對於朱載坖的這個想法，重臣們也絲毫不意外，甚至於一些重臣們也認為應當予以改革，統一學制和考核是科目，作為大明選拔人才的方式，朱載坖認為應該將鄉試和會試科目予以統一，同時對於科舉考試的內容也要予以修改，朱載坖認為八股已經足夠考察應試舉子的文字能力，至於詩詞等，就不必再考了。

這點也得到了重臣們的贊同，八股本身對於考生的文字能力要求就不低，八股文章的嚴密邏輯和工整對仗。在極其嚴格的形式下，練習出優美的文章，能夠鍛鍊人的智力。而在命題作文的特定情況下，能夠作出邏輯嚴密、辭藻華麗的文章，的確需要相當的文學修養。既然已經考了八股，詩詞就不必再考了，重複測試，沒有任何意義。

朱載坖認為仍舊維持鄉試和會試的三場比試，同時對於考試科目予以調整，第一場仍舊是八股，四書一篇和本經一篇，而第二場則是策論和公文寫作，策論一文，然後就朝廷的公文寫作進行考核，而最後一場的變動最大，朱載坖認為將第三場改為常識考試，朝廷選拔的事能夠治國理政的官吏，不是尋章摘句的腐儒，所以必須具備相應的常識，才能夠為朝廷官吏，所以必須要對他們的常識予以考核。

不僅僅包括對於大明律和大明律例集解還有算學、物理、農政、水利的常識，都要加以考核，以保證朝廷所選拔的官員是有真才實學的，同時實施計分考核制度，將三場考試在科舉的比重予以確定，第一場自然是最重的，八股佔四成，策論、公文佔三成，常識佔三成，每場考試的分數以十分為率，六分及格，不及六分則直接予以淘汰，然後將三場分數按照比例折算之後以總分排名錄取，這樣能夠儘可能的保證朝廷科舉的公平和所選取的人才能夠為朝廷所用。

雖然現在舉人和吏員出身的官員數量在增加，但是對於大明來說，進士仍然是最重要的取士途徑，畢竟絕大多數的朝廷四品以上官員尤其是部院堂官和內閣輔臣，都是進士出身，所以進士科對於朝廷仍然是非常之重要的，所以朱載坖很重視進士科，親自組織對於進士科的改革，申時行認為朱載坖的改革措施是合理的，但是不能夠這麼快的推動，要給天下的讀書人以適應的時間才行，否則的話，科舉考試的改動太大，士子們無法立即適應，恐怕會引起事端的。

朱載坖認為必須立即實施，大明已經是時不我待了，科舉選官，關係到朝廷的吏治，是不能有所等待的，朱載坖說道：“天地不仁以萬物為芻狗，聖人不仁以百姓為芻狗，朕不能因為這些士子們不能適應，就使得朝廷受到拖累。”

朱載坖任命王世貞為學部尚書，專門負責此事，對於科舉予以改革，同時將科舉相關的事宜要儘快落實，從最近一次的鄉試和會試中就開始推行，朱載坖下達上諭，在頭三次的科舉中，適當降低難度，但是之後就要恢復難度的，經過改革之後的鄉試和會試，雖然八股仍舊佔據主要的地位，但是其核心地位已經喪失了，不再具有定去留的性質了。

而三場的地位同樣重要，因為根據新的制度，三場中只要有一場不及六分，就要予以淘汰，所以三場同樣重要，朱載坖命令王世貞制定科舉則例，詳細規定科舉考試的制度，對於朱載坖的科舉改革，很多士子們當然是不幹的，因為這樣一來，科舉的難度成倍增加，原來那種以程文取巧的辦法就完全行不通了，甚至有傳聞生員們準備罷考以示抗議，不過朱載坖明發上諭，凡是扇惑人心，煽動罷考對抗朝廷的，首犯以謀逆論處，從犯俱發西域軍前陷陣，參與者革除功名，永不敘用，以強硬手段對付這些人。

申時行等人上疏求情都被朱載坖予以申斥、罰俸了，朱載坖現在就是要大刀闊斧的推動改革，爭取將很多事情在自己這裡有個了斷，對於常識的出題，由律例館會同格物院、司農院等衙門一道，務必要考察士子的常識水平，把那些酸儒、腐儒篩選出去。

而對於朱載坖來說，最重要的還是對於軍事體制的改革，現在大明在軍制上實際是二元體制，即五軍都督府領導的都司衛所官軍和練兵軍務處領導的鎮協常備官軍，雖然兵部是軍政機關，但是實際上的軍令機關是兩個，即五軍都督府和練兵軍務處，在地方上也是如此，各都司、行都司、留守司和下屬的衛所構成了五軍都督府的管理體制，而以提督、總兵等構成了鎮協官軍的指揮管理體制。

朱載坖一直在思考的事情就是是否應當建立起一個統一的軍令機關，方便統一指揮官軍，從長遠來看，鎮協官軍是必然會取代衛所的，倒不是說衛所會消失，而是都司衛所的軍事職能會越來越低，實際上從朱載坖即位以來的一系列舉動上，也說明了衛所的軍事職能在逐步降低，儘管現在衛所仍舊是鎮協官軍軍官和士卒的主要來源，但是衛所本身所承擔的軍事任務已經是越來越低的，衛所的主要任務在於控制邊境地區，進行屯墾等事情，而不是直接遂行軍事任務，內外征戰都更多的依靠鎮協官軍，這點已經是不爭的事實了。

所在這種情況下，朱載坖也確實是要好好的思考這個問題了，應該建立一個怎樣的軍事機構，軍政、軍令分離自然是極為重要的，既要實施將不專兵，防止出現藩鎮等情況，也要防止出現前宋的情況，保證軍隊的戰鬥力和指揮順暢，同時也要保證朝廷和皇帝對於軍隊的掌握，再加上現在安南和西域的戰事沒有停止，所以朱載坖對於此事還是十分之慎重的。