對於張四維等人所提出了現在大明朝廷所徵收商稅的種種不合理之處，而且朝廷上下對於此事的討論也非常之熱烈，唯獨次輔申時行一言不發，朱載坖於是將申時行召到西苑來，詢問申時行為什麼不發一言，其實朱載坖很清楚申時行為什麼不發一言，在徵收商稅的這件事情上，申時行是很矛盾的，申時行自己就出身於商賈世家，而且又是大明商貿最繁盛的蘇州府人，對於商賈之道，他的瞭解並不比張四維少。

但是申時行可能面對很多的說項，希望申時行能夠發聲，但是申時行一直保持了沉默，所以朱載坖將申時行召到了西苑，君臣兩人單獨奏對，朱載坖問道：“申學士對於工商之稅怎麼看啊？”

申時行說道：“此係朝廷大政也，上幹百姓之生計，下連朝廷之國課，不可不重也。”

朱載坖問道：“滿朝臣子，都在就此上疏，申學士為何不發一言啊？”

申時行只得苦笑著說道：“眼下關市不徵之說，甚囂塵上，臣以為不可，但是朝廷皆以伍袁萃等為臣之鄉黨，臣不便言也。”

朱載坖當然知道伍袁萃這些人說的什麼，但是朱載坖並不在乎，朱載坖在乎的是申時行對於此事的看法，作為當朝次輔，他還是具有很大的能量的，而且很多蘇松出身的官員團結在申時行的周圍，所以朱載坖要知道申時行的態度，申時行說道：“陛下，臣以為工商之稅必徵，而商稅之弊亦必去，否則朝廷徒徵稅，而商人不獲利，非善法也！”

對於申時行的這個說法，朱載坖是同意的，同時申時行還向朱載坖舉薦了一個官員，他也是蘇州府吳江縣人，名叫沈季文，隆慶二年進士，現任河南左布政使，申時行認為他精於理財，而且地方經驗豐富，對於商稅之道有獨特的見解，能夠幫助朱載坖推動工商賦稅的改革。朱載坖御於是召沈季文到京師來。

同時申時行對於朝廷現在的所謂關市不徵的風潮深感擔憂，作為朱載坖的近臣，他很清楚朱載坖的心思，但是這幫人未必明白朱載坖的意圖，而且他們即便是明白，也未必會同意朝廷的工商賦稅制度，他們心中只有自己的利益，哪裡管什麼國家朝廷，申時行私下裡已經勸說過他們的，申時行的看法也很簡單，工商稅是肯定要徵收的，但是朝廷可以在這次修訂工商稅的則例中將之前不合理的一些條款予以修改，這樣的話，朝廷和商人之間就能夠達成一種平衡了，但是他們顯然不是這麼想的，他們抱著所謂的關市不徵不放手，想要逼迫朝廷讓步。

申時行對此也是極為無奈的，朱載坖並非不可以談的人，但是朱載坖對於官員之間的抱團結夥行為一向是非常之厭惡的，而且是抱團結夥想要逼迫朱載坖讓步，申時行很清楚，這是絕不可能的，肯定會招來朱載坖的嚴厲打擊，胡汝寧的下場就是例子，但是要是申時行現在就上疏明確自己的立場，他們肯定就會把矛頭指向申時行，這不是申時行願意的事情，所以申時行採取的辦法是一言不發，不表明自己的態度。

但是對於朱載坖，申時行必須要說明自己的態度，並且提醒朱載坖，否則的話，日後清算起來，申時行就說不清楚了，所以申時行向朱載坖說明了此事，朱載坖對於他們私底下的活動也是很清楚的，朱載坖只說了一句：“且自由他！”

在申時行走後，朱載坖下達了一系列的詔命，對於人事進行了調整，朱載坖升原協理京營戎政兵部左侍郎趙錦戶部尚書兼提督稅務總署，起復原宣大總督陳其學為兵部尚書協理京營戎政，加中軍都督府左都督、錦衣親軍都指揮使陸繹少保兼太子太保，賜忠誠伯，不予世券，忠誠伯也是當年嘉靖追贈陸炳的爵位，朱載坖變相實現了陸家的爵位世襲，雖然陸繹的忠誠伯也是流爵，並非世襲，但是廠衛以緝捕功勞封爵，已經是很不得了的事情了。

同時朱載坖特旨升前首輔張居正長子張敬修為順天府少尹，升原首輔徐階之孫徐元春為順天府尹，原兵部左侍郎吳兌升兵部左侍郎兼戶部左侍郎，提督海關總署，原大理寺卿吳時來升刑部左侍郎提督律例館，原兵部右侍郎兼右僉都御史，巡撫貴州曾省吾調巡撫保定等處。

同時對於北直隸的行政關係再次予以調整，原本京師附近的兵防有薊遼總督負責，但是現在薊遼總督所管轄的面積實在是太大了，所以朱載坖在和內閣以及相關部院商量之後，撤銷總督薊遼、大寧、吉林等處軍務事，改為兩個獨立的總督轄區，負責京師防禦的直隸總督，和負責東北防禦的遼寧總督。

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