對於南方官府要求廢衛所，朝廷顯然是不能支援的，地方官府考慮的著眼點是畢竟只是自己的利益，而作為朝廷，必須考慮大明通盤的利益，朱載坖很清楚，隨著大明官軍火器化的程度提高，常備軍未來將會是官軍征戰的主力，這點是毋庸置疑的，募兵確實是會成為官軍的主流，但是現在還需要解決兩個問題，第一就是募兵的來源，第二就是募兵的遣散與安置。

之前戚繼光為什麼徵募義烏的這些礦工，當年戚繼光的奏疏很多的說明的這個問題，戚繼光在奏疏中說道：“此輩皆良家子弟，俱有身家，可聚可散。惟恐其不留，毋虞其難散。”對於募兵來說，最麻煩的就是裁汰和解散問題了，一個不小心，就容易引發兵變，這在大明是極為常見的事情，這點朱載坖是很清楚的，而衛所在這個方面確實是具備穩定性。

衛所只要能夠保障軍屯，將士退伍之後，就可以回到本衛成為屯田軍士，朝廷對於他們的控制還是十分之嚴格的，所以兵部等衙門是強烈要求保留衛所的，這點也得到了朱載坖的支援，朱載坖對重臣們說：“夫兵曰額兵，則部伍既定，即兵制有更易，額外毋得復增。餉曰額餉，則出納惟明，即歲用有贏餘，另有處分，額內毋得輒減。所謂兵食俱足，經久可行者殆不出此。”

大明的兵制，最重要的是建立一支穩定可靠而有戰鬥力的官軍，這點是最為關鍵的，而直接向民間募兵，最大的問題就是怎麼安置、裁汰和遣散這些募兵，兵部尚書梁夢龍就說道：“募兵既費而散兵尤難，即有病弱汰革者，往往潛住境內，糾結為非。議者謂去兵之難，難於去盜哉！近汰兵省費之議出，欲令數千之眾撤於一朝，此兵之所以激也，應募而來，遽勒回籍，治生無策，安得不亂。”

這點確實是大明現在存在的大問題，之前在東南抗倭之後，南方各省大量的組建募兵，在戰事結束之後，又大規模的裁汰官軍，朱載坖之前為了保證這些募兵不出現問題，同時為了解決地方的治安維護問題，組建了巡檢官軍，加強地方官府的武力，但是現在巡檢官軍的員額也基本已經滿編的，再進行大規模的募兵和裁汰的話，勢必引發動亂，這點朱載坖是很清楚的。

朱載坖說道：“兵者，兇器也，聚之易，散之難。彼其一呼而集也，若服軛之牛，故雖市井之強梁猶可繩之以坐作止齊之法。柙及其一麾而去也，如出柙之虎，故雖素閒之子亦不能無悲歌慷慨之情。人之懷土，其情也；戀戀沙場，役於利耳。今居安而驟徙之則勞逸見，重購而輕遣之則得失生，部署已定而忽更之則瑕釁起，此皆可以情亮而不可以勢驅，可隨事調停而不可形之禁令者也。”

遣散募兵，是一件風險極高的事情，因為很多募兵在軍中日久，不願為農，同時之前的軍餉早已揮霍，又有一身武力，一旦作亂起來，就是大事，這點即便是首輔申時行也是極為頭疼的事情，大明官軍的鬧餉之事，是極為頭疼的，在朱載坖即位之後，保障官軍軍餉之後，鬧餉譁變確實是減少了很多，但是每當裁汰營兵和募兵的時候，就極易引發譁變。

申時行說道：“陛下，夫募兵譁變，乃是應募者率赤貧之徒，利於得餉，數日支給，環門乞討，復欲散去。然此非額設之兵，將來兵日以眾，餉日以增，憑何處給，欲懸餉以號召則不應，欲停募以待餉則無兵。不然此無籍窮棍聞餉而來，無餉而去，安所得吸風飲露之人而應募也？而以朝廷有限之財，填此無窮之慾，何得有止？”

內閣也是對於募兵，尤其是直接向民間招募百姓為兵持反對意見，內閣認為大規模使用民間募兵對於朝廷來說負擔太重，無法承擔，王錫爵也以嘉靖二十九庚戌之變後朝廷的募兵為例予以說明，當時朝廷在慌亂之下整頓兵馬，充實軍旅，朝廷募兵民間，抽取有馬民壯，每人給路費 8 兩，不足補以民籍義勇，每名給軍裝馬匹銀 27 兩、路費 8 兩，共計 35 兩，免戶下二丁徭役。對於朝廷來說產生了極大的負擔，同時也導致了各鎮之間的不平衡，衛所士卒對於這些募兵的待遇是很眼紅的，各鎮總兵見此情形紛紛上疏要求提高待遇，而兵部則要求減少軍餉。

而這些募兵的軍餉直接關係到募兵的戰鬥力和軍紀，統兵的將領和官員自然是堅決不幹的，時任右僉都御史商大節上疏稱：“部臣主計所惜者財，臣所惜者信，始以厚招之，終以薄待之，是以臣失信於眾兵，而朝廷任臣之意亦不足以信於天下。且軍士世食月糧，糜費不貲，一旦有事，皆欲此例加糧，則平居所以養之者，謂何至於民兵有事則招來為用，無事即止。彼素非有尺籍於官，飢寒切身則掉臂而去，臣不能禁也。奈何惜少費而妨大信乎？”

對於募兵的種種缺點，朝廷還是看的很清楚的，所以之前朝廷在北方各鎮中選取鎮協官軍脫產士卒的時候，絕大部分脫產士卒都是從軍戶中選取的，主要是從正軍和軍餘子弟中招募脫產士卒，這樣的話有很多好處，首先就是他們的家人都在衛所，要想脫逃是不容易的，也便於維護軍紀，同時由於朝廷實施整頓軍屯和脫產士卒土地免予賦稅的政策，朝廷可以用相對較低的軍餉維持一支有戰鬥力的官軍。

按照現在朝廷的軍餉，普通士卒所給月餉為 1.5 兩，即年餉 18 兩，安家銀 5 兩，每月本色口糧四鬥五升，有家口者給七鬥，相對於募兵，軍餉還是比較節省的，同時士卒老病之後可以退伍還鄉，優先由其子弟頂替，這樣的話也好安置退伍士卒。