從金田起義到定都天京，楊秀清一直是太平軍的“實際指揮者”。他雖然沒讀過兵書，卻有著驚人的軍事天賦：他善於觀察地形，總能找到最有利的作戰位置；他善於調動兵力，能把有限的兵力發揮出最大的作用；他還善於鼓舞士氣，每次打仗前，他都會“天父下凡”，說“天父會保佑咱們，咱們一定能打贏”，讓太平軍士兵們士氣大振。

1852年，太平軍攻打長沙，久攻不下，清軍的援軍又快到了，將領們都想撤退。可楊秀清卻堅持要打，他說：“長沙是湖南的重鎮，拿下長沙，就能開啟通往湖北的大門，咱們不能退！”他親自勘察地形，發現長沙城西的湘江邊防守薄弱，就派蕭朝貴率領精銳部隊，從湘江邊發起猛攻。雖然蕭朝貴在戰鬥中犧牲了，但太平軍最終還是攻克了長沙。

1853年3月，太平軍攻克南京，洪秀全把南京改名為“天京”，定為太平天國的都城。在定都天京的慶功宴上，洪秀全說：“咱們能有今天，東王功不可沒！以後，朝廷的政事，都由東王負責，你們都要聽東王的！”從此，楊秀清不僅掌握了太平天國的軍權，還掌握了政權，成了太平天國真正的“掌權者”。

定都天京後，楊秀清開始大展拳腳，治理太平天國。他確實有治國的才能，推出了很多有利於太平天國發展的政策：

在軍事上，他派太平軍北伐和西征。北伐軍雖然最終失敗，但也給清廷造成了很大的打擊，牽制了清軍的兵力；西征軍則先後攻克了武昌、九江、安慶等重鎮，擴大了太平天國的版圖，還繳獲了大量的糧食和武器，為太平天國的發展提供了保障。

在政治上，他整頓吏治，嚴懲貪官汙吏。太平天國剛定都天京時，很多官員都貪汙受賄，欺壓百姓。楊秀清知道後，親自審理案件，把那些貪汙受賄的官員處死，還制定了嚴格的規章制度，規範官員的行為。在他的治理下，太平天國的吏治一度變得比較清明。

在經濟上，他推行“聖庫制度”，把百姓的財產集中起來，統一分配。雖然這個制度後來因為各種原因沒能完全落實，但在一定程度上解決了太平軍的糧食和物資問題，也讓老百姓得到了一些實惠。

在文化上，他廢除了科舉制度，開設“女科”，允許婦女參軍、做官。這在當時是非常超前的做法，打破了傳統的封建禮教，讓婦女得到了一定的解放。

在楊秀清的治理下，太平天國一度呈現出“欣欣向榮”的景象。《賊情彙纂》裡記載：“秀清為人多智，善馭下，天國軍政，一以委之，由是軍威日盛，疆域日廣。”這段話雖然是清廷官員寫的，帶有一定的偏見，但也客觀地評價了楊秀清的治國才能。

可隨著權力越來越大，楊秀清的心態也漸漸變了。他開始變得驕傲自大，目中無人，甚至不把洪秀全放在眼裡。他經常“天父下凡”，對洪秀全指手畫腳，有時候甚至會當眾訓斥洪秀全。有次，洪秀全因為小事處罰了一個後宮妃嬪，楊秀清就“天父下凡”，說洪秀全“虐待妃嬪，對天父不敬”，逼著洪秀全跪下受罰，還打了洪秀全四十板子。

洪秀全心裡雖然不滿，但也只能忍了——誰讓楊秀清是“天父代言人”呢？可楊秀清卻得寸進尺，開始為自己謀取私利。他修建了豪華的東王府，東王府的規模比洪秀全的天王府還大，裡面有幾千個侍從，吃飯用的都是金碗銀筷，出門要坐64人抬的大轎；他還從民間選了很多美女，充實自己的後宮，生活過得比洪秀全還奢侈。

將領們對楊秀清的不滿也越來越深。有的將領因為一點小事，就被楊秀清嚴厲處罰；有的將領立了功，卻得不到應有的獎賞。北王韋昌輝就因為一次作戰失利，被楊秀清當眾訓斥，還被打了一百板子，心裡一直懷恨在心；翼王石達開也因為跟楊秀清意見不合，被楊秀清排擠，手裡的權力越來越小。

這時候的楊秀清，就像一個“贏了錢就得意忘形的賭徒”，根本沒意識到，自己已經把身邊的人都得罪光了，一場針對他的“陰謀”正在悄悄醞釀。

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