朱載坖命令在太祖皇帝南北更調的基礎上予以損益，同時加強對於風憲、學政官員的迴避措施，還有嚴密籍貫迴避，不僅僅是官員的本貫，還有寄籍地等都要予以迴避，同時從職務迴避、親屬迴避、籍貫迴避和特殊迴避等幾個方面制定相關的則例，經過廷議之後予以施行。

而針對於現在越來越激烈的官吏衝突，朱載坖認為朝廷也必須加以控制了，官吏內鬥，會使得朝廷的行政效率降低，對於大明現在的官吏關係，就存在了三種，第一就是官強吏弱，第二就是官弱吏強，第三就是官吏沆瀣一氣。

從朝廷法令上來看，官員對於吏員是佔據絕對優勢的，尤其是正印官對於吏員，可以說是有著生殺予奪的大權，這點是朝廷透過法令賦予的，官吏在地位上是極不平等的，這點從大明一立國就是如此，因為太祖皇帝和李善長、劉基等重臣總結元滅亡的教訓時，很重要的一條就是在元朝吏員在整個仕途中佔據著十分重要的位置，人人爭而求之，各級吏員的為非作歹給國家帶來嚴重的損害，成為元朝滅亡的重要推動力量。

所以大明吸取了前元的吸取奸胥害民的教訓，對地方基層的胥吏採取系列嚴格的整治措施，在地方上給與正印官較大的自主權，從而給地方正印官欺壓其轄地的胥吏提供了可能。

同時由於科舉成為朝廷選官取士的主要途徑，科舉出身者在朝廷佔據著絕對的優勢，由吏升官尤其是三品以上的高官的難度越來越大。官與吏的分途可以說是愈加明顯，科舉出身計程車大夫對於胥吏在多數情況下可以說是以奴僕使之，盜賊待之。而絕大多數的朝廷正印官都是科舉出身，使得正途出身的官員對於雜途出身且仕途愈加無望的胥吏更是態度傲慢。

這就造成了官強吏弱，官員欺凌吏員的情況，但是於此相對應的就是官弱吏強，吏員把持州縣，架空正印官的情形也不少見，主要的原因是按照朝廷規定，地方正印官主行政，各胥吏主事務，但是由於正印官實際的行政能力缺失，而地方的吏員所習卻都是錢穀簿書這種與實際處理事務相關的能力，如此一來地方的權柄在很多時候都會落入胥吏之手，造成所謂的官弱吏強的局面。

同時大明公文的冗長乏味，也是造成吏員能夠藉機侵奪原本屬於正印官的權力的重要原因，元朝吏員就是利用繁文縟牘欺壓地方正印，雖然太祖多次要求減省公文，但是大明的各種公文也是極為繁複了，朱載坖對此是深有體會，能夠明白當年太祖奏茹太素的心情了。

而在地方官府當中，面對這些又多又臭又長的公文，官員每日閱讀審批也很難完成，但是官員除批閱公文之外還有許多事務需要處理，因此為節約時間和精力，官員的審批在很多時候都是根據胥吏提出的初步意見為依據，這就給予胥吏在公文上動手腳的好機會，畢竟來往公文又臭又長，官員不可能詳細的審閱每一篇公文，於是胥吏藉此在要緊的地方略為洗改，往往不會被正印官員發覺。

這點也是很多時候吏員藉以生財的路子，尤其是在刑名上，官員怎麼擬定最後的判詞，往往看刑房書吏怎麼寫了，當事雙方爭相賄賂物件，朱載坖認為要對於公文格式予以重新擬定，務從簡便，朱載坖想到了一個人，就是王世貞，他是復古派也就是唐宋派的代表人物，同時他更加推崇的是盛唐文風，而唐代公文簡約，不似兩宋的繁雜，朱載坖隨即下旨，命令王世貞會同翰林院、六部、都察院、通政司等相關衙門，制定大明公文標準格式，取法於唐，務必簡明扼要，將這些繁複的文字從公文中予以剔除。

當然，這些官吏也有第三種的形態，就是官吏沆瀣一氣，很多時候胥吏總是採取各種辦法或“擺平”官員、或教唆引誘正印官員、或暗設陰謀詭計誆騙官員，或耍弄手段掌握官員的短處、把柄進而欺矇長官，在此種情形下，官員在多數情況下會在胥吏的各種層出不窮的教唆下迅速墮落下去，從而與他們相互勾結，狼狽為奸。之前官場風氣敗壞，甚至有公然說：“做官只有兩件。為國家幹事，為自己營私，二者俱做不得，真是極痴極蠢人。”

對於這些情況，朱載坖認為要分門別類的予以處理，保證朝廷的正常運作，朱載坖命令都察院加強大計，對於地方官員的能力、德行全面考察任用，減省公文格式，歷培訓以增主官之識，同時加強佐貳官的權力，佐貳官既是制衡正印官權力，防止正印官欺壓吏員的辦法，同時也是增加官員權力，防止吏員架空官員的重要手段。

朱載坖正在處理這些事情，司禮監馮保來報，徵南將軍劉綎報捷，官軍南北兩路夾擊，現在已經攻佔順化，生擒阮潢等人，攻滅阮氏，安南全境已經被大明所收復了，朱載坖對此此事還是很高興的，朱載坖當即命令向太廟告捷，同時命令兵部等相關衙門議功，吏部等衙門在安南布政使司迅速派遣官員，將當地的政局穩定下來。

和交趾布政使司相比，安南布政使司的鞏固難度要大很多，劉綎在隨報捷露布而來的密疏中也坦陳，現在安南的這些州縣，對於官軍的抵抗力度仍舊很大，劉綎請求朝廷將官軍暫時留鎮安南，鎮壓這些反抗勢力，朱載坖答應了劉綎的請求，但是要求劉綎將原屬交趾鎮和交趾都司的兵力還歸本鎮，朱載坖從兩廣給劉綎增加援兵，不能因為要鎮壓安南而放鬆對於交趾的震懾，交趾好不容易才稍微安定下來，必須要保證交趾的安定才行，因為朝廷剛剛在交趾大規模屯墾和種植甘蔗，糖業公司的成本還沒收回來呢。