內閣輔臣和都御史們就此事一上來就火藥味很重，葉向高不得不出來說道：“閣老、總憲，科道與內閣、部院，分權而制之，此祖宗之法也，總皆是為朝廷也。”
其實現在內閣和科道之間的矛盾是很明確的，就是內閣認為科道侵奪了原本屬於內閣和部院的行政權力，而科道則是認為內閣視科道為工具，利用內閣來實現黨同伐異的鬥爭。
這次關於京察大計的衝突和矛盾，其實只不過是此事的一個極重爆發罷了，王錫爵新官上任，一改之前申時行和衷共濟的為政態度，要推動大明政治的繼續改革，同時對於其中所出現的弊端，王錫爵要大力予以整頓，所以王錫爵藉由京察大計準備推行自己的計劃。
在葉向高說和此事之後，溫純等人的態度也還是軟化了，畢竟他們很清楚，王錫爵所說的確實是實情，在京師科道的權力還相對比較受限制，但是在地方，現在科道的權力已經擴張的極為厲害了。
原本按照大明舊制，巡按御史與按察司互相糾舉的制衡格局。但是到正統十一年，吏部規定“布按司官從御史舉劾”，巡按御史的權力逐漸擴張。到景泰七年又下令布政司、按察司悉聽巡撫同巡按一體考察具奏罷黜，這就使得巡按御史的權力得到了極大的擴張。
巡按御史的權力擴張導致權力僭越，一是侵蝕地方行政權，原本布政司掌握一省的行政權，隨著巡按御史權力興起，演變為“凡有大興革及諸事務，必請於撫按”，巡按御史直接參與地方具體政務，架空地方行政體系。
二是滲透軍事權。地方軍事部署征剿盜賊等軍務巡按御史都要參與謀議，甚至親自指揮。
三是架空考核權。由於巡按御史掌握彈劾和考察大權，一些貪官汙吏為避免考核降級而向巡按御史行賄。
這些都是現在已經確實存在的事情，都察院的這些長官們也都是十分之清楚的，所以對於王錫爵的指責，他們也無法予以反駁，而在葉向高的調停之下，王錫爵也態度加以軟化，同時勞堪也說道：“元輔欲何為，可直言也，若當行，則科道必全力支援。”
王錫爵於是就將自己的打算明白的說出來了，之前高拱、張居正所要求是省議論，王錫爵認為省議論未免有些過於霸道了，所以王錫爵並不會要求省議論，而是要求一議論。
王錫爵說道：“言官所當核奏，部所當題復，明旨申令不啻三五，而民生卒未能安治，治效卒未能睹者，何哉？蓋其說有二：曰議論不一，曰詔令不行。斯二者非獨民生之害，且在國家矣。”
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