朱載坖自己也多次思考這個問題，從效率上來說，確實是應該設立一個如同內閣的最高軍令機關，來負責軍務的處理，這點也是非常之重要的，加強朝廷對於官軍的控制，提高反應速度等，但是具體應該怎麼改革，這是朱載坖所要考慮的，兵權一向是非常之敏感的事情，一個處理不好，就會導致大的變亂，所以私下裡多次召見重臣們，還有勳臣大將們，同時也透過密疏和地方的督撫、提督等重臣們交流，討論現在制度的優劣。
對於現行制度，內閣是很滿意的，因為雖然朱載坖以形式上剝奪了內閣的軍事權力，但是內閣輔臣還是參贊軍務大臣，在軍事上還是有發言權的，同時兵部也可以透過軍政機關的職能對於五軍都督府和練兵軍務處予以制衡，雖然朱載坖一直著力提升五軍都督府的權力和地位，但是在實際的操作過程中，兵部的積威還是很重的，畢竟這麼多年以來所形成的積威不是一時半會可以糾正過來的。
兵部在很大程度是仍舊能夠對於軍務有發言權，而且衛所官軍和鎮協官軍畢竟是兩個系統，也就意味著官軍是有兩套指揮系統的，對於地方來說還是比較麻煩，地方督撫對於衛所官軍還是相對比較好控制的，但是鎮協官軍則相對不太好控制，因為現在這些提督們實權極重，同時有密疏上陳的權力，督撫要是威望不夠的話，很難駕馭這些提督總兵們。
這點朱載坖也注意到了，驕兵悍將不是朱載坖想要的，朱載坖所想要的是一個高效、簡潔而又安全的軍事指揮體制，這點三個要求都很重要，指揮機關必須高效，要能夠迅速作出反應，這點是極為重要的，戰場形式瞬息萬變，對於朝廷來說，軍令機關必須迅速、準確的做出反應，為皇帝和朝廷決策提供依據。
簡潔也就是為了保證高效，疊床架屋的設計必然導致指揮遲緩，對於作戰來說是大忌，安全的重要性就自不待言了，涉及到軍務，這自然是極為重要的，外防藩鎮，內控京畿，這是保證安全的重要因素，這點是朱載坖必須要考慮的，如何平衡這其中的各種因素，是朱載坖所必須要考慮的。
朱載坖和太子也長談了這個問題，朱翊釴也同樣認為五軍都督府和練兵軍務處並立的局面不利於掌握官軍，應該設立一個專門機構和兵部一道分掌軍政、軍令，朱載坖也認為應當如此，但是在朱載坖整頓軍令機關之前，朱載坖首先是要整頓的是京畿兵防。
京畿兵防分為內外兩重，外防主要由直隸總督負責，直隸總督下轄薊鎮、昌平鎮、真保鎮三鎮官軍，負責守衛內邊，拱衛京師，是京畿外圍兵防的主要組成部分，而京畿內兵防則就相對比較複雜了，主要由京營、親軍諸衛、禁兵、錦衣親軍還有刑部管理的京師警巡院所負責。
錦衣親軍和京師警巡院所負責的主要是情報、偵緝和京師的治安維護，而兵防則主要由京營、親軍諸衛和御馬監禁兵所組成，其中京營由勳臣提督，親軍諸衛則由朱載坖所信重的大將提督，御馬監禁兵則由內庭太監所掌握，還有直接負責宮禁的侍衛處，主要由勳臣子弟們所組成，這樣就形成了一個互相制衡的京畿兵防體制，能夠保證朝廷和皇帝的安全。
而朱載坖則是要對京師兵防的權責予以劃分，同時將太子幼軍和皇太孫幼軍也調入京師之中，以備不測，當然皇太子幼軍和皇太孫幼軍只能屯駐外城，為內城和宮城的守衛則是由錦衣親軍、禁兵所負責的，在區分好京師兵防的職權之後，朱載坖開始整頓軍令系統了。
朱載坖下達詔書，將原練兵軍務處予以裁撤，在練兵軍務處的基礎上設立辦理軍機事務處，即所謂軍機處，直接對皇帝負責，承擔大明最高軍令機關的職能，軍機處的品級和內閣一樣是大明唯二的從一品衙門，朱載坖命令禮部鑄給軍機處關防，由軍機處行使軍令機關之後，嗣後除京營、親軍諸衛、御馬監禁兵等直接由皇帝指揮之外，其餘衛所、鎮協官軍皆受節制，和兵部分掌軍令、軍政大權。
軍機處不僅僅是大明的最高軍令機關，也是皇帝的軍事顧問機構，和內閣一樣是侍從官署，所以軍機處的辦事地點在宮內，以武英殿作為軍機處的辦公場所，由於朱載坖現在長居西苑，所以軍機處和內閣一樣，在西苑設立值房，輪流值守。
軍機處下轄機構主要有：五軍都督府負責管理衛所官軍；
逼我御馬監為奴，現在後悔什麼？
侯府世子，皇城麒麟，文濤武略非凡，泗水關前奪城先登！
誰料，林軒當了18年侯府世子，竟是冒名頂替。
名利不保，親情不在，為奴三年，嘗盡心酸。
御馬監三年為奴，林軒看透了一切，寵辱不驚，只想與侯府斷絕一切關係。
但誰知，侯府大家竟然後悔瘋了！
