但是禮部隨後也上奏現在要將倭國降為屬地，其國就不能夠存在了，總不能叫倭國都統使司吧？這顯然是不合適的，所以要改名，不僅僅是革去倭國國王的王爵，更要將倭國國號一體革除，重新命名才是，這點也得到了朱載坖的認同，朱載坖命令翰林院查考典籍，詳細具奏上陳。

翰林院在查考了典籍之後向朱載坖上奏，最早倭國的名稱是倭奴，在漢書和後漢書中有記載：“樂浪海中有倭人，分為百餘國，以歲時來獻見雲。建武中元二年，倭奴國奉貢朝賀，使人自稱大夫，光武賜以印綬。”這是倭國的第一個稱呼。

同時唐代張守節在《史記正義》中記載：“武后改倭國為日本國”。對於倭國，還有其他各種稱呼，不過朱載坖選擇了倭奴，改倭國為倭奴都統使司，畢竟這是人家的本名，其他什麼島夷、東瀛、扶桑等稱呼，都是外號罷了，隨即朱載坖命令擬定詔書，明發安東都護府。

而在倭國京師，安東都護方逢時和提督倭國水陸軍務劉綎正在商量對策，這次的事情對於兩位大員來說是極為麻煩的，朱應楨可不是一般的錦衣親軍，那是天子欽差，更是大明國公，這樣的身份在安東都護府的地盤上遇刺，不管怎麼說方逢時和劉綎就是難辭其咎的，在事發之後，方逢時當即調集重兵趕赴京都，同時動員安東都護府麾下各衛所的兵員，一時之間倭國風聲鶴唳了。

劉綎趕緊率兵趕赴京都，在面見朱應楨之後，確定朱應楨沒有生命危險之後，劉綎才前來見方逢時，方逢時在確定朱應楨沒有生命危險之後才鬆了一口氣，要是朱應楨真的死在倭國的，那方逢時和劉綎的烏紗是肯定不保的，現在朱應楨沒有大礙，方逢時才開始準備收拾倭人。

方逢時之前就已經命令官軍在京都大規模搜尋相關的涉案人員予以抓捕，同時行文倭國朝廷，要求倭國朝廷交出涉案人員，方逢時很清楚，朱應楨之所以遇刺，除了是這些所謂浪人作案之外，更加深層的原因是因為朱應楨在倭國調查到了一些東西，這些人狗急跳牆才糾集浪人刺殺朱應楨的。

倭國朝廷當然也是非常緊張的，這些公卿們當然知道是怎麼回事，他們更清楚大明國公是什麼身份，倭國朝廷趕緊向安東都護府解釋自己於此無關，但是方逢時根本不相信，在和劉綎商量之後，方逢時以安東都護府都護的名義命令安東都護府所轄官軍將倭軍繳械，看押起來，防止他們作亂，同時調動大軍進駐京都等重要的城市，控制倭國港口、要地和朝廷，等待朝廷的命令。

而朱應楨在傷勢好轉之後，也透過錦衣校尉向方逢時和劉綎傳遞了一些資訊，將朱應楨之前所查探到的一些資訊給了方逢時，朱應楨確實是查到了大魚，就是倭國的所謂八條宮智仁親王，他是現任倭國的弟弟，是上任倭王之孫、誠仁親王第六子，智仁親王幼年先後被稱為六宮、胡佐麿等稱謂。

在小時候經今出川晴季斡旋成為豐臣秀吉養子，約定繼承關白職位，因秀吉親子鶴丸誕生而被解除養嗣關係，由此創設八條宮家。在豐臣秀吉敗亡之後，豐臣秀吉被官軍滅族，他麾下的武士都被打散成為浪人，而由於他曾是豐臣秀吉 養子的關係，很多豐臣秀吉的餘部奉他為主，秘密進行反抗大明的活動，而這些事情被駐倭國的錦衣親軍所偵知，朱應楨正準備和方逢時等人商量，調動兵力將其剿滅，不料被其麾下浪人所刺。

既然有目標那就好說了，方逢時才不能他是什麼背景呢，現在他必須馬上給朝廷和朱應楨一個交代，否則的話，他方逢時就是交代，這點道理他還是明白的，所以方逢時叫來了安東都護府右參議丹羽長秀，命令率領官軍和錦衣校尉，前往緝拿案犯。

當得知方逢時準備抓八條宮智仁的時候，丹羽長秀還是勸說方逢時慎重，因為這廝在倭國還是有些能量的，一來是他現在麾下聚集了豐臣秀吉的一些殘部，還是有一定勢力的，二來就是他爺爺正親町還在世，這位是倭國最後一位有天皇稱號的倭王，是個有些手腕的人。

他在位期間，與織田信長建立特殊政治同盟，曾稱頌其具有大宏量大廣智大無慾大慈悲等品質，這種互相利用的關係體現在：王室藉助大名的軍事和經濟實力重建權威，而大名透過獲取倭國朝廷官職提升政治合法性，而在大明介入倭國之後，他選擇主動退位，成為了現在倭國唯一一位曾經有天皇稱號的人，在倭國仍然很有影響力，方逢時當然知道這些事情，之前方逢時也想過收拾他，但是考慮到倭王尚且恭順，他也沒有什麼實質性的謀反行為，所以沒有動他，但是現在成國公遇刺，方逢時是管不了那麼多的。

方逢時對丹羽長秀說道：“本部堂不管誰的子孫，按大明律，謀刺朝廷欽差，即等同於謀反，是要夷三族的，若是先生不願去，本部堂命令劉軍門去也行。”

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