對於內閣在駕貼上副署用印一事，官員們反應是極為強烈的，對於內閣的這種行為，官員們認為這是赤裸裸的背叛，內閣畢竟也是整個官僚系統中的一部分，不管怎麼說，以往的內閣在皇帝處分官員們時候多少都會站出來予以申救的，而這次內閣不但沒有申救，而且在逮捕官員的駕貼上用印副署，內閣的屁股坐到了哪邊可想而知。

這些官員們是不會體諒什麼閣臣的苦衷的，儘管有一些官員們認為這些內閣輔臣們也許是有苦衷的，但是大部分的官員們是不管這些事情的，他們的想法就一個，你們這些內閣輔臣們咋就不敢和陛下幹一架呢？官員們認為內閣是屈從於朱載坖了，這是要加以批判的，所以大小官員紛紛上疏彈劾內閣輔臣，認為內閣輔臣沒有履行職責，應當予以罷黜。

對於這些奏疏，朱載坖沒有任何表示，一律留中不發，而內閣輔臣們也很默契的並沒有上疏予以辯解，內閣和皇帝君臣之間已經達成了默契，這些官員們的上疏沒有對朱載坖和閣臣們產生任何影響，這就使得官員們更加確定，內閣已經和朱載坖勾搭在一起了，上疏彈劾內閣輔臣們就更多了。

而與之相應的是，在朝廷上討論故相張居正和朝廷大計的聲音反而小隊減少了很多，這也是朱載坖的轉移朝廷矛盾的一個辦法，透過這個辦法，朱載坖成功的將大部分的矛盾轉移到了內閣和朝臣們身上了，而對於張居正的彈劾就少了很多。

朱載坖挑動群眾鬥群眾的權術現在是越來越爐火純青了，直追嘉靖了，不過朱載坖現在並沒有管這些事情，朱載坖很清楚，這只是暫時將矛盾轉移罷了，等到此事的風波過去之後，他們還是會揪住此事不放的，朱載坖先和朱翊釴兩人商量此事。

父子兩人正在討論的是餘懋學的奏疏，雖然朱載坖將餘懋學下詔獄了，但是餘懋學的奏疏還是和其他人的奏疏有一些不同的，餘懋學的奏疏中還是有一些可取之處的，餘懋學在奏疏中說道：“近中外臣僚或大臣交攻，或言官相訐，始以自用之私，終之好勝之習。好勝不已，必致忿爭，忿爭不已，必致黨比。唐之牛、李，宋之洛、蜀，其初豈不由一言之相失哉？是為競勝。佞諛成風，日以浸甚。言及大臣，則等之伊、傅；言及邊帥，則擬以方、召；言及中官，則誇呂、張復出；言及外吏，則頌卓、魯重生。非藉結歡，即因邀賂，是為佞諛。國家設官，各有常職。近兩京大臣，務建白以為名高，侵職掌而聽民訟。長告訐之風，失具瞻之體，是為乖戾。”

餘懋學在彈劾張居正的過程中指出了十個方面的問題，朱載坖認為其中三個方面還是有一些意義的，當然他對於張居正、潘季馴等人的彈劾，更多的是出於私人恩怨，這也是朱載坖將其下詔獄的主要原因，針對這個問題朱載坖還是要朱翊釴商量的，畢竟他是儲君，很多事情他們父子要保持一致。

朱載坖就此事詢問朱翊釴的看法，朱翊釴認為現在彈劾張居正的奏疏是越來越多，如陝西道御史楊四知就上疏彈劾張居正十四條罪狀，指責張居正貪濫僭奢，招權樹黨，忘親欺君，蔽主殃民，有欺君、蔽主、借奢、專權、樹黨等十四大罪，朱載坖當然不跟他客氣了，直接請他西冰庫大酒店雅間一位，對於這些人，朱載坖的態度是十分明確的，就是要嚴厲打擊的。

朱翊釴則是認為是否還是要考慮朝廷的穩定，張居正對於朝廷的功勞，朱翊釴當然是很清楚的，但是張居正性格上的一些缺點確實是為人所詬病，張居正天性刻薄，氣量狹小，這也是朝廷所公認的，作為徐階的得意門生，在玩弄權術這方面，張居正確實是得了徐階的真傳，工於心計，而且善於使用權謀，同時和徐階一樣，記性很好，所以得罪了張居正的，往往遭到張居正的報復，這點確實是不假的，張居正在嘉靖年間見到的都是嚴嵩、徐階的激烈鬥爭，往往置人於死地，所以張居正也是如此。

雖然朱翊釴對於這些是有些看法的，他認為張居正在執政過程中確實是有些瑕疵的，雖然是瑕不掩瑜，但是現在滿朝洶洶，議論紛紛，可以對於張居正的卹典予以減殺，暫且使得朝廷安定下來，但是朱翊釴的這個想法被朱載坖所拒絕了，朱載坖認為對於這些官員不能夠退讓，一旦朝廷有所退讓的話，這些官員們肯定的得寸進尺的，朱載坖對於這些官員們套路還是很清楚的。

朱載坖的態度是很明確的，在這個問題，朱載坖是絕對不會有所讓步的，因為朱載坖很清楚，一旦朝廷所有讓步的話，就是對於張居正的否定，甚至有可能進一步動搖隆慶新政，這點是朱載坖所不能接受的，張居正的執政，確實是有各種各樣的問題，甚至於張居正本人，也絕對算不上什麼善男信女，但是張居正為大明確實是兢兢業業，這點是不可否認的。

朱載坖拿出了一份奏疏，是張居正的同科王世貞的密疏，王世貞和張居正的按理說是有些過節的，但是在王世貞的密疏中，王世貞明確說道：“張居正以是選擇大吏精悍者，嚴行督責，賦以時起，而富民不勝菙樸，則相率而歸怨居正。國家日益以富，富戶多擔賦稅，是故士紳對銜怨於居正也。居正之為政，大約以尊主權，課吏實，信賞罰，一號令，萬里之外，朝下而夕奉行，如疾雷迅風，無所不披靡。此不可泯滅也。”

朱載坖將王世貞的密疏給朱翊釴，叫他仔細翻閱，作為張居正的同科，同時曾經也是張居正的密友，後來又反目成仇的人，王世貞對於張居正的還是比較瞭解的，並且評價也還算客觀。