朱載坖於是正是召集內閣、練兵軍務處、五軍都督府、兵部等相關衙門一道商量對於衛所的改革，內閣所擔心的是出現內輕外重的局面，這也是張居正一再提醒朱載坖的事情，在朝廷實施鎮協制之後，內外官軍一共近九十萬，但是在京師的只有京營和親軍諸衛，即便是算上班操京軍，不到三十萬，衛所也被大量的調出用於控制新收復的領土，對於朝廷來說，內閣認為已經存在內輕外重的趨勢的，所以要強化朝廷對於軍隊的控制。

而五軍都督則是認為現在都司和五軍都督府的關係被弱化了，兵部越俎代庖，直接管理各都司衛所，使得五軍都督府毫無權力，而練兵軍務處則是要釐清衛所官軍和鎮協官軍的關係，這些問題都要予以解決。

朱載坖首先提出了一個問題，就是有關實土衛所的問題，實土衛所權力過大，應當予以削弱，首先是要釐清軍隊和地方的關係，都司衛所和地方府州縣的關係必須要搞清楚，內閣對於實土衛所的權力過大早就有所不滿了，這些實土衛所，和地方州縣一樣，也設定吏、戶、禮、兵、刑、工六房，也稱六科。各房配有令吏、令典、典吏等吏員，行使州縣職權，但是和地方州縣是流官不同，衛所指揮使以下的軍官大多世襲，這也就導致這些衛所的吏治極為腐敗，所以內閣認為要取消實土衛所，設定州縣加以管理。

對於這點，朱載坖是支援了，衛所在地方的權力過大，並非好事，要在邊疆地區設立州縣，加強對於邊疆的控制，而衛所制負責對於軍戶的軍屯的管理，現在實現軍屯、民田統一起科，但是由於衛所軍士並不承擔額外的徭役折銀，從某種意義上說，衛所軍士的負擔理論上是低於百姓的。

但是要命的就是這幫衛所軍官們，他們世代承襲，在衛所裡面權力甚大，往往役使軍士如奴僕，朝廷的衛所軍士，實則成為了他們農奴，這是朱載坖所知道的，要打破這種情況，使得軍戶的生計能夠有所改善，才是朝廷進行衛所改革的主要目的。

其實無論是朱載坖還是在坐的臣子們亦或者太子朱翊釴都很清楚，之所以出現這種情況，最重要的原因就是這些衛所軍官大多是世襲的，他們職務固定，而且在本衛有極為深厚的裙帶關係，在衛所中作威作福也是很正常的事情，但是朱載坖顯然不能夠容忍這個行為。

朱載坖說道：“惟將者，兵之司命，國之安危系焉，將官之設，其不輕而重也較然矣，欲嚴飭武備，莫若委任得人，則事無不舉。”

對於這些衛所軍官們，朱載坖決心要進行整頓了，兵部尚書徐渭向朱載坖和朱翊釴介紹了一下現在大明衛所軍官的管理辦法，衛指揮使以下者皆為世官，世官經比試皆可世襲，指揮僉事以上者皆為流官，流官不許承襲，世官升除為流官，則子孫襲替其原職。

徐渭說道：“武職之選，有世官可也，世官不先試而用不可也，有流官可也，流官不累功而遷不可也。”衛所指揮僉事以下的軍官，都是世襲而來的，這就難怪衛所士卒生計艱難了，雖然衛所軍官們也能有戚繼光、俞大猷這樣的善待士卒的軍官，但是大部分的軍官都是將士卒們當成自己的農奴，隨意役使的，這點其實大家都很清楚，儘管朝廷多次頒佈命令，要求善待士卒，但是這些詔命都難以獲得實際效果，原因就是這些衛所的中下級軍官都是世襲而來的，即便是都司衛所的指揮僉事以上的軍官，不也是從世襲軍官中所升遷來的嗎？

這就導致了朝廷無論頒佈多少的命令善待衛所士卒，這些士卒們的實際處境都不會有什麼實質性的改變，不過五軍都督府的軍官們也提出了一個問題，軍職世襲乃是從太祖時就定下的規矩，他們認為：“況立軍功者，皆望祿及子孫，一不得襲，即祿絕矣，此人將來生子，當不復免缺，豈可絕其祿？以天下之財，賞天下之功，雖賜賚有限，而爵祿無窮。征討將士，昔從徵天下，萬死一生，乃底成功，存者悉加升賞，死者已錄其子孫，其有沒於戰陣者贈典。”

軍職的世襲是刺激士卒們立功的重要手段，畢竟立功就可以獲得世職，不管怎麼說，只要大明存在，就有官做，這對於激勵士卒們奮勇作戰是有很大效果的。

這點朱載坖也是清楚的，士卒們奮勇作戰，除了自身的前途之外，更是能夠得到世代職務作為獎勵，只有這樣才能夠激勵士卒們奮勇作戰，太祖皇帝就曾經說過：“今日顧朕子孫保有無窮之天下，則爾等子孫亦享有無窮之爵祿。”武官世襲，不僅是為了護國保民，更是賞賜武官，令其有報恩、報功之心，報功之典，乃國家磨世礪鈍之權在，所以要動武官世襲制度，就是要對整個大明的軍功制度予以改變，這可不是小事，但是現在衛所軍官素質低下，也確實是非常嚴重的問題。

首輔張居正就說道：“陛下，自嘉靖以來，今之軍官，有增無減，有賞無黜，何以異是。況今新官襲不比試，舊官比試亦為虛應故事，故此輩自倚世襲之官，不須才能，不畏罪黜，恣為驕貪，不習武藝，不惜軍士。論今天下軍職，動數萬計，歲支俸給何啻百萬，而其間無一人堪為將領能出戰陣者，此以全盛之天下，而坐困於胡虜之跳梁，真可為之流涕也！”

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