意外穿越，成為宛城之戰中本應戰死的曹操長子曹昂，瀕死之際激活“續命天賦系統”。
唯有攻略歷史絕色，方能延續陽壽、解鎖天賦。
一路之上，曹昂一邊借系統攻略絕色續命，一邊暗中積蓄力量：牽制劉備發展、封鎖江東航道、瓦解對手聯盟，步步為營破壞三分天下格局，誓要助曹魏掃清寰宇，實現九州歸一的盛世宏圖。
男主曹昂自帶“萬人迷”buff，一邊在戰場運籌帷幄，一邊把三國美人挨個納入囊中。
皇後伏壽為他甘冒宮禁風險，江東小喬追着要名分，呂玲綺戰場傾心又嘴硬，還有甄宓、貂蟬、大喬等美人環繞。
劇情又爽又逗，一邊是刀光劍影的權謀博弈，一邊是啼笑皆非的後宅日常，男主周旋於各色美人之間，撩妹技能點滿，權謀智商在線，輕鬆有趣又上頭，亂世談戀愛的正確打開方式就在這！
一覺醒來，現代中文系大學生王偉穿越成了被族人賣掉的小奴僕王狗兒。
本以為人生開局即結局，誰知，新東家竟是富甲一方的舉人老爺。
更沒想到的是，他因緣際會還成了小少爺的救命恩人，被直接安排進了書房當差。
當別的奴僕還在努力背規矩時，王狗兒已經盯上了書房裡的四書五經和少爺的科舉教材。
且看小小書童，如何在這深宅大院里低調發育，把穿越者的知識儲備，變成最強底牌！
先斷親，再科舉，一路連中六元，朝野震驚，皇帝直呼好傢夥，文曲星降世了！
大伯三叔更是跪地求原諒，說一筆寫不出兩個王字！
王狗兒：什麼一個王？我要族譜單開！
十年為質無人問，一朝敗家天下知！
代替弟弟入京為質十餘年，回家還要被逼入贅，小爺不伺候了！
林楓離家後，燒水泥，制炸藥；鍊鋼鐵，造大炮！
有一天，匍匐在地的父親發現，坐在至高王座上的那個人，怎麼好像是自己兒子？
爹是鎮南王，但敵人都以為他是鎮南王的爹，因為林楓鎮東南西北中……
穿越大唐，成為瘸腿太子李承乾，恰逢李世民將武德殿賞賜給李泰。
他正愁如何對付李泰，怨氣系統突然降臨，只要收集怨氣，便能獲得怨氣值，官職越大，怨氣值越多。
怨氣值可以抽取地煞七十二術。
從此李承乾在爆捶李泰，氣炸李世民，激怒文武百官，欺壓世家門閥，壓榨異族蠻夷的路上漸行漸遠。
李世民：“承乾啊！”
李承乾：“請陛下稱太子！”
李泰：“大哥，你看我這武德殿如何？”
李承乾：“孤給你拆了怎麼樣？”
世家門閥：“上品無寒門，下品無士族！”
李承乾：“你們這族譜記錄的挺詳細啊，省的孤挨個找了。”
高陽穿越大乾，恰逢女帝登基，廣聚天下人才，於是以一介毒士，毛遂自薦！
女帝：“當你親手滅了仇家全家，看着滿地屍體，卻突然發現屋裡還有一個孩子，你該如何是好？”
高陽：“臣會說記住我的臉，下次見面，我就不手下留情了，接着轉身離開，再猛然回頭，大笑一聲，哈哈，小子我們又見面了！”
女帝：“……”
女帝：“眼下兩軍交戰，我軍卻爆發瘟疫，人心渙散，有何良計？”
高陽：“我有一計，可用軍中投石機，將沾染瘟疫的屍體，投入敵軍陣營，亦或是將多餘的屍體放入敵軍上游的水源之中！”
女帝看着風輕雲淡的高陽，嘴角一抽，“朕這是找了個活閻王啊！”
幕客楊燦執棋亂世，合八閥為刃，據關中為基，看寒門謀士以權謀為筆。鐵血為墨，問鼎天下！
十年為質無人問，一次敗家天下知！
取代弟弟進京為質十多年，回家還要被迫入贅，小爺不伺候！
林楓離家後，燒水泥，做炸藥；鍊鋼，造大炮！
有一天，爬行的父親發現，坐在最高王座上的人，怎麼會像自己的兒子一樣呢？
爸爸是鎮南王，但敵人都認為他是鎮南王的爸爸，因為林楓鎮東南西北中部的中部。...
為了當年的驚鴻一瞥，江清婉隱姓埋名嫁入將軍府，花了半身修為幫秦家改命。
誰知男子曾經回到北京，帶回了美麗華貴的縣主。
婆婆明褒暗貶地逼她讓位，甚至喊了她五年母親的養子，也輕蔑地看着她。
“你是一個商女，怎麼配做我媽媽？”
看透一切的江清婉拋下一紙和離書，收回了對秦家的保佑，讓他們厄運纏身。
本想逍遙離京，卻遇到了身負怪命格的九王爺，竟能幫她恢復修養。
她成了九王爺的幕僚，京城謠言四起，都說她是王府的外室嬌娘。
男人冷着張俊美如仙的臉，充滿了厭惡。
“她只是我邀請的天師。”
後來，江清婉成了著名的東京神算，京中權貴紛紛跪求一卦。
前夫後悔不已，糾纏不清，一聲“婉婉”喊得真心切。
貴氣清冷的九王爺化身醋精加寵妻狂魔，抱着人的小腰宣誓主權。
什麼天師？這是他的小嬌娘。