現在朝廷收復了交河與庭州，對於大明來說當然是在西域取得了極為輝煌的勝利，這些都是漢唐故地，對於大明來說，重新收復漢唐故地，是極為振奮人心的事情，尤其是在今年這個年份，正好是北庭都護府淪陷八百年整，大明官軍沿著當年漢唐的道路，再度開始經略西域了，但是難度也是頗大的，首先是各種物資的轉運。

旁的不說，從哈密到交河再到庭州，一千一百里的路程，路上的消耗就是極為龐大的，同時車師古道也還需要修整，這些都需要朝廷大量的投入，這點都是擺在大明君臣面前的問題，朱載坖之前已經命令向西域前線發運各種物資，以保證西域官軍過冬的問題，同時要堅守交河和庭州，趕在大雪封路之前，向庭州再派遣一批援軍和物資，保證庭州守軍能夠挺過今年的冬季，對於朝廷來說，只要李成梁能夠在庭州堅持到明年開春，朝廷就能夠在明年調遣援軍和各種物資，增援西域。

李成梁顯然也是很清楚這個道理的，所以在給朱載坖的奏疏之中，他詳細闡述自己的方略，李成梁親率官軍奪取並且駐守庭州，就是為了威懾瓦剌、葉爾羌等西域勢力，使得他們不敢輕動，畢竟李成梁大明公爵，徵西大將軍的身份使得這些勢力必須要思量一下動李成梁所要付出的代價。

李成梁現在麾下計程車卒確實不多，而且物資也不充分，庭州舊城的城防也確實不是很堅固，但是李成梁現在坐鎮在此，一旦動了李成梁，就肯定是要面對大明的報復，這點是他們不得不考慮的事情，所以李成梁用自己作為籌碼，兵行險著，駐守在庭州，以保證庭州不會得而復失。

朱載坖當然明白李成梁的意圖，庭州是大明經略西域的要地，也是大明實施先北後南的經略西域戰術的重要節點，大明是必須保住庭州的，這點在大明君臣中是肯定的，朱載坖在和相關的重臣們商量了之後，對於西域作出了一系列的調整。

首先就是對於西域行政、兵防體系的調整，將哈密、交河等州縣和衛所統一起來，設立安西布政使司和按察使司，還有安西都指揮使司，而以庭州為首府，設立北庭布政使司、按察使司和都指揮使司，同時配置相應的衛所和州縣，加強朝廷對於西域的控制，大規模的從陝甘等地將軍餘子弟、無地百姓和流民等遷移往西域，分給土地，加以開墾。

然後就是馳援庭州，朱載坖命令速調武功都指揮使司的工程兵兩衛，星夜兼程趕赴交河，等待來年積雪融化之後，就要迅速的修整車師古道，方便朝廷調遣援兵和運輸物資，同時抽調西北各鎮的援兵和物資，準備馳援庭州，朝廷要密切控制車師古道，在此處設兵守衛，保障交河和庭州的聯絡。

最重要的不是增兵和轉運物資，而是要在在此屯墾，這點是最重要的，西域廣大，要是依靠朝廷轉運物資的話，朝廷根本難以長期保證西域諸軍的物資供應，這點不光是朱載坖，大明的這些重臣們也都是清楚的，所以要大興屯墾，由於西域的情況特殊，衛所就成為了最好的辦法，朱載坖命令從山西、陝西、寧夏、甘肅還有直隸等衛所軍餘子弟中挑選有家有口的，還有就是沒有從朝廷那裡獲得土地的軍戶，也要徵召起來遷往西域，組建屯田衛所，在西域屯墾實邊，用他們繳納的籽粒，養活西域的駐軍。

朱載坖命令以哈密、交河、庭州等大明現在已經控制的地方為主，組建屯田衛所，由朝廷提供工具、種子、口糧、衣物等，每軍授田五十畝，在西域屯墾，五年起科，與內地田賦一樣。

除此之外就是西域的宗教問題，原本西域是信仰佛教的，但是隨著喀喇汗王朝的崛起。此後，經歷了四百多年複雜的政治和軍事較量後，最終在元朝時期，隨著東察合臺汗國在西域地區佔據統治地位，蒙古汗王加速了伊斯蘭教在新疆的傳播。 可以說，于闐佛教是新疆佛教史的縮影。龜茲、高昌、疏勒等地的佛教，在盛極而衰之後，又遭遇整個中亞地區的伊斯蘭化大背景，最終退出歷史舞臺。

現在回教在西域是很盛行的，但是大明並非蒙古人，對於回教是一直很警惕了，尤其是在蒲壽庚叛宋之後，大明對於回教群體是極不信任的，蒲壽庚亦官亦商，官商合一，可以憑藉權力更大規模地開展香料貿易，並可透過各種合法手段攫取利益，增加財富，蒲壽庚於宋末壟斷泉州香料海外貿易近30年，以善賈往來海上，致產鉅萬，家僮數千。蒲壽庚擁有大量海舶，南宋朝廷也厚待於他。

南宋朝廷授蒲壽庚福建安撫使兼沿海都置制使，合稱福建安撫沿海都置制使，安撫一路之兵事民政，執掌福建兵事民政要職。 統領海防，權力很大。結果蒲壽庚盡屠城內之宋宗室，守泉州三月。這對於大明來說是極為慘痛的教訓，大明官員們一直以來的看法就是非我族類，其心必異。

而且回教有政教合流的趨勢，在前元，這些回教徒干涉朝政，左右政局，使得大明君臣對於回教的態度並不是很好，而現在在西域，回教盛行，朝廷肯定是謹慎對待的，朱載坖認為，首先就是要斬斷回教和政治的聯絡，任何宗教，都絕對不允許干涉政治，與朝廷分庭抗禮，要曉諭李成梁等將領，對於那些敢於對抗朝廷的所謂回教頭目，要予以嚴厲誅殺，絕其種類，決不能給朝廷帶來隱患。

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