對於現在朝廷上的各種議論，朱載坖認為也必須是要做個了斷了，朱載坖一方面將一些出位妄言的官員予以懲處，同時朱載坖透過上諭的形式明確表達了自己的意思，對於張居正本人的評價：“肩承勞怨，力振紀綱，飭舉廢多，殊功可紀。”對於張居正本人的功勞，朱載坖認為不能予以埋沒，對於張居正在首輔任上的所作所為，朱載坖都予以肯定，之前首輔申時行也向朱載坖上疏。

申時行在奏疏中認為，張居正總之功在國家，過在身家，對於張居正的功績還是要予以的肯定，但是張居正在任期間，確實也有打擊過度的嫌疑，一批官員因為得罪張居正，而遭到了打擊，這點申時行也予以說明了，申時行請求對於這些人酌情予以復官，同時調和朝廷內部的矛盾。

對於申時行這方面的能力，朱載坖還是信任的，別的申時行不一定行，但是團結諸臣申時行還是有一套辦法的，這也是朱載坖任用申時行當首輔的重要原因，在高拱和張居正大刀闊斧的改革之後，朝廷的力量固然是得到了極大的加強，但是也在朝廷內部造成了很大的裂痕。

張居正厲行考成法，同時對於有異議的官員大加打擊，這些都使得朝廷內部有黨爭的傾向了，朱載坖必須消弭黨爭的風險，一方面是對於挑事妄言的臣子予以嚴厲打擊，對於這些人，朱載坖是不會手軟的，同時朱載坖也透過上諭的形式對於張居正本人做了蓋棺定論的評價。

朱載坖親自擬定了上諭，昭告天下：“內海肅清，四夷讋服，太倉粟可支數年，皆居正之功也。成君德，抑近幸，嚴考成，綜名實，清郵傳，核地畝，洵經濟之才也。開誠佈公，容賢逮佞，持止足之戒，惇寬大之風，雖古賢相何以加焉！居正不顧誹譽，綜核吏治，釐剔奸弊，十年來民安其業，吏稱其職，實純臣也。”

對於張居正，朱載坖還是以皇帝的名義予以了肯定，同時命令廠衛，將楊四知、丘雲章於午門外杖八十，追奪出身以來文字，妻子流三千里，對於這些試圖挑動朝廷矛盾的人，朱載坖也採取鐵腕手段予以鎮壓，同時經由吏部、都察院和內閣提請，也將部分之前被張居正所罷黜的官員予以重新啟用，緩和朝廷內部尖銳的矛盾。

同時申時行也在其中發揮了重要的作用，論行政能力，申時行遠不及高拱、張居正，但是申時行能夠調和朝廷多方利益，儘可能的緩和、消弭朝廷的矛盾，對於現階段的大明朝廷，還是非常之有用的，在申時行等人的調和之下，大明朝廷逐漸平息下來，同時朱載坖也在申時行等人商量，對於一些不安定的因素，要予以消弭，之前張居正是採取的直接罷官的形式，這樣以來，未免有些過於直接了，容易引起臣子們的不滿，朱載坖在和申時行商量了之後，決定修訂考成則例，對於內外官員們考成辦法予以重新修訂。

在新修訂的考成則例中，將實施朝廷大政方針也納入了考成，同時對於一些之前不合理的懲處措施也予以了廢除，如包賠等處罰專案，同時增加了政務處罰的種類，將洩密等事項納入考成內，對於官員洩密或者是放縱下屬洩密予以嚴肅處理。

同時統一大明的法律，之前朱載坖主持修訂了大明律例集解，以大明律為藍本，細化了條例，大明的法律體系過於繁雜，影響了法律的適用，律、令、誥、例都是大明的法律，這就使得官員在選擇適用的時候有了很大的隨意性。

大明律原本是最具有權威的，立法十分嚴謹、完備，完全可以與唐律相媲美。大明律全文三十卷，其中 《名例律》1卷47條列於篇首，又按照行政機關六部的設定，將其餘29卷分別歸 入六部名下，分為《吏律》的職制、公式2卷33條，《戶律》戶役、田宅、婚姻、 倉庫、課程、錢債、市廛7卷95條，《禮律》祭祀、儀制2卷26條，《兵律》宮 衛、軍政、關津、廄牧、郵驛5卷75條，《刑律》盜賊、人命、鬥毆、罵詈、訴 訟、受贓、詐偽、犯奸、雜犯、捕亡、斷獄11卷171條，《工律》營造、河防2 卷13條。整部法典一共460條，大體與唐律持平，而按照行政機構排列的方法， 比唐律十二篇更加方便查詢。

而除了大明律之外，大明令也具備相當的法律職能，令是由皇帝頒佈的，用於規範政治、社會等各種制度的行政法規。在大多數情況下起到規範教導之用，發揮指引職能。現在基本上已經廢止，不再適用了。

而誥是以上告下的意思，亦稱誥書，是帝王對臣子的命令、任命或封贈的文書。而在大明誥主要就是指的大誥，也就是《御製大誥》《御製大誥續編》《御製大誥三編》，同時三篇《大誥》都具有了一般性法律的效力。在大明前期，大誥的法律地位是要強於大明律的，但是現在也已經不再適用了。

而例則是大明現在使用比較頻繁的法律，朱載坖所編撰的大明律例集解也就屬於此類文書，例與律、令不同，例的主要特點表現在：首先，例與律是緊密結合的。比如《問刑條例》的例文與《大明律》的律文是緊密結合、彼此呼應。由此可見，例文是律文基礎上的延伸，律是因，例是果；其次，例對律典中關於處理方法的規定進行了昇華和改善，使得律文更加明確；第三，例具有的適應性。它能夠適應社會政治關係的多樣性變化，能夠切合實際的需要，增強司法實踐適應社會變革的能動性；第四，例的法律地位很高，一般要透過皇帝的批准之後才能實施。

。了理整行進其對要需，在存時同都例、誥、令、律明大在現而