方逢時也很快作出了調整，第一件事向倭國的大名們通報此事，明確告知他們大明必將報復此事，警告這些倭國的地方勢力不要自作聰明，有參與此事的，主動向朝廷坦白，尚可被寬宥，執迷不悟的，天兵到來之日，必痛加誅戮，而對於一些對大明相對恭順的倭國地方勢力，如上杉景虎、武田勝賴等，也要加以安撫，只要與此事無關的，大可不必因此驚慌，朝廷不會大肆株連的。

同時派遣精幹校尉，嚴密監視倭國的公卿、王族等人，敢有異動，立即採取措施，而丹羽長秀很快就將八條宮智仁抓住送來了，他不過是個小孩罷了，平時趕在沒人的地方喊喊驅逐大明，恢復天皇，但是等到大明真的派人在抓他的時候，早就嚇得篩糠了，除了向自己的爺爺、哥哥求救之外，沒有任何辦法，而那些所謂的豐成秀吉餘黨，也早就逃亡了，他們是很清楚官軍的戰鬥力的，對付這些浪人，是綽綽有餘的。

方逢時對他沒有任何興趣，直接把他交給了朱應楨，任由成國公處理，朱應楨是世家子弟，堂堂大明國公，在大明都是橫著走的存在，再加上是天子欽差，皇帝親兵，還從沒吃過這麼大的虧，當然要把錦衣親軍的絕學給八條宮智仁好好露一手了，在朱應楨愛的教育下，八條宮智仁很快就交代了實情，他只不過是個傀儡而已，真正在幕後操縱此事的，是他的爺爺正親町。

這老賊對於大明官軍常駐倭國和削去倭國國王天皇稱號極為不滿，一直在招降納叛，試圖恢復自己的權勢，而倭王對此事也是心知肚明的，朱應楨將相應的供狀宋方逢時處，同時具奏朱載坖，請求聖裁。

而朝廷的詔令也抵達了京都，在朱載坖的上諭之中，對方逢時、劉綎予以了嚴厲申斥和處分，奪方逢時少保兼太子太保、兵部尚書職，降三級以兵部左侍郎革職留任，以觀後效，奪劉綎太子太保、左都督職，以總兵銜革職留任，以觀後效，朱載坖明確警告道：“若仍失機致敗，損傷國威，天威降臨，必加誅戮！爾其盡心竭力，為父母兄弟妻子思量也！”

同時就是對於倭國事務的一系列安排，還有朝廷增派援兵的計劃等都詳細告知了方逢時等人，和方逢時所料不差，朱載坖早就忍耐不住了，這次朱應楨遇刺，顯然是給了朱載坖機會，對於倭國加以整頓了，朝廷這次增兵八萬，就是為了穩定倭國的局勢，將倭國所謂王室予以剪除，為日後大明郡縣倭國創造條件。

方逢時當然明白朱載坖的意圖，作為安東都護，他有謀劃方略的職責，所以方逢時向朱載坖上疏條陳倭國善後事務，方逢時所提出的第一點就是將安東都護的駐地從京都遷移到江戶，京都是原倭國都城，在倭國內地，從地理上說確實有一些優勢，如京都大部分地區都位於京都盆地之內，京都除南方之外三面環山，京都盆地東部也因其地勢較高且較為乾燥適宜居住，所以倭人認為京都適宜作為都城。

但是方逢時認為，大明經略倭國的話，京都就不太適合了，從氣候上說，四季的氣溫及降雨量變化相當顯著。加上京都位於盆地，讓這一特徵體現得更為明顯。京都夏天炎熱且潮溼，相對地，冬天則較為寒冷且偶爾會下雪。京都的春季開始於三月中旬，這一時期櫻花盛開，和秋季併為也是京都觀光客最多的時期。從六月中旬左右開始至七月底，京都進入悶熱潮溼的梅雨季節。然後便進入炎熱且晴朗的夏天后半。冬季也比較寒冷。

當然這些不是主要的，主要原因是京都是倭國舊都，這裡必然存在很多倭國的遺老遺少，他們對於大明是懷有刻骨仇恨的，而且深居內地，對於大明來說並不方便，畢竟官軍的給養以及命令的傳遞很多時候需要的是水師，而京都在倭國腹地，這就影響了安東都護和朝廷的交流，還有後勤補充，援兵調集等事項。

所以方逢時建議，將安東都護移駐江戶，本州島東部，關東平原南端，南鄰東京灣，大致位於倭國列島中心。東部以江戶川為界，與千葉縣相連；西部以山地為界，與山梨縣相接；南部以多摩川為界，與神奈川縣相鄰；北部與埼玉縣相連。

從氣候上來說，江戶四季分明，降水充沛。春季整體以晴天、薄雲為主，偶爾陰雨。在梅雨季時易受滯留鋒面影響，長期降雨。梅雨季過後即進入夏季。夏季受東南季風影響，降水較多，高溫炎熱，並時常有颱風侵襲。秋季受颱風、秋雨鋒面的影響，容易下雨。冬季前後，低氣壓透過，易發生強風；因江戶位於背風面，雨或雪的日子比較少，大多是晴朗乾燥的日子，同時是全年之中雲量最少的季節。

同時江戶擁有便捷的水運和港口，這些對於官軍和安東都護來說都是極為重要的，從地形上來說，江戶的地形由東至西可以大致分為中川低地、武藏野臺地、多摩丘陵、關東山地四個部分。中川低地位於武藏野臺地和下總檯地之間，包括了江戶的東部地區，是由利根川分流江戶川、荒川等河流沖積形成。而且江戶的地形屬於典型的平原型別，具體位於本州島東南部的關東平原，由利根川、荒川等河流沖積形成，地貌包含沖積平原和洪積臺地（如武藏野臺地）。這些地方地形平坦，便於官軍屯墾，是合適的地點。

除了這些之外，方逢時也是積極準備，等到官軍的援兵抵達，就準備動手，這些日子倭國國王已經多次向方逢時、劉綎、朱應楨等人送禮，祈求原諒，但是他們都予以拒絕了，這使得倭國朝廷上下是極為恐慌的，方逢時認為還是要予以安撫，方便後面操作的。