葬下

。師經世萬的學經北南統一位這念紀，拜祭往前生儒有年常，繕修次多府代歷世後，土故水衡於落坐墓達穎孔

。究研化文統傳代當養滋舊依，果學治的達穎孔，獻文始原心核的開不繞是舊依》義正經五《，學經唐漢究研系學哲、系史歷、系文中校高，日今至時。今至傳流，籍典心核家儒為，錄收整完》義正經五《將接直，》疏注經三十《撰編世後；祀祭期定府方地代歷，廟祠立建里故水衡。拜祭人書讀接同一儒名代歷與，位牌其配廟文、廟孔地各，達穎孔崇尊皆朝王代歷，後之觀貞自