度支與審計構成了戶部的兩大主要職能，就是對於財政的計劃與稽核，但是之前戶部還是有一些業務部門的，如海關、鹽政、稅務這三大總署，他們也是朝廷賦稅的主要來源，地位非常之重要，對於這三大總署的管轄問題，也在朝廷之中引起了極大的關注，這三大總署都是實權極重，而且對於朝廷的財政和民生干係極大的衙門，同時也是和地方關係很深厚的衙門，對於他們的歸屬問題，不僅僅是在朝廷內部，甚至是在朝廷和地方之間都有所爭論。

首先就是海關總署，在兵部、刑部和戶部之間引發很大的爭論，現在海關關稅是朝廷收入的重要來源，海關總署的地位自然是不言而喻的了，但是海關總署的管轄問題現在朝廷也確實是爭論不休，從職能上來說，海關總署是負責海關關稅的徵收，自然是應當由戶部進行管理的。

但是兵部認為，海關麾下有規模不小的緝私水師，這些水師一樣是官軍的組成部分，兵部也應當予以管理，持有同樣想法的還有刑部，畢竟海關總署所負責的打擊走私的職能是和刑部有關的，所以刑部認為對於海關總署也有部分的管轄權，同時一些地方督撫，尤其是沿海各省份的地方督撫也上疏認為，海關關稅全部解運朝廷，似乎是有些不妥的，這樣就導致朝廷的財權過於集中，地方困頓，財政困難，所以他們請求從海關關稅收入中分給所在地方一部分。

對於這些問題，朱載坖決定在西苑召集相關的重臣們予以討論此事，對於朱載坖和重臣們來說，首先要解決的自然就是地方想要分撥海關關稅一事，這點遭到了所有的重臣一致反對，他們都認為海關關稅是朝廷度支的重要來源，一絲一毫都要解運京師，或者由朝廷分配，斷然不能由地方染指，地方缺錢，可以奏請朝廷予以撥給，但是直接分海關關稅，絕不可行。

這點朱載坖也是認同，在之前大明的財政觀念是所謂出入有常，支放有節，追求動有額支，解有額撥，實際上就是一眾靜態財政觀念，朝廷希望財政的收入、支放都有一定的年度定額，並在戶部的完全掌控下運作。但是這麼多年，在朱載坖的操作之下，大明臣子們也都明白了，財政這個東西是具有很大的不確定性的。

雖然朝廷想要做到的是以收定支 、量入為出，將收入 、支出視為一種積久不變的定量 。也就是所謂的：“各項作何收支 ，某項作何銷算 ，不容游移於定額之中。”但是實際的操作中是很難執行的，在之前朝廷財政中，田賦是很重要的，同時也是相對比較好估算的，只要沒有大的災荒，田賦的數額是很好計算的。

戶部主意是通過冬估來完成財政的預算的，戶部在冬季對各省來年收支的預估，與“春撥”和“秋撥”共同構成年度財政計劃?。是指各省布政使司在彙總本省賦稅收入後，除按預先算好 (即冬估 ) 並經戶部核准的數額 留下本省開支所需錢糧即留存錢糧之外，其餘均需按規定上解戶部或協濟財政收入不足的鄰近省份 ，留作本省支用的叫存留，解運部分叫起運 ，其中上解戶部的叫京銅 ，解運它省的叫協銅 。

起運 、存留的比例 ，視各省的肥膺情況 以定。而對於海關而言，關稅的報解並不經布政使司之手，而是由海關市舶使來完成。除戶部奏準酌留之外 ，原則上關稅並沒有起運 、存留的規 定，而是年清年款 ，即扣除當年海關的用度 以外 ，餘款全部從關庫解出，解運到京師由朝廷支配。

對於設有海關的地方來說，他們當然是想要從中分一杯羹的，但是這樣做會極大的破壞朝廷的財政制度，影響朝廷的財政撥解，這是不能容忍的事情，戶部尚書王國光直接指出其中的弊端，一旦地方介入了海關關稅的撥解之中，在朝廷出現財政危機，要求增加海關的撥解的時候，恐怕就沒有那麼容易的，首先就是地方官府從地方本位出發 ，對朝廷的指撥壓力 ，試圖加以緩解 ，其中，既有海關陷入財政困境企圖自拔的因素，也有地方政府藉助於海關財源專顧本位的意味。

王國光隨意指出幾種方式，如抵撥，即本省關有上解中央之款 ，而 中央又有下撥地方之款 ，兩相抵除，免於款項 的互相解運 。這種方法，看似對中央、海關利益均無損失，但是實際上使得朝廷喪失了對於海關關稅的撥解之權，這點是極為重要的，使得海關關稅地方化，這是朝廷所不能容忍的。

除此之外，還有免撥、緩撥甚至於直接截留海關稅款，這些對於朝廷的財政權力都是極為大的侵奪，其中最可怕的就是截留了，海關稅只有戶部或戶部授權才能動撥，外省不能自行動用或截留，是為定例 。但是一旦地方能夠染指關稅的撥解之後，地方督撫們就可以藉口需款緊急，在事先不奏報朝廷的情況下，私自動用或截留關稅，先提後奏甚至提而不奏，為地方軍政所用。

這樣做的後果是極為可怕的，不僅僅使得朝廷的財政枯竭，更加使得地方勢力做大，這點是朱載坖所絕對不能容忍的，因為督撫們肯定是希望他們所能夠支配的錢糧越來越多的，而且一旦這些截留的風氣形成之後，就必將積習難改，這點是朱載坖很清楚的，對於地方的各種情況，地方督撫們都加以利用和誇大，作為對抗朝廷指撥或截留稅款或延不解交的藉口，導致朝廷與海關所在省份的財政糾葛。

而且關稅分配的苦樂不均，也激發了各省之間在沾潤稅款方面的利益矛盾。所以關稅必須全額都朝廷所掌握，一分一釐都絕對不能由地方動支。