朱載坖認為要將力學予以發展，有了堅實的力學基礎，才能夠推動機械的發展，大明現在需要的各種機械等都需要這些理論的發明，所以朱載坖對於他們是很重視的，朱載坖特旨給伽利略六品俸祿，給冠帶，賞賜絲綢、瓷器、茶葉等物，並且安排房屋等，資助他的各種研究，現在最現實的問題就是將蒸汽機予以實用化，氣壓計等相關裝置，還有溫度等計量單位的測定等，都是格物院的要緊工作，朱載坖要求格物院要儘快完善力學體系，為文思院設計各種機械提供理論支撐。

而在隆慶二十五年的十一月初五日，從西域傳來的塘報終於抵達了京師，李成梁向朝廷報捷，克服輪臺，和碩特部已經北遷，淪於腥羶八百餘年的輪臺回到了大明的手中，朱載坖命令再次賞賜西征士卒，同時命令在輪臺故城的基礎上設立輪臺府，在烏魯木齊地區屯墾戍衛，為官軍提供糧秣。

李成梁收復了輪臺，使得朝廷在天山北路打開了缺口，接下來就是實施對於整個天山北路的控制，同時大型屯田，以保障官軍的後勤，對此，經略西域吳兌也專門上疏陳述有關的西域屯田的事情，能夠在西域種植的糧食作物品種是很多的，吳兌在奏疏中說道：“凡黍、稷、稻、粱、大麥、小麥、青稞、包穀、胡麻、脂麻、蕎麥、山芋、大豆、黃豆、黑豆、綠豆、蠶豆、豌豆、扁豆、蛾眉豆、豇豆、刀豆之屬，皆有種植。”

但是除了要滿足官軍士卒的口糧之外，還有更加重要的就是這些牲畜的豆料，吳兌在奏疏中說道：“治軍之道，士不飽則兵氣不揚。師不貞，則戎行無律。糧餉者，群策之先務也。畜任重遠行，若非料豆餵養，不過數站之後，即便疲乏難支，如若內地轉運，站遠路長，究不如出產於地，到處存貯，乃可用之不匱。”

而且大明之前所常用的牲畜飼料是大豆、玉米和黑豆，但是在新疆豌豆顯然是更加適合的作物，朱載坖也認為吳兌的建議是很正確的，在新疆推廣玉米和豌豆的種植，首先解決官軍牲畜的飼料問題，這樣的話能夠極大的減輕朝廷的負擔，朱載坖在吳兌的奏疏上批道：“該員經歷軍務年久，且曾親統大兵出塞征討，凡行兵機務，靡不周知，朕惟今欲用兵，兵非不敷，但慮路遠，運餉殊難。多收一石糧食，即省一石挽輸，庶兵與食俱足，而於國帑亦不至糜費。惟安西以西，自白墩子至橙槽溝，塘遞差馬歲需料豆，或因設處郭壁，或因無可採買，仍須運支本色豆石，其間途長站遠，需費浩繁。本處可產，則惟大善也！安西以西塘遞差馬所需料豆，即可由安西就近運供，以省內地採買挽運之煩，此不為善政也！”

朱載坖同時還向司農寺諮詢了相關的問題，在內地，對於豌豆的種植確實不多，但是豌豆生長週期短、耐寒性較強的生長習性，確實是能夠適應西域的氣候，這點是非常重要的事情。同時朝廷還要統籌整個西北地區的安全，大力推廣豌豆在安西一帶的種植，從而密切新疆與內地的聯動，使之貫通一線。所以朱載坖命令戶部和司農寺立即籌措種子，等到明年開春之後，就送到西域，開始種植。

豌豆的種植使得西部邊疆與內地的軍糧供應連成一體，切實保障了驛站傳遞和運輸線路的安全，是朝廷保障中央與西域、內地與內地地區交通暢通的重要措施，對於大明西部邊疆的穩定和政權的鞏固都起到了十分重要的作用。朱載坖批示內閣，要在政治上設官分職；軍事上駐紮大軍；經濟上屯墾開發、以邊養邊，將西域牢牢控制在大明的手中。

同時為了加強西域的地位和彰顯朝廷對於西域的態度，朱載坖命令設立西域總督，由兵部尚書經略西域兼安西都護府大都護吳兌兼任，西域總督府駐節輪臺府，同時控扼天山，統轄整個西域的行政中心，同時設立西域提督，由徵西大將軍、襄國公李成梁兼任，西域提督下轄庭州鎮、交河鎮、哈密鎮、伊犁鎮、沙陀鎮等數鎮，負責分守西域的各處要害，守衛大明的西部邊疆。

同時明確下詔，大舉增兵西域，支援吳兌和李成梁在西域的軍事行動，朱載坖的口號仍舊是之前的念舊民塗炭之苦，復中國往昔之疆，恢復漢唐故地，維護大明的國威，這也是朱載坖一直以來所做的事情。

朱載坖命令吳兌負責保障後勤，而具體的戰術方略的制定，則由李成梁負責，明年開春之後，詳細規劃，先安定北疆，收服衛拉特四部，然後再順勢南下，同時軍事打擊固然重要，外交努力也是很重要的。

朱載坖敕令蒙古辦事大臣、禮部尚書張學顏繼續和土默特部溝通，希望土默特部能夠和大明一道，在西域上施加自己的影響力，之前張學顏也已經向朱載坖奏報了土默特部方面的訴求，三娘子是很希望促成此事的，因為他本身就是出身於衛拉特部的，和西域諸部關係緊密，如果能夠收服衛拉特部，對於三娘子和順義王在土默特部的地位是很有好處的。

因為現在不他失禮能夠坐穩順義王的位置，更多的是依靠大明的扶持，而黃臺吉之子扯力克、俺答之孫把漢那吉等人，都在土默特部中擁有強大的力量，如果能夠使得衛拉特部也納入土默特部管理之中，會使得不他失禮一系的地位更加穩固，基於這個考量，三娘子是願意在這個問題上和大明合作的。

同時她也很清楚，現在大明官軍今非昔比了，如果衛拉特部強行抵抗，李成梁是不會嫌棄軍功少，朱載坖更不是會輕易妥協的，大明現在的國力不是衛拉特部能夠抵擋的。