朱載坖雖然已經下旨命令錦衣親軍優待餘懋學等人了，但是對於釋放他們，朱載坖一直沒有鬆口，朱載坖對於他們，既沒有說處分，也沒有說釋放，朝廷上下對於此事還是非常之關注的，內閣的壓力也是很大，在這種情況下，申時行等人親自請求朱載坖召見，為餘懋學等人說情。

申時行等人的意思也是很明確的，就是希望朱載坖能夠放過餘懋學等人，平心而論，朱載坖對於餘懋學的觀感，並沒有對於丘雲章、楊四知那麼壞，餘懋學、于慎行等人，雖然也是在彈劾張居正的，但是基本上還是能夠據實彈劾，並沒有說胡編亂造，朱載坖當然知道張居正不是完人，為了推行新政，張居正有些時候是對於政敵甚至是異己勢力的打擊同樣是很殘酷的，但是朱載坖不能因為這些事情就否定張居正，因為張居正現在是和新政聯絡在一起的，朱載坖為了維護新政，必須要維護張居正的。

對於之前被張居正打擊的一些人，朱載坖可以酌情予以起復，但是對於張居正的一些過失，朱載坖不能因此來追究張居正的責任，這點內閣已經領會了朱載坖的意圖，所以雖然申時行向朱載坖提請起復了一批官員，但是絕口不提他們之前被貶謫的事情，這次申時行等人來，主要是希望朱載坖將餘懋學等人予以開釋。

朱載坖將太子、皇長孫等人也叫來一起旁聽此事，申時行說道：“陛下如天之德，澤被萬民，餘懋學等無知小臣，輕信妄言，已被懲戒，陛下何妨寬恩，將其開釋，以彰陛下之仁也。”

朱載坖聽了申時行等人的話之後說道：“申學士的意思是將其開釋，朕意未嘗不可，然開釋之後，作何處斷啊？”這確實是朱載坖一直在考慮的問題，釋放他們兩人其實並不是什麼難事，朱載坖也早有此意了，但是釋放之後怎麼處理，卻是一個很重要的問題，他們是因為上疏言事得罪的，朱載坖要是將他們就此開釋，是否會在朝廷之中引起波瀾，這才是朱載坖關心的問題。

申時行也明白朱載坖的意圖，對於這些事情，申時行早就想好了對策，他也很清楚朱載坖的意圖，就是不能夠動搖朝廷新政，所以申時行等人認為，再開釋之後，將他們外放地方，不準朦朧推升，以示懲處，明確朝廷的態度，同時開釋也以朱載坖特旨的名義下達，表明這些天恩浩蕩，同時申時行還呈遞了張敬修的奏疏，他也為這些因為上疏言事的臣子求情，希望朱載坖能夠減輕處罰。

朱載坖思慮再三之後說道：“且看張師傅面上，將餘懋學等人開釋，降三級外調。”除此之外申時行等人還想為丘雲章、楊四知等人親屬求情，但是這事被朱載坖一口回絕，朱載坖對於此事仍舊不鬆口，對於此事朱載坖斷然予以拒絕，在這點上，朱載坖絕對不會鬆口的，朱載坖直接說道：“朕這是為了諸位好，這點諸位要清楚！”

朱載坖將話說死之後，申時行等人也不好說什麼，只好告退，朱載坖將王錫爵單獨留下，和太子、皇長孫一道在無逸殿內，朱載坖問道：“王錫爵怎麼看此事啊？”

朱載坖之所以將王錫爵留下就是因為他和申時行不同，這點朝廷上下是有公論的，申時行生性柔和，而王錫爵性剛負氣。從某種意義上來說，王錫爵和張居正才是最相似的的人，從某種意義上來說，王錫爵是很能夠理解張居正的，原本在張居正被清算的時候，王錫爵也是少數敢於幫張居正的發聲的人之一，王錫爵就曾經說過：“江陵相業亦可觀，宜少護以存國體。”

對於王錫爵來說，他也是自張居正之後少數真的想要有所作為的首輔之一，所以朱載坖才將王錫爵留下來詢問他對於此事的看法，對於朱載坖的詢問，王錫爵當然知道這是一次考驗，朱載坖和王錫爵都很清楚，申時行固然能夠調和鼎鑊，維持朝廷的團結，但是這既是申時行的長處，也是申時行的弱點，朱載坖擔心的是申時行過於圓柔，無法堅守底線，所以內閣中必須有一個能夠堅守底線，同時有相應的政治謀略和權術的人，即便是朱載坖不在了，也能夠堅持新政，繼續推動下去，朱載坖看好的人選就是王錫爵。

面對朱載坖的詢問，王錫爵也提出了自己的看法，這次這些官員們上疏，有部分官員是抱著匡正得失的想法上疏的，他們主要是對於張居正等人在執政過程中的一些弊端予以上疏的，他們的起心動念並不能夠算壞，主要是對張居正政策上一些具體措施有所不滿，還有就是對於張居正對於政敵的酷烈打擊提出了異議，他們並不能夠算和朝廷或者是朱載坖作對。對於王錫爵所說的這點，朱載坖還是認同的。

而另外一些人，如丘雲章、楊四知等人，他們主要是和張居正有個人恩怨，以丘雲章父子來說，就是一個很扯淡的人，當年他擔任巡按的時候，時任湖廣巡撫方廉私下贈與丘橓五兩銀子，丘橓竟然奏報朝廷，說方廉是私相授受，違法亂紀。實話說，雖然方廉的行為確實有私相授受之嫌，雖然私下往來不收錢確實是高風亮節的體現，但是五兩銀子，恐怕只有在洪武年間才會有人當回事，但是這事出了，朝廷也不能不管，最終的結果是方廉去職回，老家閒住。

要知道，方廉好歹也算是和丘橓一條戰線的人了，丘橓尚且如此做，可見其心性了，而在被罷官回鄉之後，其他官員的往來饋贈，他概不接受，就一個人窮著。但是他也以此為由不向朝廷繳納賦稅，當地的縣令也是個妙人，眼見丘橓欠的賬越來越多，一不做二不休，直接奏報朝廷，請求用丘橓拒絕的贈銀抵償他拖欠的稅，積所卻數百十金請抵所逋賦，可見此人的怪癖了。