朱載坖選任的軍機大臣主要有三種人構成，一種就是文官當中的知兵之臣，如梁夢龍、徐渭等人，另一種就是大將，如李成梁、俞諮皋、張元功等人，還有的就是親臣，如崇安侯譚國佐，駙馬都尉李和等，他們都是皇親國戚，和皇帝的關係不一般，同時軍機處的保密等級是很高的，朱載坖規定不準任何無關人員接近軍機處的辦公地點，錦衣親軍和東廠在外圍值守，違者格殺。

朱載坖對於軍機處的要求就是三個字勤、速、密，軍機大臣和軍機參贊輪流全天值守，隨時處理相關事務，同時不管是文書的上行還是下達，軍機處都享有最高的郵驛許可權，使用郵政總署的急遞或者是塘報以最快速度進行情況彙報和命令下達，同時必須確保保密，軍機處地處內廷，戒備森嚴，嚴禁無關人員窺探、走動。所有討論和檔案處理均在皇帝直接掌控下進行，有效地防止了資訊洩露和官僚體系的相互掣肘。

朱載坖給軍機處定下的規矩就是緊急軍情，要做到當日奏、當日批、當日發，必須要保證效率，而在軍機處成立之後，朱載坖首先就賦予了軍機處一個極為重要的任務，就是實施官軍的更戍論調變度，除了西域和安南等邊疆有戰事的地方，朱載坖命令軍機處仔細規劃，調整官軍的佈防，同時對於官軍各部進行調整，同時對於官軍軍官們也要進行調整輪換。防止軍官們在一地時間過久，出現專兵的可能。

同時朱載坖對於軍機處的一個重要職能就是清軍督練，對官軍各部實施訓練監察，保障官軍各部的訓練水平和戰鬥力，這就要求先要制定出一個詳盡的考核標準，朱載坖命令軍機處按照各兵種的實際情況，制定出適合於鎮協官軍和衛所官軍的考核標準，由清軍督練總署負責實施，對於官軍各部進行考核，制定考成標準，在軍中一樣推行考成法，訓練水平差的官軍軍官是要被彈劾甚至送衛尉寺予以軍法審判的。

而朱載坖很清楚，清軍督練總署要執行這個任務，必須是要大量的人力，同時還需要一定的武裝力量，否則的話，這些丘八爺可不是這麼好對付的，朱載坖要做的第一件事就是整肅軍紀，嚴明軍法，其實現在的官軍軍紀已經比之嘉靖年間好多的，戚繼光主持練兵軍務處的時候，就嚴格要求軍紀，在戚繼光的整頓之下，官軍的軍紀已經有所好轉了，同時由於朝廷還是能夠保障軍餉、糧秣等的及時發放，所以士卒逃亡的風氣大有好轉。

但是朱載坖還是很清楚，軍中的各種貪墨、甚至是虐待士卒的行為仍舊存在，朱載坖之前的想法是透過錦衣親軍來進行監督，但是實際上錦衣親軍所承擔的偵緝職能已經是非常之重的，他們的注意力主要在地方上，對於駐地官軍這樣一個相對封閉的群體，錦衣親軍其實是鞭長莫及的，而且錦衣親軍的主要職能在不在於此，作為朝廷和皇帝的耳目和偵緝機關，錦衣親軍更加重要的是負責對於逆黨、邪教等重大案件的偵緝，至於軍紀維護等，朱載坖決定專門成立一支部隊負責此事。

朱載坖命令在軍機處下設憲兵都指揮使司，成為軍機處的直屬機構，憲兵都司的主要職能就是維護軍紀，處置軍內貪腐，會同清軍督練總署核實軍籍、考核訓練等事務，憲兵實行招考制度，從全國各衛所識字軍餘、各鎮協識字士卒和民間識字青壯中予以徵募，加以訓練，憲兵的待遇極好，選入即享受小旗待遇，同時嚴加訓練，從錦衣親軍中抽調部分精幹校尉，負責充實憲兵都司，整肅軍紀軍法。

朱載坖還專門下詔解釋了這次整頓軍紀的目的：“欲成完完節制之師。譬如竹之有節，節節而制之，故竹雖虛，抽數丈之筍而直立不屈；故軍士雖眾，統百萬之夫如一人。軍政不肅，法律不嚴，遇敵則退，誰肯以父母妻子之身，而蹈必死之地？凡賞罰，軍中要柄，朕所特重也。烏合之眾，上下不親，非有賞罰，孫、吳不能以為將。是故申明賞罰，務求公正，賞之以眾情所喜，罰之以眾情所惡，此治軍之要也！”

朱載坖命令軍機處會同律例館共同修訂大明律的軍律部分，嚴明軍法，對於恃強凌弱、忿爭無禮、傷農田、損兵器、姦淫盜竊、洩密投敵等嚴重違紀的惡行，皆要嚴懲不貸、軍法示眾。同時也要制定軍紀規範和獎懲措施，嚴格軍紀軍法，才能夠使得官軍有戰鬥力，憲兵都司職能主要是維繫軍紀，約束其他軍人行為舉止，處理軍隊中的各種刑事案件，特別是軍人的違反軍紀的事件。同時配合清軍督練總署對於官軍各部實施考成，逮捕、審訊犯罪士卒、軍官，將其移送衛尉寺，對於重大案件上，和錦衣親軍一道辦案，為錦衣親軍提供武力支援。

朱載坖任命錦衣親軍都指揮同知劉守有擔任憲兵都司都指揮使，負責將憲兵都司迅速組建起來，而在朱載坖正在如火如荼的開展改革的時候，一份從倭國來的急遞使得朱載坖勃然大怒，隆慶二十六年二月初八日，京師還有些春寒料峭的時候，倭國的急遞傳遞到京師了。

安東都護府都護方逢時、徵東大將軍、提督倭國水陸軍務事劉綎聯名向朝廷奏報：朝廷派往倭國查察情況的欽差，成國公、錦衣親軍都指揮僉事朱應楨在倭國京都遇刺，身負重傷，方逢時、劉綎已經調集重兵包圍京都了，同時請求朝廷增兵倭國，嚴查此案，窮究幕後主使，將涉案之人一體誅戮。

朱載坖攬奏大怒，當即命令軍機處調發援兵，立即下達命令，從京營、親軍諸衛、薊鎮、真保等鎮、山東、遼東兩都司抽調兵力馳援安東都護。