不僅僅對於這些藩屬要加強管理，對於這些西夷，也要重點防範，朱載坖認為要海防、岸防並重，除了要修建大量的岸防炮臺之外，對於遠洋水師也要繼續投入重金，同時朱載坖命令各水師要尋找可靠的錨地，不僅僅在大明沿海要建立水師軍港，也要在各個藩屬的戰略要地建立軍港，方便水師屯駐。

這樣一方面加強大明對於這些藩屬的控制，另一方面也加強水師在遠洋作戰的保障，朱載坖命令內閣和軍機處完善大明的國防政策，報請朱載坖御批之後昭告天下，透過這種方式，朱載坖調整了太祖的政策，從對藩屬的放任自流到加強管理，以大明的宗藩體制建立大明在南洋的勢力範圍。

同時眼下的事情就是對於東北、西北兩場戰事的處理，朱載坖認為朝廷的戰略就是優先解決東北的事情，同時也要加強對於西北戰事的支援，除了軍事手段之外還要使用外交手段，多管齊下，加強朝廷對於西北的控制。

除此之外，就是處理東北的善後事宜了，朱載坖認為，女真人最好還是不要待在東北的好，為了徹底的消弭女真人對於東北的禍患，同時加強朝廷對於西北邊防的控制的，朱載坖認為要將女真人有計劃有步驟的遷移到西北去，一方面是利用他們在蒙古人中打一顆釘子，互相制衡，保障朝廷在西北的穩定，同時將女真人從東北遷出，消弭他們對於聊懂得額威脅。

同時改變朝廷之前對於女真人的態度，之前朝廷對於女真人的態度是分其枝，離其勢，互合爭長仇殺，以貽中國之安，讓女真各部各自雄長，不相歸一，讓女真各部彼此互相牽制，陷於分裂、混戰不休的狀態。這不光是之前朝廷對於女真人的辦法，甚至是朝廷對於各少數民族的一貫做法。

朱載坖對於這種做法並不贊同，朱載坖認為這種辦法有養蠱的可能，這點是極為危險的，朱載坖認為朝廷之前所採取的這種制衡措施很容易養蠱，還是要想辦法加強對於這些邊疆少數民族的控制，而遷移女真人到西北去就是第一步嘗試，女真人和蒙古人不同，他們本就掌握了農耕技術。

從遼開始，女真人就會農耕了，金國在建國之初就確定了發展農業的方針，提倡不忘稼穡的艱難，所到之處屯種，輕徭薄賦以勸農，特別是金太宗在對宋戰爭已取得勝利之後，把獎勵農桑作為恢復生產的主要政策。從太宗起經熙宗、海陵王到世宗大定、章宗明昌，北方各族人民在較為安定的生產環境中，從事正常的生產勞動，使北方農業逐漸走向恢復、發展和繁榮。當此之時，群臣守職，上下相安，家給人足，倉廩有餘，“天下治平，四民安居”，號稱“小康”。

而在前元，為了加強對女真人的管理，在其居住區內恢復了遼金時期的舊驛道，使處於黑龍江口的女真人西通蒙古地區，南達元大都。其次，蒙古貴族在女真地區提倡屯田耕種，扶助農耕，促進了女真社會的農業發展。除了肇州及水達達屯田萬戶府外，還有不少女真人被遷到濱州、遼河、慶雲等處專事耕耘，元朝發給農具、耕牛。這些女真人的農耕水平是很高的。

同時，女真人能征慣戰，如果能夠為大明所用的話，確實是一把好刀，所以朱載坖準備將這些女真人遷移到西北去，一來是他們會耕種，能夠在西北紮根，二來就是透過女真人制約蒙古人，同時用女真和沒有回教化的蒙古人來對抗回教在西域的傳播，這點是很重要的，朱載坖對於回教一向是嚴加防範的，朱載坖決不允許宗教凌駕於朝廷之上，敢有這種想法的，一定要重處。

所以朱載坖命令先從尼堪外蘭部做起，將這些內附的女真人安排到西北去屯墾，編成衛所，加以屯田，同時也要要求張元功、嚴紹庭等人嚴加進剿，對於女真人予以嚴懲，將這些不恭順的女真人予以消滅。

而同時提督參謀軍務總署李如松也向朱載坖上疏，他認為張元功、嚴紹庭在遼東的進展太慢，請求朱載坖嚴敕其從速進剿，作為李成梁的長子，李如松在遼東待的時間不算短，對於遼東還是比較瞭解的，他認為女真部落鬆散，即便是努爾哈赤有覺昌安、王杲的血脈，能夠號召起一部分建州餘孽，其兵力也是不足的。

所以李如松要求張元功、嚴紹庭立即進剿，將其殲滅，但是由於朱載坖之前已經密旨給張元功、嚴紹庭了，要他們一定要穩妥行事，所以張元功頂住了李如松的壓力，仍舊在調集兵馬糧秣，派遣尖哨查探情況，並沒有輕易進兵。

朱載坖也召見了李如松，詢問李如松對於此事的看法，李如松的看法很簡單，現在官軍已經對女真人形成了泰山壓頂之勢，兵貴神速，就是要迅速進剿，李如松為此還彈劾了張元功和嚴紹庭，認為他們貽誤戰機。

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